陈通
- 作品数：6 被引量：21H指数：3
- 供职机构：西南民族大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：四川省科技支撑计划中央高校基本科研业务费专项资金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- KDM2B基因克隆及其在牦牛组织和卵母细胞减数分裂过程中的表达研究被引量：5
- 2018年
- 本研究旨在克隆牦牛组蛋白去甲基化酶2B(Lysine-specific histone demethylase 2B,KDM2B)基因,检测其在牦牛不同组织及其在卵母细胞减数分裂过程中的表达水平,从而为研究KDM2B基因在牦牛减数分裂中的作用机制提供试验依据。牦牛屠宰后,采集心、肝、脾、肺、肾、脑、小肠、胃、肌肉、卵巢、睾丸和子宫组织样品,分别提取各个样本的总RNA。另选择3~5周岁的健康牦牛,采集卵巢后,抽取卵丘-卵母细胞复合体(Cumulus-oocyte complex,COCs),透明质酸酶作用后,获得卵母细胞和颗粒细胞,利用RT-PCR扩增得到KDM2B基因CDS区序列,实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qRT-PCR)检测KDM2B基因在不同组织中的表达水平。体外培养获得GV、MI、MII 3个时期COCs,用qRT-PCR法检测KDM2B基因在卵母细胞减数分裂过程中的表达规律。结果表明,KDM2B基因CDS区长为3 930bp,编码1 309个氨基酸,与牦牛已有预测序列相比,属于长型转录本。与牛、绵羊、山羊的同源性较高,与斑马鱼和鸡的同源性较低。KDM2B基因在牦牛的各个组织中均有表达,其中脾、子宫、睾丸和卵巢的表达量较高。在MI期卵母细胞中,KDM2B基因的表达水平显著高于GV期和MII期(P<0.01)。在卵丘颗粒细胞中,KDM2B基因的表达水平随减数分裂的进行而显著增加(P<0.01)。本研究为进一步研究牦牛卵母细胞减数分裂机制及改善牦牛繁殖效率提供基础资料。
- 蔡雯祎熊显荣陈通杨显英韩杰阿果约达李键
- 关键词：牦牛卵母细胞减数分裂
- 牦牛泌乳期垂体组织比较转录组学分析被引量：3
- 2019年
- 试验旨在了解不同产奶量牦牛泌乳期垂体组织间的转录组差异,为进一步阐述牦牛垂体组织调控泌乳的机制提供参考。提取牦牛垂体组织总RNA,并应用RNA-Seq技术对高产奶量牦牛和低产奶量牦牛泌乳期间垂体组织转录组进行高通量测序及分析。结果显示,通过比较分析高产奶量牦牛和低产奶量牦牛垂体组织转录组数据,筛选出114个差异表达基因,其中55个表现为上调,59个表现为下调。进一步功能分析表明,这些差异基因涉及多种GO分类及KEGG通路,其中GO分析显示,差异基因与许多和氨基酸代谢相关的生物学过程存在紧密关联;KEGG通路分析显示,最为富集的是细胞黏附分子通路,且金黄色葡萄球菌感染和利什曼病等大量与免疫或疾病相关的通路也出现显著富集。本研究对比了高产奶量牦牛和低产奶量牦牛泌乳期垂体组织转录组数据,筛选并分析了相关差异表达基因,为提高牦牛产奶量的研究提供新的思路。
- 朱育星刘俊艾翳陈通邓志和何世明吴锦波兰道亮
- 关键词：牦牛转录组分子机制
- 牦牛PLIN2基因的克隆及其在卵巢不同发情阶段的表达被引量：3
- 2017年
- 试验旨在研究牦牛PLIN2基因的序列特征和表达特性,并分析其表达与不同发情时期的卵巢的相关性。根据GenBank中已知的普通牛序列,设计克隆引物,经RT-PCR扩增得到牦牛PLIN2基因序列。RT-PCR检测PLIN2基因在各个组织中的表达量,实时荧光定量PCR分析卵巢不同发情时期的表达量。结果表明,牦牛PLIN2基因的编码区长为1 353bp,共编码450个氨基酸,为无跨膜结构的非分泌蛋白。与GenBank中已知的普通牛序列同源性达到99.4%,表明PLIN2基因在进化过程中相当保守。在牦牛的各个组织中PLIN2分布广泛,但不同组织中的表达有差异,卵巢、乳腺、胃和肾脏中相对较多,而肺脏中几乎没有表达。实时荧光定量PCR结果显示,在卵巢的不同发情时期PLIN2都有表达,且在黄体期的表达量最高,表明PLIN2基因在牦牛发情周期中起着不可忽视的作用。
- 蔡雯祎陈通石仙陈伟明胡嘉嘉熊显荣兰道亮李键
- 关键词：牦牛克隆实时荧光定量PCR
