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宽体金线蛭COI基因特异性引物的设计及验证
2024年
目的建立一种宽体金线蛭的聚合酶链式反应鉴别方法,实现对宽体金线蛭及其常见混伪品的快速鉴别。方法以细胞色素c氧化酶亚基I序列为基础,通过分析宽体金线蛭单核苷酸多态性位点,设计宽体金线蛭的特异性鉴别引物。对引物稳定性、引物特异性及灵敏度进行考察确认,同时将其应用于含水蛭的中成药中进行验证。结果使用宽体金线蛭特异性引物KT1-3或KT1-4均可特异性扩增宽体金线蛭的DNA,产物大小分别为235 bp和266 bp,而在其他非宽体金线蛭样品中无扩增条带。该方法对宽体金线蛭DNA的最低检测限为0.01 ng。使用该特异性引物对可在脑血栓片模拟制剂和部分市售脑血栓片中检测到宽体金线蛭。结论建立的DNA分子鉴定方法中宽体金线蛭引物对特异性强、灵敏度高,可作为水蛭药材传统基原鉴定方法的补充,为宽体金线蛭的快速鉴别提供支持。
潘爽刘金花孙巧巧李鹏举
关键词:DNA条形码宽体金线蛭特异性引物掺伪
远程开放教育中移动学习的接受与学习体验探究——基于COI和FRAME综合模式的考察
2024年
随着智能手机的普及、移动互联网的发展和云平台的应用,移动学习已成为我国远程开放教育普遍采用的学习形式,移动学习的接受和学习体验成为亟待研究的课题。本研究借鉴西方移动学习理论,通过批判性综合探究社区理论(COI)和移动学习理性分析框架(FRAME),进行问卷调查。结果表明,远程开放教育移动学习的教学设计需要充分考虑设备维度的限制,加强内容碎片化和输入方式多元化设计,增强移动学习交流与互信,提升合作学习探究效果,加强导学课或线上学习素养课的实施。远程开放教育需要面对新的移动社会的变化,持续思考,更新、优化、整合教育系统,以进一步激发学习者在移动学习中发挥、利用、实现自己的潜能。
韩瑞峰刘永权
关键词:远程开放教育
基于COI基因的浙江省内黄缘闭壳龟遗传多样性研究
2024年
为了解浙江省内不同黄缘闭壳龟(Cuora flavomarginata)群体的种质资源现状,基于线粒体DNA COI序列对来自浙江省内野外和养殖场的8个黄缘闭壳龟群体的遗传多样性和遗传结构进行比较分析。结果表明:黄缘闭壳龟线粒体COI基因序列长度为1040 bp,A=27.4%、T=30.5%、C=24.6%、G=17.5%,有较强的AT偏好性;共定义9个单倍型,单倍型多样性(Hd)为(0.79900±0.21000),核苷酸多样性(Pi)为(0.00209±0.00147),呈“高Hd低Pi”遗传分布;不同黄缘闭壳龟群体间的遗传距离为0~0.003,群体内部的遗传距离为0~0.004,其中磐安后阁村(YS)群体内部的遗传距离最大,为0.004;单倍型系统发育树并未呈现明显的谱系结构;群体间遗传分化指数(FST)为-0.34752~0.82222,8个群体的遗传分化不显著(p>0.05);中性检验(Tajima’s D=-0.36627,Fu’s FS=-0.605)与核苷酸错配分布均表明,浙江省内黄缘闭壳龟群体并未经历种群扩张事件,同时,由Mantel检验可知,遗传距离与地理距离没有显著的相关性(R=0.2938,p>0.05);AMOVA分子方差结果显示,群体内的遗传变异高于群体间(85.06%>14.94%)。研究表明,浙江省内黄缘闭壳龟群体之间为高单倍型多样性和低核苷酸多样性的遗传特征,并且存在一定水平的遗传分化,群体内存在明显的基因交流,根据COI基因分析显示,在磐安县获得的野生黄缘闭壳龟个体确定为黄缘闭壳龟浙江种,同时也发现存在浙江种与安徽种的杂交种,建议将分化程度不同的黄缘闭壳龟群体划分为不同单元保护。研究结果为浙江省内黄缘闭壳龟种质资源开发利用和合理制定保护措施提供了基础依据。
陈敏秦媛林业宏任思齐叶嘉政郑善坚
关键词:黄缘闭壳龟COI
基于COI条形码的市售蝉蜕及其混淆品DNA分子鉴定研究
2024年
目的利用COI序列对中药材蝉蜕Cicadae Periostracum及其混淆品进行DNA条形码鉴定研究,为蝉蜕药材的快速准确鉴定提供新的技术手段。方法收集全国市售蝉蜕药材、基地自采蝉蜕及其混淆品总45份样本,同时采集江苏徐州黑蚱养殖基地不同树种中蝉卵样品5份作为对照。提取DNA,进行PCR扩增及双向测序,测序结果采用DNAMAN和SnapGene进行拼接校对,运用MEGA11.0进行比对分析,计算种内及种间Kimura 2-Parameter(K2P)遗传距离并构建邻接法(neighbor-joining,NJ)系统发育树。结果黑蚱种内遗传距离远小于种间最小遗传距离,NJ树结果显示,黑蚱蝉蜕样品全部聚集为独立的一支,支持率为99%。混淆品样品分别聚集为单独的一支,支持率均大于90%,表明基于COI序列的DNA条形码技术可以有效鉴别蝉蜕药材真伪。结论应用COI序列作为DNA条形码能够准确有效地鉴别蝉蜕及其混淆品。
张欢欢徐金娣周静贾聪玲吴啟南郭梦斐沈纪晨伍城颖李松林毛茜
关键词:蝉蜕混淆品DNA条形码COI序列
基于COI和16S rRNA基因序列的鱼胶基原鱼种DNA条形码鉴定
2024年
