对云南地区栽培的大叶茶(Camellia sinensis var. assamica)9个居群和大理茶(C.taliensis)3个居群的遗传多样性和居群遗传结构进行了比较研究。通过对94条叶绿体DNA RPL32-TRNL序列的核苷酸序列变异进行分析,共发现了7个单倍型。研究结果表明,大叶茶(h=0.728,π=0.00469)比大理茶(h=0.610,π=0.00225)拥有更为丰富的遗传变异,但其居群遗传分化水平(Gst=0.580,FST=0.612)却低于大理茶(Gst=0.696,FST=0.773)。AMOVA分析进一步证实了它们的遗传变异主要存在于居群间,且大叶茶(61.21%)低于大理茶(77.34%)。相对于大理茶,遗传多样性水平在本研究所取的大叶茶居群间存在着较大的差异,单倍型多态性水平变化范围为0~0.809,核苷酸多态性水平变化范围为0~0.00487。最后,讨论并提出了科学有效地保护我国古茶园茶种资源的建议和对策。