王小婷
- 作品数：2 被引量：18H指数：2
- 供职机构：重庆师范大学生命科学学院昆虫与分子生物学研究所更多>>
- 发文基金：国家科技基础性工作专项国家自然科学基金国际原子能机构基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 中华按蚊全基因组微卫星的鉴定、特征及分布规律被引量：14
- 2016年
- 【目的】中华按蚊Anopheles sinensis是我国及东南亚重要的传疟媒介。本研究在全基因组上鉴定和分析中华按蚊微卫星并注释微卫星相关基因的功能,为遗传分子标记的筛选提供依据,也为昆虫微卫星比较基因组学进一步研究提供基础。【方法】用MISA程序鉴定中华按蚊基因组微卫星;用Excel 2010统计微卫星长度,结合微卫星序列信息编写Perl脚本计算微卫星碱基含量;结合微卫星位置信息编写Perl脚本定位微卫星出现的基因区域,并对基因区的微卫星进行GO功能注释;运用WEGO比较中华按蚊和冈比亚按蚊An.gambiae含微卫星相关基因功能注释。【结果】共鉴定出105 981个微卫星,出现的密度是365.5个/Mb。其中100 391个（94.7%）微卫星是完整型微卫星,其余5 590个（5.3%）是复合型微卫星。单碱基微卫星最为丰富,共58 837个,占总微卫星数量的55.5%,其余依次是二碱基（30 345个,占28.6%）、三碱基（15 104个,占14.3%）、四碱基（1 530个,占1.4%）、五碱基（121个,占0.1%）和六碱基（44个,少于0.1%）微卫星。（A）n为最主要的微卫星,其次是（AC）n,（AG）n,（C）n,（AGC）n,（ATC）n,（ACG）n和（ACC）n,数量都在2 000个以上。中华按蚊基因组微卫星长度以10~20 bp为主（87.1%）。这些微卫星的AT含量（63%）明显高于GC含量（37%）,仅三碱基微卫星的GC含量（53%）略高于AT含量（47%）。90 632个微卫星（85%）分布在基因间区,15 349个（15%）微卫星分布在基因区。在基因区,2 782个（3%）微卫星分布在外显子区,12 567个（12%）分布在内含子区。GO注释比较中华按蚊和冈比亚按蚊含微卫星的基因,发现这两个物种各小类基因所占总基因数的百分比基本一致,但电子传递类（electron carrier）基因在中华按蚊所占百分比（0.9%）明显高于冈比亚按蚊（0.1%）。【结论】这是蚊虫中首个在全基因组上系统的微卫星研究工作,为
- 王小婷张玉娟何秀梅婷陈斌
- 关键词：中华按蚊基因组微卫星
- 中华按蚊化学感受蛋白(CSP)家族基因的全基因组鉴定和特征分析被引量：4
- 2017年
- 【目的】在全基因组水平鉴定中华按蚊Anopheles sinensis化学感受蛋白(chemosensory protein,CSP)家族基因,预测该家族基因的特征,研究代表性双翅目昆虫CSP基因的系统发育和进化。【方法】在NCBI数据库中下载CSP氨基酸序列作为询问序列,通过Blast和HMM方法在全基因组水平搜索和鉴定中华按蚊、冈比亚按蚊An.gambiae、埃及伊蚊Aedes aegypti和致倦库蚊Culex quinquefasciatus的CSP家族基因并命名;通过生物信息学方法预测中华按蚊CSP家族基因的特性(基因结构、基因组定位、剪切模式、Ka/Ks比值)、保守结构域和蛋白质结构等;通过MEGA软件用最大似然法(maximum likelihood,ML)推断该家族基因的系统发育。【结果】中华按蚊、冈比亚按蚊、埃及伊蚊和致倦库蚊基因组分别有8,8,43和27个CSP家族基因。中华按蚊CSP家族基因(AsCSPs)都有全长的转录组序列,编码116(AsCSP7)~335(AsCSP5)个氨基酸;7个AsCSPs分布于Scaffold51上,AsCSP8分布于Scaffold116;AsCSP1~AsCSP8分别有3,2,1,1,1,2,1和2个选择性剪切模式;AsCSP3的表达量最高,其FPKM值达到385.46。AsCSPs的N端信号肽由17~37个氨基酸组成,均含有4个保守的半胱氨酸位点(CYS68,CYS75,CYS94和CYS97),这些位点界定了两个二硫键(CYS68-CYS75和CYS94-CYS97)。系统发育分析结果显示,4种蚊虫的8个CSP基因各自形成明显的支系,被命名为组CSP1~CSP8(CSP1-CSP8 group)。埃及伊蚊和致倦库蚊分别有35和18个CSP基因形成了一个不为按蚊所共有的特殊支系,被命名为Culicinae-specific组。替换率结果显示,中华按蚊与冈比亚按蚊同源基因对的Ka/Ks值都小于1,说明CSP家族基因在进化过程中主要是受到纯化选择作用。【结论】本研究为蚊虫,特别是中华按蚊基因组CSP家族基因提供了信息框架,为进一步开展该家族基因的功能研究奠定了基础。
- 梅婷何正波王小婷王婷婷陈斌
- 关键词：中华按蚊化学感受蛋白基因特征系统发育
