袁瑗
- 作品数：2 被引量：8H指数：1
- 供职机构：南京农业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技重大专项转基因生物新品种培育专项更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 大豆花叶病毒密码子使用及其进化分析被引量：1
- 2014年
- 对57个来自不同地区的大豆花叶病毒（SMV）分离物的基因组序列进行密码子使用偏性与进化分析。结果显示,SMV基因组GC含量较低;GC3〈50%,说明SMV偏好使用以A/T结尾的密码子;SMV基因组密码子3个位置的GC含量均相互呈极显著相关（P〈0.01）,说明密码子3个位置的碱基组成相关;ENC值为49.42-51.78,密码子偏性存在但并不显著;对应性分析结果表明,第1轴显示67.84%的差异,ENC、GC3、GC12之间的相关性均达极显著水平（P〈0.01）,说明密码子的偏性与碱基突变相关;中性绘图及ENC绘图分析均表明密码子使用模式主要受碱基突变影响;密码子使用频率比较结果显示SMV存在19个最优密码子;RSCU的聚类分析证明SMV密码子偏性与病毒地理来源相关。
- 袁瑗黄赛花王成坤智海剑
- 关键词：大豆花叶病毒密码子偏性进化
- 大豆花叶病毒CP基因密码子使用偏性分析被引量：7
- 2015年
- 大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)外壳蛋白(coat protein,CP)是SMV基因组的结构蛋白,在SMV侵染大豆的过程中发挥着重要的作用。运用CUSP和Codon W等软件分析了大豆花叶病毒外壳蛋白的密码子的偏性,并与SMV基因组的密码子偏性进行了比较。结果表明,SMV CP偏好于以A/T结尾的密码子;与SMV基因组密码子偏性相比,发现只有8种氨基酸密码子偏性完全一致。ENC与GC3的相关性分析结果显示,CP的密码子使用偏好性受碱基组成等多种因素共同影响。聚类分析显示基于基因CDS序列的聚类结果与基于密码子偏性参数相对密码子使用度(RSCU)的聚类结果基本一致。通过分析CP密码子使用特性,为进一步研究其功能奠定基础。
- 黄赛花袁瑗王成坤任锐何卓伟智海剑
- 关键词：大豆花叶病毒CP基因密码子偏好性