目的建立基于COI和16S rRNA基因序列的DNA条形码鱼胶基原鱼种鉴定方法。方法以汕头、厦门、莆田等地采集的28份鱼胶为研究对象,利用形态归类法对28份样品进行观察,再提取基因组DNA,分别利用6对引物扩增COI和16S rRNA基因序列并双向测序。聚合酶链式反应(polymerasechain reaction,PCR)产物测序分析后,输入Genbank中进行BLAST分析比对,再利用最大似然法(maximum likelihood,ML)进行系统发育分析。结果采集的28份鱼胶样品可分为11种类型,主要有萝卜型、“Y”字型、心型、纸片型和琵琶型等。BLAST分析比对共鉴定出26份鱼胶样品基原鱼种,隶属于5目6科9属12种。系统发育分析表明不同种类的鱼胶处于不同分支中。结论该方法可用于鱼胶基原鱼种的快速分子鉴定,也为鱼胶的真伪鉴定及溯源提供理论依据。
黄蓬英罗莹曾琪赵光宇杜瑞珠苏丹徐敦明
关键词:鱼胶COI
基于线粒体COI基因鉴定技术的盐城市长角血蜱遗传多样性分析
2024年
目的了解盐城市长角血蜱的遗传多样性和不同地理种群间系统发育关系,为该地区长角血蜱及其蜱媒病的防控提供理论基础。方法2022年10月—2023年4月,在盐城市亭湖(枸杞灌木丛、盐地碱蓬区、海堤草丛、白茅、居民区)、东台(河堤草丛)两地共6种生境采集蜱虫,形态学鉴定后用普通PCR扩增线粒体细胞色素C氧化酶I亚基(COI)基因,进行分子鉴定。结果共采集38只蜱虫,包括25只成蜱和13只若蜱,经形态学与分子生物学鉴定均为长角血蜱,分布于两个进化分支,主要进化分支位于Compound分支中。不同地理种群分属于5个共享单倍型,25个为独享单倍型,其中盐城市共涉及3个共享单倍型,10个单倍型,H5、H10处于辐射中心位置,可能较为原始。结论本次采集的长角血蜱在不同地理种群无明显分化,在盐城种群中可能处于扩张突变积累中。
陈国清崔倩张红军李峰李春香燕清丽王富华徐兵安然杨鹏飞
关键词:长角血蜱系统发育种群遗传多样性种群遗传结构
用线粒体COI基因序列分析黄尾鲴养殖群体的遗传结构
2024年
为了解人工养殖和选育对黄尾鲴(Xenocypris davidi)遗传多样性的影响,利用线粒体COI基因分析中国湖南的醴陵(LL)、浙江的长兴(CX)、双浦(SP)和吴兴(WX)128尾1~2龄的4个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性。结果显示,在539 bp的COI部分序列中,检测到75个变异位点,包括74个简约信息位点,序列中A+T的含量(56.1%)明显高于G+C的含量(43.8%),有明显的(A+T)偏好性。在128尾个体中定义了11种单倍型,单倍型Hap-01个体43尾,为优势单倍型。遗传多样性检测结果显示,4个群体的单倍型多样性指数(Hd)介于0.226~0.605,核苷酸多样性指数(π)介于0.00104~0.02221,其中,WX群体的遗传多样性最为丰富。不同养殖群体间遗传距离为0.0145~0.0986,CX和WX群体的遗传距离最近,LL与SP群体的遗传距离最远。AMOVA分析显示,群体间的遗传分化系数Fst为0.8385(P<0.01),遗传变异主要发生在群体间。NJ系统发生树和遗传距离分析结果表明,4个群体间存在相当高的遗传分化。本研究结果可为黄尾鲴遗传多样性变化的比较研究提供基础数据,并为黄尾鲴增殖放流和资源保护提供一定依据。
陈大伟朱鹏灿刘士力干超其郑建波蒋文枰程顺迟美丽杭小英李飞
关键词:养殖群体
基于种特异性COI引物(SS-COI)的桉树枝瘿姬小蜂A、B隐种快速鉴定技术
2024年
隐种A和隐种B是桉树枝瘿姬小蜂Leptocybe invasa两种重要的全球入侵隐种,对多国林业生产造成了严重危害。由于桉树枝瘿姬小蜂体型微小,且无法从形态上区分隐种类型,给该害虫的防治造成困难。本研究基于线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基I(mtDNA COI)基因序列的种特异性(species-specific COI,SS-COI)PCR方法,研究桉树枝瘿姬小蜂隐种快速分子检测技术。基于隐种A、B的COI序列分别设计特异性SS-COI引物各1对(AF/AR和BF/BR)。使用这两对引物扩增同一桉树枝瘿姬小蜂样品DNA,即可有效进行隐种鉴定,同时两对引物也能互相验证鉴定结果。引物鉴定灵敏性检测结果显示,AF/AR与BF/BR均具有较高的鉴定灵敏性,其对DNA的有效鉴定浓度阈值分别为11.42 pg/μL和28.32 pg/μL。本研究开发的桉树枝瘿姬小蜂隐种A、B的快速鉴定方法解决了桉树枝瘿姬小蜂入侵地区隐种鉴别的难题,极大缩短鉴定时间、降低鉴定费用,为进一步探究桉树枝瘿姬小蜂隐种A、B的生物学差异以及它们对不同抗性品种桉树的适应能力提供技术参考。
王瀚棠彭欣杨振德
关键词:桉树枝瘿姬小蜂分子检测
利用mtDNA COI、Cytb和D-loop条形码探讨地方牛的遗传多样性和系统发育关系
2024年
试验在不同地区采集皖南牛、雷琼牛、那曲牦牛和海子水牛血液和毛发样本,获得基因组DNA后,通过常规PCR技术扩增mtDNA COI、Cytb和D-loop基因,借助Sanger测序获得条形码序列,对地方牛品种的遗传多样性进行探究。结果表明:4种牛的线粒体基因中,A/T含量均显著高于G/C含量,具有明显的反G偏倚,且都表现出较高的遗传多样性,其中那曲牦牛表现尤为突出。COI和Cytb蛋白密码子的使用也表现出了一定的偏好性。基于Cytb基因构建的NJ系统发育树表现最优,能够将4种牛更好的聚类,更适合本文系统发育关系的探究。
张晓婷彭珍珍郭玛丽袁朝海蔡亚非张威
关键词:DNA条形码系统发育
