曹宇
- 作品数：4 被引量：10H指数：2
- 供职机构：内蒙古农业大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金内蒙古自治区科技计划项目国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 基于皮肤组织转录组数据研究水牛与黄牛温度适应性的差异被引量：1
- 2017年
- 为了找到与水牛和黄牛温度适应性差异相关的信号通路,本研究对3头成年水牛和3头成年黄牛的皮肤组织进行了转录组测序和生物信息学分析。结果显示,测序后水牛和黄牛皮肤组织分别得到59 369 167和69 837 009条reads,与参考基因组的唯一比对率分别为70.76%和75.55%。水牛和黄牛皮肤组织共有1 611个差异表达基因,其中801个在水牛皮肤中上调,810个在水牛皮肤中下调。GO分析结果显示,注释到细胞组分、分子功能、生物学过程的差异表达基因分别为316、263和278个。KEGG分析结果显示,差异表达基因共富集在33条信号通路上,其中神经活性配体—受体相互作用、氧化磷酸化、胆碱能突触、5-羟色胺能神经突触、GABA能突触、钙信号通路等信号通路可能与水牛和黄牛在温度适应性上的差异相关。综上所述,突触与氧化磷酸化可能与水牛和黄牛之间的温度适应性差异有关,本研究为进一步了解水牛和黄牛对温度适应性差异的分子机制和分子育种奠定基础。
- 齐昱邢燕平潘静凌宇曹宇孟凡华荆文魁
- 关键词：转录组差异表达基因皮肤水牛黄牛
- 基于转录组数据的蒙古牛皮肤组织抗寒相关信号通路及候选基因的筛选被引量：7
- 2017年
- 本研究旨在通过对冬夏两季蒙古牛皮肤组织进行转录组测序和生物信息学分析,找到与蒙古牛抗寒性状相关的信号通路及候选基因。用Ion ProtonTMSequencer分别对冬季和夏季成年蒙古牛的皮肤组织进行转录组测序,随后对转录组数据进行处理、与参考基因组比对、差异表达分析、GO和KEGG富集分析以及候选基因筛选,并用Real-time PCR方法对转录组数据进行可靠性检测。结果显示,冬季组和夏季组分别得到86 954 060和69 837 009条reads;冬季组与参考基因组的唯一比对率为73.21%,夏季组为75.55%;冬夏两组共有182个差异表达基因(DEGs),与夏季组相比,其中117个在冬季组中上调,65个在冬季组中下调;Real-time PCR分析显示,转录组测序结果可靠;GO分析结果显示,细胞组分、分子功能、生物学过程分别富集到21、39和224个term;KEGG分析结果显示,差异表达基因(DEGs)显著地富集在脂类代谢、凝血、酪氨酸代谢、类固醇合成和视黄醇代谢相关通路上;共筛选出8个候选基因。综上表明,脂类代谢、凝血、黑色素合成相关通路和基因,以及与毛发发生相关的基因可能在蒙古牛抗寒过程中发挥重要作用。
- 齐昱邢燕平潘静凌宇曹宇周欢敏
- 关键词：蒙古牛皮肤组织转录组信号通路
