刘银凤
- 作品数：2 被引量：15H指数：2
- 供职机构：大理学院基础医学院病原生物学综合实验室更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 淋病奈瑟菌外膜蛋白PorB二级结构及其B细胞和T细胞表位分析被引量：4
- 2015年
- 目的分析淋病奈瑟菌外膜蛋白PorB的二级结构及其潜在的优势B细胞和T细胞抗原表位。方法应用在线工具TMHMM对PorB全长氨基酸序列进行跨膜区域分析,利用EXPASY服务器上的GOR4和SOPMA工具预测PorB的二级结构,通过DNAStar软件Protean模块的Karplus-Schulz、Kyte-Doolittle、Emini方法和Jameson-Wolf方法分析PorB蛋白的柔韧性、亲水性、表面可及性和抗原性,以综合预测其优势B细胞表位。选择常见的HLA基因型,并兼顾小鼠H2-Ed、Ek限制性,利用SYFPEITHI软件以多肽氨基酸是否为锚定残基、辅助残基或优势残基进行记分,选择得分高的肽段作为候选T细胞表位,采用NetMHC-Ⅱ软件以肽段分子与MHC分子的亲和力为依据,判断肽段的抗原性,综合SYFPEITHI和NetMHC-Ⅱ软件分析结果以确定T细胞抗原表位存在的可能区域。结果 PorB蛋白的N端第1-20氨基酸为跨膜区,第20以后的氨基酸则位于膜外;PorB的二级结构以无规则卷曲为主,亦可见α螺旋和β折叠;根据其柔韧性、亲水性、表面可及性和抗原性特征综合分析,PorB优势B细胞表位可能存在于氨基酸序列N端的第165-175,195-206,236-243,275-282肽段;SYFPEITHI和NetMHC-Ⅱ软件预测出T细胞优势表位可能位于第18-32、126-142和186-200肽段。结论应用生物信息学方法分析PorB蛋白的T细胞和B细胞优势表位可能分别是第18-32、126-142和186-200肽段,165-175,195-206,236-243,275-282肽段,为淋球菌表位疫苗的研制提供了思路和理论依据。
- 刘银凤张莉李海龙张雷
- 关键词：淋病奈瑟菌T细胞表位B细胞表位
- 生物信息学数据库在医学研究中的应用被引量：11
- 2014年
- 后基因组时代的到来,使生物信息学的应用范围更加广泛,生物信息学数据库种类不断增多,数量不断增加,功能日趋完善;在一次数据库的基础上大量的生物信息学二次数据库得到了开发和应用,推动了病毒分析、基因识别与预测以及疾病诊断等相关领域的发展。
- 刘银凤张雷
- 关键词：病毒基因疾病
