采用变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术对内蒙古河套灌区三种不同盐碱程度土壤（盐土,强度盐化土,轻度盐化土）不同深度（0~20cm和20~30cm）土壤细菌16S r DNA V3~V6可变区扩增片段进行分析,并对土壤理化性质进行了测定.结果表明：细菌群落多样性随土壤盐碱化程度的加深而减少（轻度盐化土〉强度盐化土〉盐土）,随土壤深度的增加而降低（细菌群落多样性0~20cm土层大于20~30cm土层）.细菌Shannon-Wiener指数在轻度盐化土中最大为3.36,在强度盐化土和盐土分别为3.05和2.49.不同盐碱程度土壤以细菌相似系数聚类,分为0~20cm层与20~30cm层两大族群,土壤细菌群落Shannon-Wiener指数在0~20cm层中（盐土为3.04,强度盐化土为3.29,轻度盐化土为3.36）均大于在20~30cm层（盐土为2.49,强度盐化土为3.05,轻度盐化土为3.14）.相关性分析和典范对应分析表明,土壤w（EC）、p H值、w（SOC）、w（TP）是土壤细菌群落结构多样性的显著影响因素,不同盐碱程度土壤中细菌群落的Shannon-Wiener指数与土壤w（EC）（r=-0.542,P〈0.05）、p H（r=-0.526,P〈0.05）呈显著负相关,与土壤w（SOC）（r=0.700,P〈0.01）和w（TP）（r=0.805,P〈0.01）呈极显著正相关.w（EC）和p H对盐碱土壤细菌群落结构的影响力最大.回收DGGE图谱中20个优势条带进行测序分析,结果显示,变形菌纲（α-变形菌纲、β-变形菌纲、γ-变形菌纲和δ-变形菌纲）是盐碱土壤的主要类群.
