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合作猪IFN-ε基因克隆及生物信息学分析: 引言合作猪是世界上少有的珍稀高原型猪种,甘肃合作为中心产区,地理隔离及独特的高原气候,使合作猪保存了独特的遗传结构和遗传性状。作为小型原始地方品种,合作猪具有体型矮小、适应性和抗病性强等特点,是开展相关疾病研究的理想实验...; 杨姣姣谢开会王伟闫尊强杨巧丽马艳萍滚双宝; 关键词：合作猪生物信息学分析基因克隆 IFN

硅酸盐矿物的生物学功能及其在家禽生产中应用的研究进展被引量：3: 2021年; 硅酸盐矿物是经沉积物风化成岩后完成元素分配,形成具有强吸附性、离子交换性的层状或层链状构造的硅酸盐矿物及含水的非晶质硅酸盐矿物总称,可以吸附霉菌毒素、重金属、细菌、病毒,并可修复保护肠膜,增强肠道屏障功能,维持肠道的正常结构与菌群,提高肠道酶活性。硅酸盐矿物可作为营养性饲料添加剂,促进动物生产,增强机体抗氧化、免疫功能,改善畜产品品质,改善畜禽舍环境。本文综述了硅酸盐黏土矿物的生物学功能及其在家禽生产中的应用,为硅酸盐矿物在家禽生产中的应用提供参考依据。; 王海波杨姣姣裴文刚杨敏敏史兆国秦士贞; 关键词：硅酸盐矿物家禽

FABP2基因在不同比例花椒籽饲喂育肥猪的组织差异表达、克隆及生物信息学分析被引量：1: 2022年; 旨在分析不同比例花椒籽替代部分玉米饲喂三元杂交育肥猪不同组织FABP2的差异表达,寻找肌内脂肪沉积的关键基因;同时克隆三元杂交育肥猪FABP2编码区序列,并用生物信息学方法对其进行分析。选取288头90日龄杜×长×大三元杂交育肥猪(33 kg),随机分为4组,每组4个重复,每个重复18头猪;对照组饲喂基础日粮,试验组分别用花椒籽代替饲粮中2.5%(试验Ⅰ组),5.0%(试验Ⅱ组),7.5%(试验Ⅲ组)的玉米,预试验7 d,正试期100 d。采用qRT-PCR检测试验组不同组织中FABP2的相对表达量,同时克隆三元杂交育肥猪FABP2编码区,利用生物信息学分析软件,预测FABP2蛋白理化性质、结构域和磷酸化激酶位点等。结果表明:FABP2在各组织中均有不同程度表达,其中空肠和肝脏中FABP2显著高表达。与对照组相比,各试验组心脏、肺脏、肾脏、十二指肠、空肠和盲肠组织中FABP2显著下调表达;试验Ⅱ组和试验Ⅲ组脾脏和回肠组织中FABP2显著上调表达;试验Ⅰ组肝脏、结肠、直肠和背肌组织中FABP2显著上调表达,说明饲粮中添加花椒籽对三元杂交育肥猪FABP2基因的表达谱具有显著影响。成功克隆并鉴定出三元杂交育肥猪FABP2编码区全长(399 bp),编码132个氨基酸,存在2处错义突变;FABP2蛋白是一种酸性稳定的非分泌蛋白,二级结构主要由延伸链和无规则卷曲构成,含有一个Lipocalin-FABP2超家族保守结构域和3个无序化区域。; 李杰黄晓宇尚学峰杨姣姣张娟丽谢开会张亚丽闫尊强王鹏飞高小莉杨巧丽马艳萍滚双宝; 关键词：花椒籽克隆生物信息学分析