Phylogenetic, phylogeographic and divergence time analysis of Anopheles subpictus species complex using ITS2 and COI sequences
2024年
Objective:To address the phylogenetic and phylogeographic relationship between different lineages of Anopheles(An.)subpictus species complex in most parts of the Asian continent by maximum utilization of Internal Transcriber Spacer 2(ITS2)and cytochrome C oxidase I(COI)sequences deposited at the GenBank.Methods:Seventy-five ITS2,210 COI and 26 concatenated sequences available in the NCBI database were used.Phylogenetic analysis was performed using Bayesian likelihood trees,whereas median-joining haplotype networks and time-scale divergence trees were generated for phylogeographic analysis.Genetic diversity indices and genetic differentiation were also calculated.Results:Two genetically divergent molecular forms of An.subpictus species complex corresponding to sibling species A and B are established.Species A evolved around 37-82 million years ago in Sri Lanka,India,and the Netherlands,and species B evolved around 22-79 million years ago in Sri Lanka,India,and Myanmar.Vietnam,Thailand,and Cambodia have two molecular forms:one is phylogenetically similar to species B.Other forms differ from species A and B and evolved recently in the above mentioned countries,Indonesia and the Philippines.Genetic subdivision among Sri Lanka,India,and the Netherlands is almost absent.A substantial genetic differentiation was obtained for some populations due to isolation by large geographical distances.Genetic diversity indices reveal the presence of a long-established stable mosquito population,at mutation-drift equilibrium,regardless of population fluctuations.Conclusions:An.subpictus species complex consists of more than two genetically divergent molecular forms.Species A is highly divergent from the rest.Sri Lanka and India contain only species A and B.
Lihini Sandaleka MuthukumaranaMethsala Madurangi WedageSamanthika RathnayakeNissanka Kolitha De Silva
关键词:ITS2COIPHYLOGEOGRAPHY

相关作者

张桂芬
作品数:215被引量:815H指数:20
供职机构:中国农业科学院植物保护研究所
研究主题:番茄 潜叶蛾 试剂盒 COI 引物
万方浩
作品数:761被引量:6,124H指数:40
供职机构:中国农业科学院植物保护研究所
研究主题:烟粉虱 紫茎泽兰 生物防治 豚草 番茄
杨帆
作品数:243被引量:535H指数:11
供职机构:山东农业大学
研究主题:COI 引物 试剂盒 扩增产物 瓢虫
陆宴辉
作品数:257被引量:1,308H指数:22
供职机构:中国农业科学院植物保护研究所
研究主题:绿盲蝽 盲蝽 棉花 引物 棉蚜
刘万学
作品数:321被引量:1,963H指数:29
供职机构:中国农业科学院植物保护研究所
研究主题:紫茎泽兰 番茄 潜叶蛾 烟粉虱 农业生物技术