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基于ITS片段和cpDNA片段的具鳞水柏枝谱系地理学分析: 2025年; 【目的】研究具鳞水柏枝的遗传多样性、遗传结构和谱系地理分布格局,为具鳞水柏枝品种改良、种质资源保护和合理利用奠定理论基础。【方法】利用ITS序列和叶绿体DNA片段(基因rps16和基因间隔区pet A-psb J、psb E-pet L)对具鳞水柏枝54个居群共278个个体进行谱系地理学研究,分析其遗传多样性。【结果】基于cpDNA联合片段和ITS片段分别发现具鳞水柏枝的41个单倍型和33个基因型,遗传多样性较高,总遗传多样性远高于居群内遗传多样性。变异主要发生于居群间(ITS,54.75%;cpDNA,60.53%),具有较高的遗传分化程度(ITS:F_(ST)=0.54745,P<0.001。cpDNA:F_(ST)=0.60525,P<0.001)和中等的基因流(ITS:N_(m)=0.410。cpDNA:N_(m)=0.326)。存在较为显著的谱系地理结构(ITS:N_(ST)=0.624>G_(ST)=0.438,P<0.05。cpDNA:N_(ST)=0.458>G_(ST)=0.424,P<0.05)。Mantel检验显示,其遗传距离与地理距离呈显著正相关(ITS:r=0.341,P=0.001。cpDNA:r=0.209,P=0.001),说明地理隔离是其遗传分化的重要因素。【结论】具鳞水柏枝群体整体发展平稳,近期未经历较明显的扩张或收缩,处于动态平衡状态,推测巴颜喀拉山西南部和阿尼玛卿山南部为其主要冰期避难所。生态位模拟结果显示,自末次间冰期以来其适生区范围无较大程度变化,一定程度验证了群体历史动态分析结果。; 汪明金刘浩宇袁伟博余黎明左文明刘力宽李锦萍; 关键词：谱系地理学 ITS序列 CPDNA

伊犁郁金香cpDNA-PCR体系构建与遗传多样性分析: 2025年; 为明确伊犁郁金香(Tulipa iliensis)的遗传背景,在叶绿体基因组水平开展遗传多样性研究。本研究以伊犁郁金香为研究对象,对cpDNA-PCR反应体系中的Mg^(2+)、dNTPs、引物浓度、Taq DNA酶和模板DNA浓度在L16(45)正交试验设计的基础上结合单因素优化筛选试验构建伊犁郁金香cpDNA-PCR反应体系,在最优体系的基础上进行引物筛选并通过引物筛选完成cpDNA-PCR扩增,以验证cpDNA-PCR反应体系的稳定性,并对伊犁郁金香野生群体进行遗传多样性分析。结果表明,构建的伊犁郁金香最佳cpDNA-PCR反应体系(25μL)为Mg^(2+)2.00 mmol·L^(-1),dNTPs 0.20 mmol·L^(-1),引物浓度0.40μmol·L^(-1),Taq DNA酶0.50 U,模板DNA浓度110 ng。利用最佳扩增体系,从16对候选引物组合中筛选出可用于后续伊犁郁金香cpDNA-PCR扩增的14对引物(trnK-rps16,M3-M4,F71-R1516,trnD-trnE,psbB-psbH,trnL-trnF,atpB-rbcL,a1-b1,1F-1R,rps8-rp116,atpI-atpH,accD-psaI,petG-trnP,2F-2R)。建立的伊犁郁金香cpDNA-PCR反应体系扩增稳定,条带清晰,对54个伊犁郁金香个体进行遗传多样性分析,引物psbB-psbH扩增片段平均长度为582 bp,其中多态性位点数284个,核苷酸多态性Pi为0.055、平均核苷酸差异数K为30.261,基因流(Nm=1.21>1),表明伊犁郁金香居群遗传多样性高,不同居群间基因交流频繁。该研究建立的cpDNA-PCR反应体系可用于伊犁郁金香遗传多样性和种群遗传结构研究,研究结果可以为野生郁金香种质资源的合理保护、可持续利用提供理论依据和技术支撑,为科学保护伊犁郁金香种质资源提供依据。; 秦斗文刘伟强田吉婷巨秀婷; 关键词：CPDNA

