刘斌
- 作品数：6 被引量：12H指数：2
- 供职机构：中国科学院新疆生态与地理研究所更多>>
- 发文基金：中国科学院知识创新工程重要方向项目国家自然科学基金中国科学院“百人计划”更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 后生动物线粒体基因组基因次序重组规律分析被引量：1
- 2014年
- 后生动物线粒体基因组由于其大小和基因数目的相对稳定,被认为是研究后生动物系统发育关系的一种理想模型。后生动物线粒体基因组大多有37个基因,包括22个tRNA编码基因和13个蛋白编码基因,它们的排列顺序也被认为是研究后生动物线粒体基因组很好的材料。通过对来自NCBI数据库的2 511种后生动物线粒体基因组提取的基因次序,包括对基因的倒置、共有基因簇、基因的缺失和重复、相邻位置的基因交换等重组形式的概述,综述了近年来对动物线粒体基因组基因次序重组的研究状况。
- 孔艳张哲李岩刘斌
- 关键词：后生动物线粒体基因组
- 宽翅菘蓝系统发育关系和分类地位研究(英文)被引量：1
- 2014年
- 宽翅菘蓝(Isatis violascens)是分布于新疆准噶尔盆地的一种早春短命植物。基于形态的相似性,有人建议将宽翅菘蓝作为Isatis emarginata同义体。目前宽翅菘蓝尚未得到分子水平的研究,其系统发育地位也不清楚。该研究对宽翅菘蓝的ITS区进行测序,结合GenBank数据库中菘蓝属物种的ITS序列对宽翅菘蓝的系统关系和分类地位进行研究。最大简约法,最大似然法和贝叶斯法3种方法分析表明:菘蓝属物种聚为两个分支;宽翅菘蓝与I.emarginata和小果菘蓝具有较近的亲缘关系;基于形态相似性和较近的遗传距离,支持将宽翅菘蓝与I.emarginata合并为一个物种,并把宽翅菘蓝作为I.emarginata的同义种。
- 李岩齐.阿拉达尔张志峰张元明吕光辉刘斌
- 关键词：系统发育ITS
- 基于DNA条形码技术对新疆罂粟科部分植物系统发生分析被引量：6
- 2014年
- 以新疆地区4属5种罂粟科植物为研究对象,利用DNA测序技术测定植物叶绿体rbcL基因、核基因ITS,并研究将这两种特定基因联合作为DNA条形码在识别新疆地区罂粟科植物的可行性和有效性。对15条新疆罂粟科植物的ITS-rbcL序列进行信息分析,发现其基因片段多态性位点较多,种内平均遗传距离小于种间。另外,以4种毛茛属植物做外类群对31种罂粟科植物进行聚类分析。结果显示:同属植物基本聚在一起,说明这一联合片段用来鉴定罂粟科植物中属的分类阶元是可行的。所选择的ITS-rbcL片段对罂粟科植物的分类鉴定有一定的参考价值。通过研究还发现,新疆鳞果海罂粟与伊犁秃疮花的亲缘关系较该属其他植物更为接近;新疆重点保护植物红花疆罂粟与黑环罂粟为近缘种;rbcL基因由于其保守度较高,并不适合作罂粟科植物的进化标记基因。
- 张哲孔艳李岩王习勇刘斌
- 关键词：罂粟科DNA条形码DNA测序技术RBCL
- 新疆野扁桃与其近缘种的亲缘关系被引量：2
- 2013年
- 野扁桃(Amygdalus ledebouriana Schlecht)为野生珍稀濒危植物资源,我国仅分布在新疆。为研究野扁桃与栽培扁桃及其近缘种的亲缘关系,对新疆野扁桃、栽培扁桃、栽培桃和桃属部分物种的叶绿体matK基因进行测序,基于Kimura双参数模型计算种间遗传距离,并以邻接法(NJ)构建系统发育树。结果表明:野扁桃与蒙古扁桃和榆叶梅的遗传距离较小,与栽培扁桃和桃属物种(桃、山桃和蟠桃)的遗传距离较大;栽培扁桃与山桃、蟠桃和桃的亲缘关系较其与野扁桃、榆叶梅和蒙古扁桃的亲缘关系更近。
- 姜凤琴潘伯荣尹林克刘斌李岩
- 关键词：野扁桃MATK序列亲缘关系系统发育树
- 新疆十字花科短命植物系统发育关系及分化时间被引量：2
- 2014年
- 利用核ITS、叶绿体trnL-F（含trnL内含子和trnL-TRNF间隔区）DNA序列，研究分布在新疆的十字花科短命植物的系统发育关系，探讨本区十字花科短命植物与非短命植物之间的系统关系，并利用分子钟原理，估算短命植物的分化时间。主要研究结果如下：短命植物不是单系群，而是聚为多个分支，镶嵌在非短命植物类群中；短命植物分支（属i种）分别与分类学上相近的非短命植物分类单位（近缘属／同属物种）具有很近的系统发育关系，说明短命植物并非单一起源，其分化和发育并未超越属种的演化关系。十字花科短命植物的亲缘关系：涩荠属、丝叶芥属、鸟头荠属、念珠芥属、四齿芥属、绵果荠属、棒果芥属和紫罗兰属亲缘关系较近；离子芥属、脱喙荠属和异果芥属具有较近的亲缘关系；舟果荠属、菘蓝属、厚翅荠属3个属的物种嵌合在一起，并与线果芥属的关系较近；四棱荠属和螺喙荠属系统发育关系很近；庭荠属、独行菜属、高河菜属的短命植物均与同属的物种聚在一起，高河菜属与四棱荠属、螺喙荠属的关系较近。计算表明，涩荠属短命植物的分化时间大致在14-6Ma，即中新世中期至晚期，要早于第三纪末第四纪初的结论。短命植物在这个时间段的分化可能与期间青藏高原的不断隆起密切相关，青藏高原的隆起导致亚洲内陆气候的干旱化以及干旱、半干旱区逐渐形成，促进了短命植物在新疆的进化和发育。
- 李岩冯缨刘斌吕光辉王习勇
- 关键词：十字花科短命植物系统发育ITSTRNL-F
- 荒漠长耳跳鼠肠道菌群多样性初探
- 2014年
- 长耳跳鼠(Euchoreutes naso)是世界自然保护联盟定义的濒危物种,对长耳跳鼠进行研究和保护极为重要,特别是其肠道微生物多样性的研究对该物种有极大的保护价值。通过提取粪便样品总DNA,构建16S rRNA文库,基于核苷酸片段多态性的分析方法,利用内切酶Bsur I对262个克隆子进行酶切分型、测序后得到15种不同的可操作分类单元,对该可操作单元进行基本局部比对工具(basic local alignment search tool,BLAST)比对后,得到梭菌目(Clostridiales)、乳杆菌目(Lactobacillales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、芽孢杆菌目(Bacillales)、拟杆菌目(Bacteroidales)、支原体目(Mycoplasmatales)6个目的细菌种类。
- 张哲孔艳尹彦强刘斌
- 关键词：肠道微生物系统发生树RRNA
