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陈炀
作品数:
1
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供职机构:
内蒙古农业大学生命科学学院
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发文基金:
国家自然科学基金
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相关领域:
生物学
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合作作者
蒙美莲
内蒙古农业大学农学院
陈有君
内蒙古农业大学生命科学学院
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1篇
生物学
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生物序列
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比对法
机构
1篇
内蒙古农业大...
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陈有君
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蒙美莲
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陈炀
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1篇
内蒙古农业大...
年份
1篇
2010
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分段位序比对法揭示两个序列之间关系
2010年
采用同元素位序(REON)比对法可以减少50%以上的比对(无效比对),对于含有20种氨基酸(元素)的蛋白质序列可以减少95%左右的比对(无效比对),比对的效率还会随组成序列元素种类的增加而增大。如果结合合理的分段,可以进一步减少无用比对,合理的分段数可以使比对的复杂度趋于O(n)=~n。采用同位序差元素特征比较法(IODC)也可以实现复杂度无限趋近于n的目的。用同元素位序比对法比对两个细胞色素C只用了787次比对(是Needleman和Wunsch的动态规划法或Gibbs和McIntyre的点阵法的1/15),用REON比对法结合IODC比对DHAR的完整cds核酸序列(长度分别为645和693个核苷酸)只进行了15526次比对(可以减少到约700次左右,而动态规划法与点阵法需要446985次比对);比对DHAR的氨基酸序列(长度分别为210和214个氨基酸)只用了242次比对。而且插入与缺失不会对比对结果产生任何影响。
陈有君
蒙美莲
陈炀
关键词:
生物序列
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