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何小红: 作品数：12 被引量：39H指数：4; 供职机构：贵州师范大学生命科学学院更多>>; 发文基金：贵州省科学技术基金贵州省社会发展科技攻关计划项目贵州省农业科学院专项资金项目更多>>; 相关领域：农业科学生物学环境科学与工程更多>>

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番茄水通道蛋白基因家族的生物信息学分析被引量：5: 2018年; 植物水通道蛋白不仅仅在根系输送水分,而是具有底物和细胞定位的多样性的基因家族,因而对植物生理和发育过程,包括种子发芽、侧根发生、碳固定和营养吸收等都有重要的贡献。番茄基因组中共有44个水通道蛋白基因。这些基因可分为TIP、PIP、NIP和SIP 4个亚家族。这4个亚家族具有不同的功能和亚细胞定位。在番茄十号染色体水通道蛋白聚集位点上的5个基因与一号染色体上的一个基因是直系同源水通道蛋白,相似度都很高,同属于PIP亚家族。番茄水通道蛋白大多在根部表达量较高,在茎、叶、花等部位表达较低。不过Solyc03g096290.2.1和Solyc01g094690.2.1基因在花中表达量最高。此外,有个别基因表达量稳定在较高的水平,包括Solyc06g074820.2.1和Solyc08g081190.2.1。这些基因的功能可能不仅是吸收和转运水分,是否有其他的转运底物,在植物抗逆和发育过程中是否有调控作用,是下一步研究的重点。番茄全基因组中的水通道蛋白进行检索和分析,对番茄分子生物学研究和种质改良都有重要的意义。; 李菲何小红李育柯乙引; 关键词：番茄水孔蛋白系统进化特异表达

蒺藜苜蓿和天蓝苜蓿热激因子(HSF)家族的筛选与功能分析被引量：1: 2017年; 全球气候变化构成了对全球重要农作物和世界食品安全的主要威胁。植物生物学家和育种者迫切需要改善当前种质,开发出能够在胁迫条件下有高水平表现的新品种。热应激转录因子(Hsfs)是植物热激反应(Heat Shock Response)的中心环节,通过调节大量功能基因的转录来控制HSR的信号传导和代谢反应。利用蒺藜苜蓿基因组序列和基因芯片数据,我们筛选出蒺藜苜蓿HSFs转录因子基因家族,对蒺藜苜蓿HSFs基因家族进行基因结构、染色体位置和系统进化关系分析,并对蒺藜苜蓿HSFs基因响应生物和非生物胁迫过程中的功能进行预测。此外,我们还对天蓝苜蓿的叶片转录组进行高通量测序,并分析了天蓝苜蓿叶片中存在的HSFs基因序列。我们的结果显示,蒺藜苜蓿基因组中有23个HSF基因,这些基因参与蒺藜苜蓿对生物和非生物胁迫的响应,不仅对于苜蓿改良,对于农作物的改良也会有巨大的应用潜力。; 李菲何小红张习敏龚记熠乙引; 关键词：蒺藜苜蓿 HSF 转录因子逆境

蒺藜苜蓿全基因组发育调控重要基因WOX家族的鉴定和生物信息学分析: 2018年; 在拟南芥中的研究显示,WOX蛋白调节植物的关键发育,在植物发育中起着广泛作用。我们应用多种生物信息学手段,从蒺藜苜蓿全基因组中筛选、鉴定了WOX家族成员,并进行基本特征、染色体定位、系统进化、表达特征等分析。蒺藜苜蓿基因组中共存在17个WOX基因,这些基因的分子量和等电点分布范围较广,但是有一定的聚集特征。绝大多数蒺藜苜蓿WOX基因都是小于300个氨基酸,等电点位于pH 5~7之间,但是有个别例外。与拟南芥WOX基因家族相同,蒺藜苜蓿WOX基因可分为3个系统进化分枝,分别是WUS,中间进化枝和古代进化枝。在蒺藜苜蓿4号和7号染色体上,有WOX基因聚集的位点。而且这两个WOX基因聚集位点上的基因具有较近的亲缘关系。Medtr4g084550.1和Medtr7g060630.1同属于WUS亚家族,聚集在一个进化分枝上。Medtr4g088070.1、Medtr4g088080.1和Medtr7g025010.1同属于中间进化枝,序列相似度同样非常高。蒺藜苜蓿WOX基因在各个器官中表达特异性非常高。根部和根尖中表达的WOX基因完全不同。外界胁迫处理,包括盐处理和根腐病菌侵染,会引起蒺藜苜蓿WOX基因表达的变化。; 李菲何小红李育柯乙引; 关键词：蒺藜苜蓿发育调控

