贺康
- 作品数：31 被引量：22H指数：3
- 供职机构：浙江大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江西省自然科学基金国家现代农业产业技术体系建设项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 柑橘大实蝇低覆盖度基因组及其分析被引量：1
- 2021年
- 为探究柑橘大实蝇Bactrocera minax的全基因组信息,以海关口岸截获的柑橘大实蝇样本为材料,提取DNA后构建350 bp短片段文库,采用Illumina二代测序平台开展全基因组测序,进行基因组组装、完整性评估和注释分析。结果表明,柑橘大实蝇的基因组大小为368.14 Mb,重复序列占比为16.27%,杂合率为0.79%,属于中等杂合度基因组。基因组组装得到43124条contigs,contig N50长度为94994 bp。BUSCO评估显示,组装的基因组可完整覆盖98.80%昆虫保守的单拷贝直系同源基因,表明该组装的完整性很高,可以满足后续分析。通过EVM注释流程整合了从头预测、同源预测和基于转录组预测等不同方法的注释结果,共预测到35655个蛋白编码基因,其中24343个基因有功能注释。
- 何容王书平王涛许佳丹滕凯王寅鹏贺康李飞
- 关键词：柑橘大实蝇基因组测序基因组注释
- 两株茶尺蠖核型多角体病毒毒株对灰茶尺蠖的毒力及基因组差异被引量：2
- 2021年
- 为明确茶尺蠖核型多角体病毒(Ectropis obliqua nucleopolyhedrovirus,EcobNPV)毒株对灰茶尺蠖E.grisescens的毒力差异及其机制,以前期筛选获得的高效毒株EcobNPV-QF4和原始毒株EcobNPV-QV为研究对象,采用PCR扩增技术对其进行分子鉴定,通过叶盘法毒力生测试验测定毒力差异,并用定量PCR技术比较病毒拷贝数及基因组测序方法分析基因组差异。结果表明,EcobNPV-QV经分子鉴定存在3个基因型,而EcobNPV-QF4则存在2个基因型,2株毒株的基因型存在差异;EcobNPV-QV和EcobNPV-QF4对灰茶尺蠖的幼虫毒力分别为4.26×10……(6)PIB/头和9.72×10^(7)PIB/头,EcobNPV-QF4对灰茶尺蠖的毒力是EcobNPV-QV的22.8倍;饲毒0~48 h之间EcobNPVQF4在灰茶尺蠖体内的增殖拷贝均显著高于EcobNPV-QV,EcobNPV-QF4比EcobNPV-QV具有更快的繁殖能力;比较2株毒株的基因组,EcobNPV-QF4比EcobNPV-QV长315 bp,与EcobNPV-QV相比EcobNPV-QF4基因组的hr1~hr3区域出现倒位,其中核苷酸还原酶小亚基基因在EcobNPVQF4中重复1次,3个同源重复区的回文序列存在差异但2株毒株仍为α杆状病毒亚家族Ⅱ亲缘种分离株。表明2株毒株的基因组在同源重复区的序列及回文个数间存在差异,推测这可能与导致其对灰茶尺蠖毒力差异有关。
- 张欣欣梅洋李红唐美君贺康肖强
- 关键词：茶尺蠖核型多角体病毒灰茶尺蠖分子鉴定
- 一种对二化螟致死及延缓发育的昆虫特异性Csu-miR-14基因及其应用
- 本发明揭示了一种对二化螟致死及延缓发育的昆虫特异性<I>Csu‑miR‑14</I>基因及其应用，通过将<I>Csu‑miR‑14</I>基因转入野生型水稻中花11品种内，将该转基因水稻连续喂食二化螟幼虫，达到致死二化螟...
- 李飞肖花美贺康
- 文献传递
- 灰飞虱致死基因片段Ribosomal protein L9e及其应用
- 本发明公开了灰飞虱致死基因片段Ribosomal protein L9e及其应用。本发明筛选出经干扰后能够导致灰飞虱死亡的序列如SEQ ID NO.1所示的灰飞虱致死基因片段Ribosomal protein L9e，利...