合作猪HMOX1基因的克隆及生物信息学分析被引量：7: 2020年; 本研究旨在对合作猪血红素加氧酶1(heme oxygenase 1,HMOX1)基因进行克隆及分析其相关生物信息学。本试验以NCBI数据库中已知的野猪HMOX1基因mRNA序列为模板设计特异性引物,应用RT-PCR技术扩增得到CDS区全长序列,采用生物信息学分析软件对合作猪HMOX1基因序列特征、同源性以及编码产物的理化性质、二级结构和三级结构、亚细胞定位、潜在信号肽剪切位点、跨膜结构域、亲疏水性、保守结构域、激酶磷酸化修饰位点等进行预测分析。结果表明,合作猪HMOX1基因CDS全长867 bp,编码288个氨基酸,与NCBI中公布的野猪(NM001004027.1)HMOX1基因核苷酸同源性为99%,氨基酸同源性为99.3%,并发现在第450 bp处T>C为同义突变;第706 bp处A>G和第802 bp处A>G为错义突变,导致第236位和第268位的异亮氨酸均突变为缬氨酸。合作猪与野猪、绵羊、牛、犬、兔、人、猫、马、小鼠、大鼠和鸡的氨基酸同源性分别为99.3%、86.5%、85.5%、84.7%、84.0%、82.6%、82.6%、81.4%、78.9%、77.2%和61.5%;系统进化树分析发现合作猪与野猪亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远。合作猪该基因编码产物具有亲水性和不稳定性,二级结构以α-螺旋为主,主要定位于分泌系统囊泡,不存在信号肽剪切位点,属非分泌蛋白;存在一段跨膜螺旋结构,含有一个Hemeoxygenase保守结构域,44个磷酸化修饰位点。本研究成功克隆出合作猪HMOX1基因CDS全长序列,可为今后HMOX1基因在合作猪高海拔低氧胁迫下的适应性分子机制研究提供科学理论依据。; 王伟杨巧丽谢开会杨姣姣闫尊强王鹏飞马艳萍滚双宝; 关键词：合作猪克隆生物信息学分析

鳗弧菌灭活疫苗对杂交鲟的免疫效果初探被引量：3: 2016年; 以0.5%的甲醛溶液为灭活剂,制备鳗弧菌灭活疫苗,经过无菌和安全试验后,按照2 m L/尾的剂量,通过腹腔注射途径注射浓度为1.78×108cfu/m L的鳗弧菌灭活疫苗对杂交鲟进行免疫;对照组用同等剂量生理盐水处理。免疫7 d后,对试验鱼进行鳗弧菌活菌攻毒。攻毒试验7 d后,计算疫苗的免疫保护率。结果表明,在实验室条件下,0.5%甲醛灭活的鳗弧菌疫苗对杂交鲟安全,免疫保护率为80%。; 康玉军杨姣姣苟彦龙郑登杰林光禄张雪; 关键词：鳗弧菌灭活疫苗杂交鲟免疫效果

m^(6)A甲基化修饰对畜禽生产影响的研究进展被引量：1: 2023年; m^(6)A甲基化修饰是RNA修饰中最为普遍的一种,主要通过甲基化相关酶的可逆调节而影响RNA的代谢,如RNA运输、可变剪切、翻译及稳定性。通过对m^(6)A甲基化修饰的分布特征、检测方法优缺点、种类及在畜禽生长发育、生殖、脂肪代谢、炎症反应中的调节作用的综述,为m^(6)A甲基化修饰在畜禽各性状中的研究提供新的见解和思路。; 张娟丽杨姣姣杨姣姣黄晓宇; 关键词：畜禽脂肪代谢免疫炎症反应

合作猪IFN-β基因编码区克隆及生物信息学分析被引量：1: 2019年; 克隆合作猪干扰素β(Interferon-beta,IFN-β)基因的编码区序列(Coding region sequence,CDS),预测分析其结构与功能。以NCBI/GenBank中猪IFN-β(登录号:NM_001003923.1)的序列设计特异性引物,通过TA克隆技术得到合作猪IFN-β基因完整CDS区,用生物信息学方法对其进行分析。结果表明,合作猪IFN-β基因CDS区全长561 bp,编码186个氨基酸,与参考序列相比,其编码区的第177位点处的C突变为T,为同义突变。分子质量约为21.95 ku,理论等电点(PI)为4.93,不稳定系数为62.91,平均疏水性为-0.172;二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成,三级结构与二级结构预测基本一致。合作猪与巴马猪、梅山猪和疣猪IFN-β核酸序列的相似性为99.47%、99.82%和98.75%。进化树结果表明,合作猪与梅山猪亲缘关系最近。合作猪IFN-β属于干扰素ab超家族,是不稳定的酸性亲水性蛋白,含有信号肽和跨膜区。; 谢开会王伟杨姣姣闫尊强杨巧丽滚双宝; 关键词：合作猪克隆生物信息学分析