喀斯特适生植物的共生微生物的研究进展被引量：8: 2019年; 笔者通过对喀斯特适生植物根际土壤、根部和叶片等微生物群落特征的实验分析,发现喀斯特适生植物与多种已知可促进宿主植物抗逆的微生物共生。同时,还通过对喀斯特生态环境的土壤特征、植物共生微生物的生理生态作用等研究的梳理,并提出:共生微生物可以帮助宿主植物适应盐、旱等多种不利环境;喀斯特适生植物的共生微生物在生态保护和农业生产方面具有重要的应用价值;目前石漠化的治理方式不应只注重乔灌草的搭配,还应考虑生态系统中植物与微生物间紧密的相互作用及土壤、微生物与植物的相互影响。; 李菲李菲张习敏刘杰乙引; 关键词：共生微生物抗逆

蒺藜苜蓿和天蓝苜蓿MYB转录因子的筛选和特征分析被引量：2: 2017年; 世界人口持续增加,各种气候灾害频发,这两个因素给农业生产造成越来越严重的威胁。鉴定植物抗逆相关基因,利用基因工程和分子育种技术提高农作物对非生物胁迫的抗性是解决这个问题的主要途径。MYB转录因子家族是植物中广泛存在、具有重要功能的一类转录因子,在植物各种生理过程中起中心的调节作用,如调控植物特有的次级代谢过程或细胞壁形态过程,以及对生物和非生物胁迫的抗性。本研究利用生物信息学方法对蒺藜苜蓿全基因组中的MYB基因家族进行筛选,对筛选出的完整MYB基因结构、染色体定位、系统发生、基因表达特征等进行分析,并与天蓝苜蓿转录组测序获得的MYB基因家族进行比较,旨在为苜蓿植物育种提供重要的理论依据。我们在蒺藜苜蓿的基因组中鉴定出219个MYB基因。这些基因不均匀地分布在蒺藜苜蓿的8条染色体上,5号染色体最多(45个)。以拟南芥的MYB基因为outgroup,我们构建了蒺藜苜蓿、天蓝苜蓿与拟南芥的MYB基因系统发育图。利用已有的基因芯片表达数据,分析了蒺藜苜蓿MYB基因的表达特点,发现了一些响应盐胁迫、根腐病菌侵染和菌根真菌共生的MYB基因。本研究的研究结果有助于蒺藜苜蓿MYB基因家族的功能分析和挖掘的研究。; 李菲何小红张习敏龚记熠乙引; 关键词：蒺藜苜蓿进化

蒺藜苜蓿TCP转录因子家族的全基因组鉴定和分析被引量：4: 2018年; 作为植物特有的转录因子家族,TCP基因处于植物多种信号传导途径的中心节点位置。对蒺藜苜蓿全基因组进行检索,共获得21个TCP基因序列。蒺藜苜蓿TCP成员间在蛋白质大小、等电点等方面具有明显的差异。对蒺藜苜蓿TCP基因进行基因结构、染色体定位和系统进化分析,发现蒺藜苜蓿TCP基因结构较为简单,一般不含有内含子,仅一个外显子。21个基因中仅有5个基因有内含子。系统进化关系上其中4个基因亲缘关系非常近。这4个基因位于1号、4号、7号染色体上TCP基因聚集存在的位置。蒺藜苜蓿TCP基因在各个器官间特异性的表达。TCP基因参与蒺藜苜蓿根瘤发育的过程,也响应外界盐胁迫和病菌侵染刺激。本研究发现的蒺藜苜蓿TCP基因家族信息,可为蒺藜苜蓿乃至豆科植物育种提供有价值的信息。; 李菲何小红张宇斌乙引; 关键词：蒺藜苜蓿进化

番茄TCP转录因子家族的鉴定和生物信息学分析被引量：8: 2018年; TCP转录因子家族是植物特有的基因家族,处于植物多种信号传导途径的中心节点位置,在各种信号传导途径的交叉处起重要作用,调节植物关键的生理生化过程。利用番茄的基因组测序数据,我们对番茄全基因组的TCP基因进行筛选、鉴定和分析。番茄基因组中共有36个TCP基因。这些基因的蛋白质特征,如大小和等电点,差异较大。应该与TCP基因处在信号传导网络的节点,需要与各种各样的蛋白质特异性结合有关。番茄TCP基因结构较为简单,一般不含内含子。但是三号和六号染色体上的9个TCP基因,有5个基因带有一个内含子。系统进化分析表明这五个基因亲缘关系较近。番茄与拟南芥、水稻TCP家族的系统进化分析表明,番茄的全部TCP基因和水稻的基因亲缘关系更近。水稻TCP基因的功能信息,可以给我们提供番茄对应基因的功能信息。; 李菲何小红张宇斌乙引; 关键词：西红柿信号传导系统进化 TCP

