刘荣华
- 作品数：3 被引量：13H指数：2
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- 苦荞全生育期芦丁积累与其生物合成途径相关基因表达分析被引量：6
- 2017年
- 【目的】探究苦荞全生育期芦丁含量变化与其合成途径关键酶基因和调控因子MYB基因表达量之间的相关性,以期进一步明确苦荞植株体内芦丁生物合成的分子机制。【方法】以九江苦荞为试验材料,整个生育期分别在萌发期、子叶期、真叶期、盛叶期、现蕾期、盛花期、灌浆期和籽粒成熟期共8个时期取材(S1—S8)。采用RT-PCR方法,克隆获得与黄酮类代谢相关的MYB类转录因子基因。采用T-coffee软件进行氨基酸同源序列比对及保守结构域分析。与拟南芥黄酮类代谢相关的MYB转录因子及荞麦同源MYB转录因子序列比对,基于邻近法构建系统进化树;实时荧光定量PCR技术分析芦丁合成途径中5个关键酶Ft CHS、Ft F3H、Ft4CL、Ft FLS-like和Ft UFGT及上述克隆到的MYB转录因子在不同组织中的表达模式。基于高效液相色谱法(HPLC)测定全生育期取材组织的芦丁含量。同时采用相关性分析方法分析不同组织中芦丁含量变化与基因表达模式的相关性。转换上述数据为矩阵,采用欧式距离法构建共表达层次聚类图谱。【结果】克隆到2个MYB类转录因子,即Ft MYB7和Ft MYB9,其核酸序列长度分别为876和912 bp,分别编码291和303个氨基酸残基。氨基酸序列同源性比对分析结果表明,二者均具有典型的R2R3保守结构域,为R2R3类型的MYB转录因子。结合Nr数据库中17个苦荞和3个拟南芥黄酮类代谢相关MYB转录因子同源氨基酸序列构建系统进化树,结果表明这22个基因分成6大类群,其中Ft MYB7属于第II类群,Ft MYB9属于第IV类群,二者分属于不同类群,暗示这2个MYB转录因子可能涉及调控植物生长发育过程中不同功能类型。荧光定量结果显示,Ft MYB7在S3(真叶期)和S5(现蕾期)基因相对表达量最高,达到501和867倍;Ft MYB9在S1(萌发期)和S2(子叶期)相对表达量最高,分别为34和72倍。上述基因表达量与芦丁含量变化模式相关性分析
- 孙朝霞侯思宇令狐斌刘荣华王丽杨武德韩渊怀
- 关键词：苦荞芦丁MYB基因
- 基于SRAP-PCR技术开发荞麦种间特异标记及相关序列分析被引量：1
- 2016年
- [目的]荞麦种质资源繁多,天然的自交不亲和特性使甜荞繁殖的种子存在一定程度的杂合。而苦荞的自交亲和特性又使其繁殖种子世代生殖隔离。为开发鉴别不同荞麦品种以及种子纯度特异分子标记。[方法]基于SRAPPCR技术,根据40个荞麦品种间DNA多态性位点,将种间差异PCR扩增位点的DNA带回收测序,生物信息学分析其序列特征。[结果]克隆了8个种间多态性位点;经核酸序列分析,仅有2个差异PCR扩增位点序列包含SRAPPCR扩增的上下游引物序列,分别暂时命名为8802-1和M化5;其他位点分析表明均为单引物扩增序列。其中,8802-1位点核酸序列长度为705bp,包含3个常用酶切位点;预测到1个ORF区,所编码的氨基酸序列经BLASTP比对分析,未找到任何与蛋白质数据库中同源的氨基酸序列。M化5位点核酸序列长度为687bp,包含3个酶切位点和2个ORF,经BLASTP比对分析,预测第2个ORF编码的氨基酸序列与拟南芥的反转座子蛋白同源性为71%,推断该序列为包含一个反转座子元件的基因。[结论]本研究获得了2个品种特异位点序列,其中一个位点序列包含编码的反转座子元件,另一个为冗余的基因组序列,可进一步将这两个序列开发为STS标记,应用于荞麦种质资源遗传多样性分析、种子纯度鉴定、遗传图谱构建和分子标记辅助育种。
- 王丽孙朝霞刘荣华侯思宇李红英韩渊怀黄可胜
- 关键词：甜荞
- 苦荞C4H基因的cDNA克隆及生物信息学分析被引量：6
- 2017年
- [目的]为了解植物苯丙烷类代谢途径中关键酶——肉桂酸-4-羟基化酶基因结构特征及系统进化,拟克隆苦荞肉桂酸-4-羟基化酶(Cinnamate-4-hydroxylase,C4H)基因并进行生物信息学分析。[方法 ]本研究通过RT-PCR技术,克隆2个苦荞C4H基因cDNA和DNA序列,并通过生物信息学分析其基因结构及蛋白理化性质,最大似然树法构建系统进化树。[结果]2个基因cDNA序列长度分别为1 812bp和1 476bp,各编码504和491个氨基酸残基。其DNA序列分别为2 774bp和2 364bp,均包含3个外显子和2个内含子,第1个外显子和2个内含子序列长度存在明显差异。蛋白分子量分别为58.002kDa和56.401kDa,等电点分别为9.18和9.09。2个基因编码氨基酸与苦荞肉桂酸-4-羟基化酶同源性分别为99%和86%,故暂且命名为FtC4H1和FtC4H2。FtC4H1和FtC4H2与其他物种直系同源蛋白聚为两类,FtC4H1和FtC4H2与莴苣和丹参同源蛋白亲缘关系较近,氨基酸序列同源性分别为88%和84%。[结论]本研究通过对苦荞2个C4H基因的核酸、氨基酸序列、蛋白结构及系统进化树进行分析,为后续苯丙烷代谢途径及荞麦基因挖掘利用提供理论基础。
- 刘荣华王丽孙朝霞侯思宇李红英
- 关键词：苦荞电子克隆生物信息学分析
