张艳艳
- 作品数：2 被引量：6H指数：2
- 供职机构：吉林农业大学农学院更多>>
- 发文基金：北京市自然科学基金国家西甜瓜产业技术体系建设专项更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 转录组学技术及其在瓜菜作物上的应用被引量：4
- 2016年
- 转录组学技术作为植物功能基因组学研究的重要手段,近年来在瓜菜作物上也有不少成功应用。运用转录组学技术,可以从转录水平上探究瓜菜作物在特定发育阶段或特定生理状态下的基因功能和基因结构,从而为了解瓜菜作物在不同条件下的发育调控及胁迫响应机制提供数据基础。本文主要介绍了转录组学的技术方法及转录组学技术在西瓜、甜瓜、黄瓜、番茄和西兰花等瓜菜作物上的应用,最后展望了转录组学技术在瓜菜作物研究中的应用前景。
- 张艳艳季苇芹杨玉文关巍赵廷昌
- 关键词：转录组学
- 西瓜噬酸菌不同菌株与甜瓜幼苗早期互作的转录组学分析被引量：3
- 2017年
- 西瓜噬酸菌(Acidovorax citrulli)引起的瓜类细菌性果斑病(bacterial fruit blotch,BFB)是西瓜、甜瓜等葫芦科作物上毁灭性种传病害。本文利用RNA-seq技术,分析了2个西瓜噬酸菌菌株(pslb65和AAC00-1)分别诱导甜瓜感病品种IVF667幼苗6 h和12 h后的基因表达谱。结果表明,这2个菌株侵染寄主6 h后,分别检测到1 029和3 561个差异表达基因,其中上调基因分别为355和1 621个,下调基因分别为674和1 940个;与寄主互作12 h后,差异基因分别有2 397和1 875个,上调基因分别为903和898个,下调基因分别为1 494和977个。GO功能注释发现,pslb65与甜瓜幼苗互作的差异基因显著富集在生物学过程中的发育和代谢2个亚类,所占比例分别为32.92%和35.36%。在分子功能中转录因子所占比例较大,达到67.65%;AAC00-1与甜瓜幼苗互作后,差异基因显著富集在生物学过程中的转运和定位中,比例分别为23.84%和24.18%。在分子功能中氧化还原酶活性亚类所占比例高达17.59%。西瓜噬酸菌pslb65和AAC00-1侵染寄主6 h,Rboh、CaMCML、CDPK和FLS2等编码基因在植物-病原互作途径(csv04626)多为下调表达,植物-病原互作途径被抑制;12 h,pslb65-甜瓜互作途径相关基因多下调,AAC00-1-甜瓜互作途径相关基因多上调,推测此时植物-病原互作途径被AAC00-1激活,引起寄主的防御反应。西瓜噬酸菌pslb65和AAC00-1均可诱导植物发病,但在引起植物感病途径上略有不同,这可能与它们来自西瓜噬酸菌的不同亚群有关。最后,选取pslb65与寄主互作途径的6个基因进行qRT-PCR验证,结果与转录组测序结果基本一致。本研究初步揭示了西瓜噬酸菌2个不同菌株与寄主互作在转录水平上的表达差异,为研究甜瓜与不同菌株的互作机制差异奠定了基础。
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- 关键词：甜瓜幼苗
