刘玉洁
- 作品数：11 被引量：16H指数：2
- 供职机构：广西师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广西教育厅资助项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 沙田柚β-D-木糖苷酶基因的鉴定及序列分析
- 2016年
- 从沙田柚自交和异交花柱转录组测序中鉴定了β-D-木糖苷酶基因序列。该基因全长为2647 bp (GenBank登录号为KU925841),开放阅读框(ORF)为2385 bp,共编码794个氨基酸,编码的蛋白质的分子量为87.30 kDa,理论等电点为5.87。β-D-木糖苷酶基因编码蛋白为亲水性蛋白,含有1个与糖基水解酶家族蛋白相同的保守CAS结构域。β-D-木糖苷酶基因在沙田柚在未授粉花柱中的表达量(RPKM)为0.07,自花授粉1、2、3 d花柱中的表达量(RPKM)分别为43.13、27.84、1.95,在异花授粉1、2、3 d花柱中基因的表达量(RPKM)则分别为33.90、76.14和49.63。系统进化树显示沙田柚β-D-木糖苷酶与甜橙(Citrus sinensis, XM_006468131)和克莱门柚(Citrus clementina, XM_006449591)亲缘关系很近,属于同一进化分支。
- 覃信梅韩愈郭丹妮刘玉洁李惠敏秦新民
- 关键词：沙田柚
- 沙田柚WRKY转录因子的克隆与序列分析
- 2016年
- 利用高通量测序技术对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序,差异分析得到沙田柚WRKY转录因子的序列。该基因的全长序列为1 178bp(GenBank accession No.KU173833),含有993bp的开放阅读框(ORF)可编码330个氨基酸,编码蛋白的相对分子质量为37.00ku,理论等电点为5.79。与未授粉的花柱相比,沙田柚异花授粉1、2、3d花柱中WRKY转录因子基因的表达量(RPKM)分别为5.67、26.04、17.08;而自花授粉1、2、3d花柱中WRKY转录因子基因的表达量(RPKM)分别为15.67、14.96、3.89。氨基酸序列分析表明,该氨基酸序列与甜橙、金桔的同源性分别为98%、97%。系统进化分析发现沙田柚WRKY转录因子与甜橙、金桔的亲缘关系很近,属于一个分支。
- 张渝刘玉洁郭丹妮覃信梅韩愈李惠敏秦新民
- 关键词：沙田柚WRKY转录因子自交不亲和性
- 沙田柚自交和异交花柱转录组测序及核糖核酸酶基因(cgSLA、cgSRA)的克隆与表达分析
- 沙田柚（Citrus grandis var.shatinyu）是广西的名优水果之一，因其品质优良和较高的营养价值而广受人们的欢迎。但是，沙田柚属于高度配子体自交不亲和的果树，自然坐果率很低，因而要依靠人工异花授粉来提高...
- 刘玉洁
- 关键词：沙田柚转录组测序基因克隆
- 沙田柚热激蛋白HSP90基因的鉴定分析被引量：2
- 2016年
- 为探明沙田柚自交不亲和分子机理,以沙田柚(Citrus grandis var.Shatianyu Hort)自交和异交花柱为材料,对其进行转录组测序;通过差异分析获得相关基因,并研究其理化性质。结果表明:获得的Hsp90基因全长2 602bp(GenBank登录号:KU517851),开放阅读框(ORF)全长为2 100bp,编码699个氨基酸,编码的蛋白质分子量为80.55KDa,理论等电点为5.01,含有1个与HSP90超家族(HSP90superfamily)相同的保守结构域。沙田柚Hsp90蛋白氨基酸的同源性与甜橙(XM_006490568)、克莱门柚(XM_006421973)亲缘关系较近,同源性高达99%,属同一进化分支。
- 郭丹妮刘玉洁韩愈覃信梅李惠敏秦新民
- 关键词：沙田柚HSP90基因理化性质
- 沙田柚RNase-like基因的克隆及序列分析被引量：1
- 2015年
- 以沙田柚自交和异交花柱为试材,采用高通量测序技术对其进行转录组测序。通过差异分析得到RNase-like贮藏蛋白的基因序列,并研究了其理化性质。结果表明:该基因全长1 048bp(GenBank登录号为KR363153),开放阅读框(ORF)全长为693bp,共编码230个氨基酸,编码的蛋白质的分子量为25.82kDa,理论等电点为5.30,含有核苷酸结合的保守区域,属于RNase-T2超家族成员。该蛋白为疏水性蛋白,可能的磷酸化位点共有15个。氨基酸序列同源性分析表明,该基因编码的氨基酸与甜橙和克莱门柚的同源性均为99%。系统进化树显示沙田柚RNase-like贮藏蛋白基因与甜橙,克莱门柚的亲缘关系较近,属于同一进化分支。
- 刘玉洁郭丹妮张渝覃信梅李惠敏秦新民
- 关键词：沙田柚
- 沙田柚F-box蛋白基因的克隆及序列分析被引量：2
- 2016年
