EV71-B5亚型自2003年首次报道以来,在亚太地区频繁引发手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)疫情,并可引起部分婴幼儿重症表现甚至死亡。为了阐明EV71-B5亚型在亚太地区的流行病学规律及进化特征,本文采用分子生物学软件(主要包括BioEdit、MEGA 5.0、Jmodeltest2.1.7、BEAST1.8.2、Tracer1.5、FigTree1.4.3、SPREAD1.0.7),对60条亚太地区的EV71-B5亚型序列进行进化分析及系统发育地理学分析。分析结果显示EV71-B5亚型可在同一地区(中国台湾、泰国等)频繁流行,最近共同祖先的起源时间为2000年9月(95%CI:1999年8月~2001年9月),平均进化速度为4.045×10^(-3)(95%CI:3.222×10^(-3)~4.909×10^(-3));此外,迁移图谱表明EV71-B5亚型在亚太地区具有明显的迁移传播现象,中国厦门EV71-B5亚型分离株(JN964686)推测来源于新加坡地区(BF=3.17)。这种现象提示我国需要加强对该亚型的监测力度,以免发生大范围暴发。