苜蓿钙依赖蛋白激酶家族的生物信息学分析被引量：2: 2017年; 钙元素在植物体内具有重要的生物学作用,调控细胞壁形成、花粉管发育、生物和非生物胁迫信号传导等。钙依赖蛋白激酶(calcium dependent protein kinases,CDPKs)基因可以感知细胞内Ca2+浓度的变化并将它们转化为特异性磷酸化事件,启动下游信号传导过程。我们利用生物信息学数据和分析技术,鉴定出蒺藜苜蓿和天蓝苜蓿两个苜蓿品种中的CDPKs基因家族成员,并进行基因结构、进化和表达分析,初步预测了相关基因的功能。蒺藜苜蓿基因组中存在25个CDPKs基因,这些基因分成4个进化类群。蒺藜苜蓿CDPKs基因进化关系与拟南芥对应基因较近,与水稻较远。蒺藜苜蓿1号染色体上聚集的3个CDPKs基因Medtr1g041150、Medtr1g054865、Medtr1g055255序列高度相似,可能是1个基因扩增而来。利用已有的蒺藜苜蓿基因芯片表达数据,我们分析了蒺藜苜蓿CDPKs基因在不同器官以及不同处理下的表达情况,发现了多个与蒺藜苜蓿耐盐、抗根腐病菌侵染和根瘤生长过程相关的基因。; 龚记熠张宇斌李菲何小红张习敏乙引; 关键词：蒺藜苜蓿进化

苜蓿14-3-3基因家族的鉴定与进化和特征分析被引量：9: 2017年; 蛋白质磷酸化是所有真核生物中都存在的重要信号传导机制,在生命过程的多个基础性环节,包括细胞分裂、分化、凋亡等,都起着中心的调控作用。14-3-3蛋白是在所有真核生物中都存在的,识别和调控磷酸化蛋白质活性,在磷酸化信号传导网络中是一个基础性的中心蛋白。我们筛选鉴定了蒺藜苜蓿全基因组中和天蓝苜蓿叶片转录组中的14-3-3基因,并对这些基因的结构、染色体定位、进化和在蒺藜苜蓿各个器官及不同胁迫处理下的表达情况进行分析,推测各个基因可能的功能。从蒺藜苜蓿的基因组,鉴定出11个14-3-3基因,这些基因在大豆中均存在直系同源基因。其中10个基因有基因芯片的表达证据。从天蓝苜蓿的叶片转录组中,筛选鉴定出6个14-3-3基因。蒺藜苜蓿14-3-3基因在各个组织和器官中特异性的表达,并可响应外界生物和非生物胁迫。本研究为进一步阐明蒺藜苜蓿中14-3-3基因铺平了道路,指明了方向。; 李菲何小红张习敏龚记熠乙引; 关键词：蒺藜苜蓿系统进化抗逆

蒺藜苜蓿和天蓝苜蓿ARFs类转录因子的鉴定和特征分析: 2017年; 生长素应答因子(Auxin responsive factors)是植物内传导生长素信号、调控生长素响应的功能基因的表达过程中,起中心作用的重要转录因子,参与植物生长发育的各个方面的调控,包括组织分化、器官发生、顶端优势和根生成、趋向性等。我们利用豆科植物的模式作物,蒺藜苜蓿已有的全基因组序列数据,应用生物信息学的手段,对蒺藜苜蓿全基因组和天蓝苜蓿叶片转录组ARFs基因家族进行系统的分析和基因功能预测。共鉴定出34个完整的蒺藜苜蓿ARFs基因,其中27个基因有基因芯片的表达证据。天蓝苜蓿鉴定出11个完整的ARFs基因。染色体定位分析发现在蒺藜苜蓿第5染色体上聚集了6个基因结构和氨基酸序列均非常相似的ARFs。系统进化分析表明这6个基因在拟南芥中没有同源基因。拟南芥的部分ARFs在苜蓿中也没有同源基因。应用基因芯片数据进行基因表达分析表明蒺藜苜蓿的ARFs在不同器官特异性的表达。部分蒺藜苜蓿ARFs成员响应盐胁迫和菌根真菌侵染。Medtr8g100050不仅响应盐胁迫上调表达,菌根真菌侵染后也上调表达。; 李菲何小红张习敏龚记熠乙引; 关键词：蒺藜苜蓿进化

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