郑楚楚
- 作品数：5 被引量：11H指数：2
- 供职机构：湖南农业大学园艺园林学院茶学教育部重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金湖南省教育厅科研基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学轻工技术与工程更多>>
- 茶树WRKY转录因子的鉴定与分析被引量：2
- 2017年
- 本研究以三个不同品种的茶树叶片转录组数据为材料,通过PAFM、SMART数据库对茶树WRKY转录因子进行严格搜索与鉴定,得到45个茶树WRKY转录因子,利用生物信息学的方法分析了茶树WRKY蛋白的一级结构性质、分类、系统发生学和保守结构域等特征。结果表明,茶树基因组至少存在45个以上的WRKY转录因子,氨基酸数在44~613之间,部分WRKY不稳定,约占11%;根据WRKY结构域的数量及锌指结构特征可将其分为GroupⅠ、GroupⅡ和GroupⅢ三大类,GroupⅡ可分成多个亚类,有部分成员的七肽保守域和锌指结构域发生了突变;三级结构显示,茶树WRKY蛋白保守结构域含5个β折叠。采用比较转录组学的方法研究了茶树WRKY转录因子的表达模式,结果表明,不同茶树品种间存在较多的差异WRKY基因,有的呈显著上调表达趋势,有的下调表达;该研究是茶树WRKY基因进化及功能研究的理论基础,对进一步揭示不同茶树品种间差异性状的形成机理和转录调控机制具有重要意义。
- 罗勇陈丝欧淑琼石玉兰郑楚楚刘仲华王坤波王坤波
- 关键词：茶树WRKY转录因子生物信息学
- 茶树多酚氧化酶基因的单核苷酸多态性分析
- 2019年
- 多酚氧化酶(PPO)是一类含铜氧化还原酶,是红茶加工中品质形成的关键酶。本研究对44个茶树品种进行测序,研究PPO基因m RNA编码区的单核苷酸多态性(SNP),结果表明:共发现50个SNP位点,核苷酸多态性指数pi为0.014 06,基因的单倍型多样性(HD)为0.955,说明PPO基因具有较高的遗传多样性;转换类型有(A←→G, C←→T),颠换类型有(A←→T, G←→C, G→T, A→C),其中18个SNPs属于同义突变,32个外显子SNPs属于错义突变,有6个SNPs发生在核酸内切酶酶切位点。表明PPO基因存在多个等位基因,而且新等位基因的产生对PPO基因的表达有重要影响,对茶树新品种选育和早期鉴定具有十分重要的意义,为进一步研究茶树分子育种提供理论依据。
- 郑楚楚曾泽媛罗勇石玉兰王坤波
- 关键词：多酚氧化酶单核苷酸多态性
- 茶树分子遗传图谱的研究进展
- 2017年
- 简要概述了茶树分子遗传图谱构建方法和国内外茶树分子遗传图谱研究进展,并由此提出构建高密度茶树分子遗传图谱的措施,为茶树分子遗传图谱的构建提供参考。
- 石玉兰郑楚楚陈丝欧淑琼彭靖王坤波
- 关键词：茶树分子标记
- 茶树PPO基因家族的鉴定与分析被引量：4
- 2018年
- 多酚氧化酶(Polyphenol oxidases,PPO)是由核酸编码的一种以氧为受体的含铜金属酶,为一种末端氧化酶,在茶叶加工中也发挥重要的作用。从最新发布的茶树基因组数据库中获得了5条PPO基因:CsPPO1、CsPPO2、CsPPO3、CsPPO4(GenBank登录号为GQ129142.1)、CsPPO5。本研究利用生物信息学方法,对5条基因的核酸序列和氨基酸序列进行分析,并对基因编码蛋白的理化性质和结构功能进行预测。结果表明,5个基因CDS区全长在597～1 839 bp之间,编码氨基酸数目198～612;系统进化树分析显示CsPPO1、CsPPO3、CsPPO4和CsPPO5具有较近的亲缘关系;编码的蛋白均属于亲水性不稳定类脂类结合蛋白,都不具有信号肽;无规则卷曲是蛋白质的主要结构元件,α-螺旋和β-折叠分散于整个多肽链中,CsPPO1、CsPPO2、CsPPO3可能存在一个或多个跨膜螺旋;5个蛋白均含有PPO1_DWL(pfam12142)保守结构域,除了CsPPO2外,其余4个蛋白均预测到TYROSINASE功能结构域。实时定量PCR结果表明,PPOs基因在不同茶树品种间呈现出不同的表达模式。
- 曾泽媛罗勇郑楚楚李娟李勤李勤王坤波
- 关键词：茶树多酚氧化酶基因家族
- 基于RNA-Seq的茶树CsMYB生物信息学分析被引量：5
- 2017年
- 作为植物中最大的转录因子家族之一,MYB参与多种生物学过程,本研究基于RNA-Seq技术,对获得的一条茶树MYB Unigene,将其命名为CsMYB。采用生物信息学的分析方法,对CsMYB基因片段氨基酸序列同其它植物间相应片段进行同源性和系统进化分析,并进行该基因编码蛋白的理化性质和结构功能预测,结果表明:CsMYB基因编码的蛋白含315个氨基酸,是一种亲水性蛋白,定位于其它细胞器,该蛋白不存在信号肽,是一种非分泌蛋白;其编码的氨基酸序列与葡萄的同源关系较近,与豆科植物的同源关系较远;功能结构分析表明其20~127位氨基酸之间含2个保守的HTH-MYB类型结构域,归属于R2R3-MYB家族;二三级结构分析表明CsMYB主要由无规则卷曲和α-螺旋组成,空间结构主要是螺旋和转角。分析茶树基因组MYB基因的表达模式,发现不同茶树品种间大部分差异MYB基因表达呈显著上调趋势,少部分下调表达。
- 罗勇欧淑琼陈丝石玉兰郑楚楚刘仲华王坤波黄建安
- 关键词：转录组转录因子生物信息学