- 王亚琴王书平李飞贺康肖花美胡涛
- 文献传递
- 一种调控褐飞虱翅型发育的miR-71及其应用
- 本发明提供了一种调控昆虫翅型发育的小RNA：miR‑71。本发明通过miRNA生物信息学技术，利用现有的褐飞虱转录组数据，获得褐飞虱特异性miRNA：Nlu‑miR‑71，并利用体外合成技术，合成Nlu‑miR‑71类似...
- 贺俞闽刘莹贺康徐乐李飞
- 一种鉴定灰茶尺蛾的引物、试剂盒及方法
- 本发明提供了一种鉴定灰茶尺蛾的引物、试剂盒及方法，该引物包含2对引物，分别为引物对Hch1、引物对Hch2；引物对Hch1序列如SEQ ID NO:1‑2所示，引物对Hch2序列如SEQ ID NO:3‑4所示。本发明还...
- 李佳琦李泓晓贺康李飞
- 文献传递
- 一种鉴定灰茶尺蛾的引物、试剂盒及方法
- 本发明提供了一种鉴定灰茶尺蛾的引物、试剂盒及方法，该引物包含2对引物，分别为引物对Hch1、引物对Hch2；引物对Hch1序列如SEQ ID NO:1‑2所示，引物对Hch2序列如SEQ ID NO:3‑4所示。本发明还...
- 李佳琦李泓晓贺康李飞
- 文献传递
- 一种调控昆虫翅型发育的miRNA及其应用
- 本发明提供了一种调控昆虫翅型发育的miRNA及其应用。本发明利用miRNA生物信息学，获得褐飞虱特异性miRNA：nlu‑miR‑34，并利用体外合成的nlu‑miR‑34类似物agomiR‑34注射褐飞虱，发现该类似物...
- 徐乐汤沈杨贺康李飞
- 文献传递
- 一种调控褐飞虱翅型的Dnmt3基因的dsRNA序列及其应用
- 本发明提供一种调控褐飞虱翅型的Dnmt3基因的dsRNA序列及其应用。通过RNA干扰技术，注射本发明的dsRNA干扰褐飞虱的Dnmt3基因后，可对褐飞虱的翅型进行人工调控。
- 汤沈杨徐乐贺康李飞
- 文献传递
- 昆虫基因组组装大小偏差的原因解析
- 2021年
- 为明确昆虫基因组组装大小产生偏差的原因,利用流式细胞术估测来自6目10科的21种常见农业昆虫的基因组大小,同时从动物基因组大小数据库收集和整理1345个经流式细胞术估测的昆虫基因组大小信息,并从NCBI、GigaDB、DDBJ、i5k workspace@NAL、InsectBase和VectorBase等14个物种遗传信息数据网站获取536种昆虫的基因组组装信息进行比较分析。结果表明,收集的昆虫中有202种同时具有流式细胞术估测的基因组大小和基因组组装大小的信息,以更接近真实值的流式细胞术估测基因组大小为参照,比较发现其中42种昆虫的基因组组装大小偏大,98种昆虫的基因组组装大小偏小,而62种昆虫的基因组组装大小和经流式细胞术估测大小相似。基因组组装大小比经流式细胞术估测大小更大的物种,通过Wilcoxon秩和检验发现显著具有更多的重复序列,但与GC含量、contig N50及基因组测序和组装策略并无显著相关性。综合分析认为,在大多数情况下昆虫基因组组装大小更小,表明组装并不完整,但在重复序列占比较高的情况下,昆虫基因组的组装出现了冗余,导致组装大小更大。
- 丛宇阳贺康舒润国程梓淇陈昊王亚琴李飞
- 关键词：昆虫基因组大小流式细胞术
