任建峰
- 作品数：4 被引量：12H指数：2
- 供职机构：中国科学院海洋研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国科学院“百人计划”江苏省海洋生物技术重点建设实验室基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 南极磷虾(Euphausia superba)线粒体基因组特征及其分子标记应用被引量：5
- 2008年
- 为揭示南极磷虾(Eupahusia superba)(甲壳动物:软甲纲:磷虾目)线粒体基因组特征,及通过比较不同海域南极磷虾的线粒体基因组探讨潜在的分子标记,采用Long PCR扩增技术获得采自普里兹湾(Prydz Bay)南极磷虾线粒体基因组DNA,综合Primers-walking和Shotgun方法进行测序;通过生物信息学软件(DOGMA、tRNAscan-SE1.21和DnaSP4.10.7等)进行基因预测及序列分析。南极磷虾线粒体基因组全长15498 bp以上(部分非编码区未测定),包含13个蛋白编码基因、2个核糖体RNA基因和23个转运RNA基因。与后生动物线粒体基因组标准的基因组成相比,存在1个trnN基因的重复。南极磷虾线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,出现4个转运RNA基因的易位:trnL1、trnL2、trnW和trnI以及1个trnN的重复。比较采自普里兹湾(Prydz Bay)和威德尔海(Weddell Sea)南极磷虾的线粒体基因组,作者发现在南极磷虾线粒体基因组的主编码基因中,变异最大的是nad2基因,差异位点高达61个,其次是nad5基因,差异位点有12个;而cox1基因的变异位点仅有3个。Nad2基因和nad5基因可作为cox1基因辅助的分子标记,用于分析南极磷虾不同地理种群之间的遗传多样性,为合理利用南极磷虾生物资源提供保障。
- 申欣孙松王海青王敏晓任建峰张光涛刘斌
- 关键词：南极磷虾线粒体基因组海洋生态浮游动物分子标记
- 家马核基因组中线粒体核内插入序列分析
- 2008年
- 在各种真核生物核基因组中,存在一些由线粒体基因组转移进入核基因组中的DNA片段,这些被认为是分子化石的片段叫做线粒体核内插入序列(Numt)。由于Numt与真实的线粒体序列高度相似,因此它的存在必然会成为PCR扩增线粒体DNA的不利因素。利用已经公布的家马(Equus caballus)基因组序列(2007年9月公布,GenBank登录号为NC_009144-NC_009175)对家马Numt进行了深入分析,共发现200个可能的Numt,长度范围为29到3727bp,其中有10个的长度大于800bp。分析结果显示由于不存在线粒体控制区域的疑似Numt,因此对基于此区域的群体遗传学研究不会产生影响。本研究还发现在家马进化过程中,第1号和27号染色体更倾向于接受线粒体序列的转移。以上结果将为今后马科动物的研究提供重要的参考信息,有助于避免在线粒体DNA研究中由于Numt污染的存在而得出错误的实验结果。
- 姜枫苗永旺刘斌申欣任建峰何帆
- 关键词：线粒体DNANUMT家马假基因
- 海参纲线粒体基因组特征分析及分子标记探讨被引量：5
- 2011年
- 通过常规PCR和长PCR扩增获得仿刺参的线粒体DNA,进而采用鸟枪法测序、序列拼接获得仿刺参的线粒体基因组全序列。结合瓜参、拟刺参、海参及另外一个仿刺参的线粒体基因组,初步揭示了海参纲线粒体基因组的基本特征。楯手目的3个物种(仿刺参、拟刺参和海参)线粒体基因组的基因排列完全一致,且与海胆纲物种线粒体基因组的基因排列相同。隶属于枝手目的瓜参线粒体基因组的基因排列与其他海参线粒体基因组相比,发生6个tRNA基因的易位。海参纲线粒体基因组主编码基因的变异特征分析揭示了在海参类线粒体基因组所有的主编码基因中,cox1基因多态位点的比例最低,仅为29.46%;nad2、nad4、nad5三个基因的多态位点不仅比例较高,而且基因的长度较长,从而拥有最多的多态位点。因此,nad2、nad4和nad5基因可以cox1基因辅助的分子标记。
- 申欣田美程汉良孟学平任建峰
- 关键词：海参纲线粒体基因组基因排列分子标记
- 颈链血苔虫线粒体基因组的测定及其系统发育学意义被引量：2
- 2010年
- 本研究测定了颈链血苔虫的线粒体基因组。它是一个双链闭合环状分子,全长14144bp,与其他后生动物相比相对较小;颈链血苔虫线粒体基因组所有的基因都编码在同一条链上。相比其他后生动物它具有独特的基因排列顺序,而且与已发表的两个苔藓动物线粒体基因组相比,基因排列顺序也显著不同,这说明苔藓动物线粒体基因组经历了大规模的基因重排过程。基因排列顺序比较分析的结果支持苔藓动物为原口动物的观点,提示我们基因排列顺序的比较分析可能会成为苔藓动物门进化地位确定的良好途径。
- 孙名安吴志刚申欣任建峰刘锡兴刘斌刘会莲
- 关键词：苔藓动物线粒体全基因组
