刘汀
- 作品数：1 被引量：10H指数：1
- 供职机构：中南大学湘雅医学院药学院更多>>
- 发文基金：江西省科技厅青年科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 肺动脉高压时肺血管内皮间质转化相关miRNAs网络调控的生物信息学分析被引量：10
- 2016年
- 目的探索肺动脉高压(pulmonary hypertension,PH)时肺血管内皮间质转化(End MT)相关miRNAs及其下游靶点的网络调控。方法利用文献挖掘PH相关基因及EndMT/EMT相关miRNAs。利用Biological General Repository for Interaction Datasets(Bio GRID)数据库得到基因相互作用关系。利用生物信息学(DIANA3、Miranda4、Pic Tar5、Target Scan6、miRDB7和micro T-CDS8)预测相应miRNAs的靶基因关系,超几何分析预测与肺动脉高压End MT相关miRNAs,通过对miRNAs参与功能分区中的情况筛选评分最高的miRNAs并选择部分进行实验验证,利用Cytocape 3软件构建miRNAs与其下游靶点的相互作用网络。结果根据文献挖掘出与PH有关的基因230个,与End MT/EMT相关miRNAs共189个,对应成熟体322个。其中98个miRNAs可能与PH时End MT有关。其中,仅有22个miRNAs同时参与了TGF-β/BMP、低氧和炎症3个功能通路,评分最高,分别为miR-let-7家族、miR-124、miR-130家族、miR-135、miR-144、miR-149、miR-155、miR-16-1、miR-17、miR-181家族、miR-182、miR-200家族、miR-204、miR-205、miR-21、miR-224、miR-27、miR-29家族、miR-301a、miR-31、miR-361和miR-375。对let-7g、miR-21、miR-124及miR-130家族进行实时荧光定量PCR验证发现其在低氧诱导PH大鼠肺动脉中表达均明显变化。结论利用生物学信息技术从大量miRNAs中筛选得到的22个miRNAs同时参与TGF-β/BMP、低氧和炎症信号通路,可能与PH时End MT相关,为后续深入研究PH时End MT提供了重要的理论依据。
- 张卫芳熊爱珍吴卫华祝田田邹小舟刘汀胡长平
- 关键词：肺动脉高压MIRNAS网络调控生物信息学
