詹帅
- 作品数：3 被引量：15H指数：2
- 供职机构：中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 采用单碱基延伸法检测家蚕单核苷酸多态性位点
- 2009年
- 单核苷酸多态性(SNP)分型可以作为丰富的分子标记用于家蚕群体遗传学、基因组注释以及功能基因研究。利用SNaPshot试剂盒的SNP分型方法,对以单碱基延伸法检测家蚕SNP位点进行了探索。首先对SNP位点进行PCR扩增,然后以PCR产物为模板,以4种荧光标记ddNTPs为底物,采用延伸引物扩增SNP位点处的一个碱基,最后用377测序仪进行基因分型。通过对家蚕2个SNP位点的分析结果表明,利用单碱基延伸法可以准确地检测SNP位点,并且可以知道该位点的碱基。由于单碱基延伸法可以通过多重PCR在1个反应体系检测多至10个位点,因此该方法不仅方便快捷,并且可以实现高通量检测SNP位点。
- 赵云坡张浩杨晓楠詹帅黄勇平苗雪霞
- 关键词：单核苷酸多态性基因分型家蚕
- 家蚕scaffold中新微卫星标记的获得与Dll基因的遗传连锁分析被引量：7
- 2007年
- 在进行家蚕遗传连锁图谱的整合过程中,需要寻找两个作图群体中都有多态的共有标记,但这种共有标记数量较少。为此,利用已有的简单重复序列(SSR)与家蚕基因组进行比对,寻找到匹配的scaffold,再采用SS-RHunter1.3搜索其中的SSR区域,排除掉原有SSR序列,选择重复次数在6～23之间的微卫星区域设计引物,用BC1群体的亲本及F1进行多态性的筛选,选择有多态性的标记用7019×(F50B×7019)BC1群体进行基因型分析。结果显示:根据原家蚕第2连锁群上SSR位点新设计的邻近的7对引物中,有6对引物在BC1群体的亲本中有多态性,选择其中2个进行遗传连锁分析,作图结果与原有相应SSR标记的作图结果基本保持一致,其中根据S0207所在scaffold上开发的NS02071和NS02072之间的图距达到6.9 cM;根据家蚕大造和C108的回交一代初步定位的D ll基因的位置与后来在其所在scaffold上所设计的临近引物D ll1和D ll2的定位一致,且这两个标记在遗传连锁图上的图距为0.0 cM,表明这两个标记在遗传图上的位置重叠。由此,在较短的DNA区域内(在遗传连锁图上表现1个位点)便有多个SSR标记可供使用,将为定位家蚕重要经济性状基因、分子辅助育种及功能基因研究等提供更多有价值的信息。
- 郭秋红詹帅相辉赵云坡李卫华黄勇平
- 关键词：家蚕微卫星标记SCAFFOLD
- 中国昆虫基因组学的研究进展被引量：8
- 2017年
- 随着测序技术的革新和多种组学综合分析方法的应用,昆虫基因组学研究领域得到了迅速的发展。目前,我国昆虫学家已经发表了家蚕Bombyx mori、小菜蛾Plutella xylostella、飞蝗Locusta migratoria、榕小蜂Ceratosolen solmsi、褐飞虱Nilaparvata lugens、柑橘凤蝶Papilio xuthus、烟粉虱Bemisia tabaci等多种昆虫基因组图谱,同时在比较基因组学、功能基因组学、生物信息学以及基因编辑等研究领域也取得了突出的成绩。本文主要综述了近五年我国昆虫基因组学的重要进展,并提出了未来在数据分析、团队合作和基因操作等领域面临的挑战。
- 侯丽詹帅周欣李飞王宪辉
- 关键词：全基因组测序功能基因组学生物信息学数据库