合作猪IFN-ε基因克隆及生物信息学分析被引量：5: 2020年; 旨在克隆合作猪干扰素ε(Interferon epsilon,IFN-ε)基因,并对其结构和编码蛋白进行生物信息学分析,为进一步研究合作猪IFN-ε生物学功能提供参考。根据GenBank上公布的猪IFN-ε基因序列(登录号:NM_001105310.1)设计引物,PCR扩增及测序获得合作猪IFN-ε基因完整编码区序列(Coding sequence,CDS),并对其进行生物信息学分析。结果显示,合作猪IFN-ε基因编码区长582 bp,编码193个氨基酸。该基因编码区序列与杜洛克猪、人、小鼠、黑猩猩、狗、瘤牛、蒙古野马、山羊和绵羊的同源性分别为98.4%、77.7%、56.8%、78.2%、76.5%、87.0%、85.5%、85.0%和86.0%;系统进化树结果表明,合作猪与瘤牛、蒙古野马、绵羊、山羊亲缘关系较近。此外,在合作猪IFN-ε基因CDS上共发现3个碱基突变,均为错义突变。氨基酸序列分析表明,合作猪IFN-ε蛋白分子式为C 1027 H 1630 N 278 O 290 S 10,理论分子质量为22.83 ku,等电点(pI)为8.43,属于碱性蛋白;平均亲水系数为-0.240,属于亲水蛋白质;IFN-ε蛋白无跨膜结构,存在信号肽序列,属于分泌型蛋白;IFN-ε蛋白只包含1个超家族保守结构域,即IFab结构域。二级结构分析表明,该蛋白中α-螺旋、无规则卷曲、β-转角和延伸链所占比例分别为61.66%、30.05%、3.11%和5.18%。; 杨姣姣谢开会王伟闫尊强杨巧丽马艳萍滚双宝; 关键词：合作猪 CDS 克隆生物信息学分析

合作猪TRIF基因CDS区克隆鉴定及组织表达分析: 2025年; 【目的】β-干扰素TIR结构域衔接蛋白(TIR domain-containing adaptor protein inducing interferon β,TRIF)基因在机体抗病免疫中具有重要作用,本研究旨在探究合作猪TRIF基因CDS区序列特征及组织表达特点。【方法】以甘肃合作猪为研究对象,克隆TRIF基因CDS区全长序列,并对其进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR技术检测合作猪TRIF基因在肺脏、肾脏、脾脏、背最长肌、盲肠、回肠、直肠、结肠共8种组织中的表达量。【结果】合作猪TRIF基因CDS区全长2 142 bp,编码713个氨基酸,与NCBI数据库中收录的野猪TRIF基因序列(登录号:NM_001315738.2)相似性为99.81%。系统进化树结果显示,合作猪与野猪亲缘关系最近,与斑马鱼亲缘关系最远。合作猪TRIF蛋白具有亲水性,无跨膜区域,不存在信号肽,且不存在N-糖基化修饰位点,其主要定位于细胞核内。TRIF蛋白的二级结构主要以无规则卷曲为主,三级结构与二级结构预测结果基本一致,该蛋白存在6个低复杂度结构域和1个卷绕线圈区域。实时荧光定量PCR检测结果表明,合作猪TRIF基因在肺脏、肾脏、脾脏、背最长肌、盲肠、回肠、直肠、结肠中均有表达,其中在背最长肌中表达量最高。【结论】本试验成功克隆出合作猪TRIF基因CDS区序列,其在背最长肌中的表达量最高,该研究结果可为后续研究合作猪TRIF基因提供参考依据。; 胡慧慧付盼盼李杰闫尊强高小莉杨姣姣黄晓宇; 关键词：合作猪

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杨姣姣

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