- 牦牛肺转录组图谱绘制及特有正选择遗传进化基因探究被引量：3
- 2017年
- 旨在利用RNA-Seq的高通量测序技术从基因组转录水平解析牦牛低氧适应及相关遗传机制。本研究以牦牛和黄牛肺为样本,经Illumina HiSeq2 500平台测序并进行生物信息学分析。结果表明,在黄牛转录测序文库中共获得了54 720 968条序列,包含4 924 882 170bp,在牦牛中共获得了51 641 282条序列,包含4 647 715 380bp。牦牛基本转录组分析发现,8 123条mRNA的5′-或3′-末端在原有基础上发生了延伸,同时还发现了7 059个新转录本,预测其中2 795个新转录本具有编码蛋白的能力;GO分析表明,共有14 764个基因得到分类注释,涉及细胞组分、生物学过程及分子功能3个大类59个小类,其中细胞、细胞过程及绑定类别最为富集;KEGG分析表明,14 485个基因涉及到258个通路,代谢途径通路最为富集,其次为粘着斑通路及阿米巴病通路。将牦牛肺转录组与黄牛进行比较,Ka/Ks分析筛选出39个正选择基因,这些基因的GO分类注释结果显示,在细胞组分TOP10中与核糖体相关的类别所占比例最大(4/10),生物学过程TOP10中与免疫细胞相关的类别所占比例最大(7/10),分子功能TOP10中与酶活性相关的类别所占比例最大(5/10);KEGG注释结果表明,这些基因共涉及56个通路,最为富集的前10个通路中涉及糖类能量、维生素、核酸等相关代谢的通路占到了7/10。同时发现,最为富集前10个通路中有3个涉及到疾病,推测这与牦牛的自我保护机制有关。本研究通过RNA-Seq转录组测序技术获得了牦牛肺正常转录组数据库,描绘出了牦牛肺正常转录组图谱,为进一步的完善牦牛基因组数据库提供了有价值的数据。同时通过与黄牛转录组的比较,筛选出了相关的正选择基因,为进一步在分子水平揭示牦牛高原低氧适应的独特进化过程及遗传分子机制提供了参考依据。
- 杨琦玥陈通兰道亮熊显荣候定超李键
- 关键词：牦牛转录组RNA-SEQ
- 猪NLRC5基因克隆及序列特征分析被引量：7
- 2016年
- 为了解猪天然免疫受体NLRC5基因特征,用人类、小鼠等物种NLRC5基因已知片段设计分段扩增的引物,同时运用RACE技术,克隆该序列并进行序列生物信息学分析.基因序列分析表明,克隆得到猪NLRC5基因c DNA全长为6638bp,基因开放阅读框为5538bp,共编码1846个氨基酸.蛋白质预测结果显示,NLRC5编码蛋白质整体表现为亲水性,蛋白质结构域分析结果显示,NLRC5具有典型的NACHT区及20个LRRs.同源性分析表明猪与牛、绵羊、猕猴、人等物种具有较高同源性,达到了80%左右,遗传进化树分析表明与牛和绵羊进化关系最近.进一步组织表达分析表明NLRC5基因除在淋巴结、脾脏等系统免疫器官中具有较高表达量,在肠淋巴结、胃、肺等黏膜器官中也有较高的转录水平.本研究结果说明猪NLRC5基因在长期进化中较为保守,尤其在哺乳动物间具有较高的保守性,在免疫反应中可能扮演着重要的角色.猪NLRC5基因序列的成功克隆为后续NLRC5在机体内免疫系统中的功能研究奠定了理论基础.
- 杨琦玥陈通李键黄勇兰道亮
- 关键词：基因克隆
- 人工感染沙门菌牦牛脾中相关差异表达基因筛选
- 2018年
- 旨在从基因组转录水平解析牦牛抗沙门菌感染相关免疫基因及其调控网络。以牦牛沙门菌为模式病原体,以牦牛为研究对象,在12、24、48h三个不同时间段利用RNA-Seq测序技术对感染牦牛的外周免疫器官脾进行转录组测序。通过比较分析三个时间段感染牦牛和健康牦牛转录组数据,筛选出差异基因,然后对这些差异基因进行GO、KEGG功能分析,并进行共表达网络分析。结果共筛选出413个差异基因,其中185个表现为上调,228个表现为下调,GO分析显示,与生物过程相关的类别比例最大,其中最为富集的是细胞过程、代谢过程、生物调节、生物过程的调控及单一有机体过程。KEGG分析显示,各时间段富集前20的通路中,与感染、免疫相关的通路占有较大比例,这些通路涉及的差异基因主要为趋化因子。WGCNA分析显示,处于网络枢纽的基因共66个,处于网络中心的基因是SCOC和NOCT。本研究在组学层面上探讨了牦牛脾细胞与沙门菌的分子互作机制。
- 陈通朱育星蔡雯祎杨琦玥邓志和兰道亮
- 关键词：牦牛沙门菌转录组差异基因RNA-SEQ