- 采用生物信息学方法,对沙田柚[Citrus maxima(Burm.)Merr.cv.Shatian Yu.]F-box蛋白基因编码的蛋白质从序列特征、理化性质、跨膜结构域、高级结构及功能域等方面进行了预测和分析。结果表明,该基因全长为1 427 bp(Gen Bank登录号为KR363148),开放阅读框(ORF)全长为1 101 bp,共编码366个氨基酸,编码蛋白质的分子质量43.09 ku,理论等电点5.15。沙田柚F-box蛋白基因编码蛋白含有一个植物F-box蛋白家族的保守结构域,为亲水性非分泌不稳定蛋白,不跨膜运动,共有30个可能的磷酸化位点。氨基酸序列分析表明,其编码的氨基酸与甜橙(Citrus sinensis,KDO71185)和克莱门柚(Citrus clementina,XP_006425495)F-box蛋白的同源性分别为99%、98%。系统进化树表明,沙田柚F-box蛋白基因与与甜橙(Citrus sinensis,KDO71185)和克莱门柚(Citrus clementina,XP_006425495)亲缘关系很近,属于同一进化分支。
- 郭丹妮刘玉洁张渝顾金燕覃信梅李惠敏秦新民
- 沙田柚S-RNase基因的克隆及序列分析被引量：10
- 2015年
- 利用高通量测序技术对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序。通过差异分析得到沙田柚S-RNase基因序列。该基因全长为1 238bp(GenBank登录号为KP172529),开放阅读框(ORF)全长为834bp,共编码278个氨基酸,编码的蛋白质的相对分子质量为31.402kDa,理论等电点为5.30。S-RNase蛋白为亲水性蛋白,共有17个可能的磷酸化位点。氨基酸序列分析表明,其编码的氨基酸与柚Citrus maxima、沙糖桔Citrus reticulata和甜橙Citrus sinensis的同源性分别为99%、98%和96%。系统进化树显示沙田柚S-RNase基因与柚、沙糖桔和甜橙亲缘关系很近,属于同一进化分支。
- 秦新民张渝刘玉洁郭丹妮李惠敏
- 关键词：沙田柚
- 基于高通量测序的数字基因表达谱技术研究进展被引量：2
- 2015年
- 数字基因表达谱(digital gene expression profiling,DGE)是一种全面、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下基因表达情况的高通量测序技术。通过对基因表达谱的生物信息学搜索、比较和分析,可从中获取基因转录、基因调控、信号转导通路、蛋白质功能等相关信息。该研究主要介绍了数字基因表达谱的原理以及在生物学和医学研究等方面的应用。
- 张渝刘玉洁郭丹妮李惠敏秦新民
- 关键词：高通量测序技术差异表达基因
- 沙田柚自交不亲和花柱数字基因表达谱及相关基因分析
- 2020年
- 为探索沙田柚自交不亲和的分子机理,以沙田柚自交与异交1~3天的花柱为材料,利用数字基因表达谱技术对样品cDNA文库进行差异基因表达谱分析。结果表明:异交1 d/自交1 d花柱中,上调表达的基因有244个,下调表达的基因有27个;异交2 d/自交2 d花柱中,上调表达基因有265个,下调表达基因有244个;异交3 d/自交3 d花柱,上调表达的基因有193个,下调表达的基因有685个。在SY1/SZ1、SY2/SZ2和SY3/SZ3中共有的差异表达的基因为30个。差异表达基因的GO功能显著性富集分析结果表明,这些差异表达的基因主要参与应对各种化学物质、植物激素、内源和外源物质的刺激及信号转导过程。通过本研究,挖掘出了一些与沙田柚自交不亲和相关的基因,可为今后阐明沙田柚配子体自交不亲和的分子机理提供依据。
- 张渝李惠敏刘玉洁郭丹妮刘华英秦新民
- 关键词：沙田柚配子体自交不亲和花柱差异表达基因
- miRNA在沙田柚配子体自交不亲和反应中的差异表达与功能分析
- 2021年
- 以沙田柚自交1~3 d以及异交1~3 d花柱为实验材料,构建小RNA测序文库。利用HiSeq深度测序对Small RNA进行测序,然后对差异表达miRNA进行分类注释和靶基因预测,并对靶基因进行GO功能注释以及KEGG pathway注释。结果表明自交1~3 d花柱中已知miRNA的个数分别为178、179和186个,而新miRNA分别为640、739和801个。异交1~3 d花柱中的已知miRNA的个数分别为232、122和219个,新miRNA分别为1184、476和836个。在YJ1/ZJ1、YJ2/ZJ2、YJ3/ZJ3的比对中共获得了16个差异表达的已知miRNA以及23个差异表达的新miRNA。差异表达miRNA靶基因的GO功能显著性富集分析结果表明,这些miRNA靶基因的功能涉及到RNA降解、转录因子、植物激素、植物与病原菌相互作用、结合功能、激酶等代谢过程。通过本研究,挖掘出了一些与沙田柚自交不亲和相关的miRNA,可为今后阐明沙田柚配子体自交不亲和的分子机理提供依据。
- 郭丹妮刘玉洁刘华英李惠敏秦新民
- 关键词：沙田柚配子体自交不亲和花柱MIRNA