基于cpDNA序列的小大黄居群遗传多样性与谱系地理研究: 高健鑫

一种可用于山茶亚属近缘种亲缘关系分析的cpDNA基因间隔区分子标记: 本发明涉及分子标记技术领域，具体涉及一种可用于山茶亚属近缘种亲缘关系分析的cpDNA基因间隔区分子标记；包括山茶属近缘种(浙江红山茶、南山茶、小果油茶和短柱茶)叶绿体基因组的测序与比较，叶绿体基因组高变异基因间隔区的获取...; 温强殷鑫刘丽婷黄彬万承永王波查康汪雁楠朱恒李晓辉龚春徐立安

西南地区六种魔芋属植物基于cpDNA序列的遗传多样性研究被引量：1: 2023年; 研究野生作物资源的遗传变异及分化机制对种质资源的收集与改良具有重要意义。魔芋是我国西南地区的特色经济作物,但由于受到人为活动干扰,野生种群不断衰退。为评估西南地区魔芋属(Amorphophallus)野生群体的遗传多样性,探究代表性物种的系统发育地位,该研究利用3个叶绿体DNA(cpDNA)片段,分析了魔芋6个物种的遗传多样性,重建了种间系统发育关系。结果表明:(1)西南地区野生魔芋群体的遗传多样性普遍较低,虽然单倍型多样性(H d)均值为0.428,但近一半群体只有1个单倍型,6个物种整体水平上的单倍型多样性在0.704~0.983之间。(2)在6个物种间检测到高水平的遗传分化,遗传分化系数(F_(ST))值在0.481~0.967之间。(3)系统发育分析表明,选取的27个魔芋种主要聚成3个分支,即非洲分支、东南亚分支和东亚大陆分支。疣柄魔芋(A.paeoniifolius)隶属于东南亚分支,而东亚大陆分支A包含花魔芋(A.konjac)和西盟魔芋(A.krausei),东亚大陆分支B由东亚魔芋(A.kiusianus)、滇魔芋(A.yunnanensis)和东京魔芋(A.tonkinensis)构成。生境隔离与人为干扰造成了西南地区野生魔芋群体较低的遗传多样性,魔芋属东亚大陆分支的分化可能与早期的快速扩张和生态适应有关。该研究结果为西南地区魔芋资源的合理保护、可持续利用和杂交育种提供了参考资料。; 殷斯郝转陆飞东高永; 关键词：魔芋属系统发育物种保护

基于cpDNA分子标记的白杄群体遗传多样性研究: 2022年; 基于cpDNA分子标记对白杄天然分布区(内蒙古自治区、山西省和河北省)内的9个群体进行遗传多样性及亲缘关系研究.结果表明:正蓝旗群体的遗传多样性最高,小五台山群体的遗传多样性最低;白杄9个群体的Fst为1.033%,Nm为6.1726;白杄群体的遗传变异主要存在于群体内部,群体间存在广泛的基因交流且不易受环境影响.多伦群体的多态位点数(S)最多,对环境变化的适应能力更强;机械林场群体的单倍型个数(H)和单倍型多样性(Hd)最丰富,遗传多样性高于其他群体;大石洞群体与正蓝旗群体的遗传距离(D)最小(D=0.0008),机械林场群体与小五台山群体的遗传距离(D)最大(D=0.0160);根据群体遗传距离进行聚类,在0.36524~0.39788取值时分为3类,河北的机械林场群体自为一类,内蒙古的九峰山群体与山西的小五台山群体聚为一类,其他6个群体聚为一类.; 王玲叶冬梅包文泉白玉娥吴晓萌孙昊田; 关键词：CPDNA 聚类分析

基于nrDNA和cpDNA序列的甘肃省4种肉苁蓉种质资源分子鉴定被引量：1: 2022年; 目的筛选能够准确鉴定甘肃省不同肉苁蓉种质的序列,探究甘肃省肉苁蓉种质资源遗传关系。方法利用筛选出的4对引物(ITS2F-ITS3R、CD1F-CD1R、matK3F-matK1R和rbcL1F-rbcL724R)对甘肃省肉苁蓉、沙苁蓉、盐生肉苁蓉和兰州肉苁蓉4种共27份肉苁蓉样品基因组序列进行扩增测序,分析样品的序列特征、核苷酸多态性、单倍型多样性,构建邻接法(NJ)聚类树,从nrDNA和cpDNA两方面进行遗传变异研究。结果cpDNA合并序列GC含量比nrDNA合并序列低,为34.6%;matK序列的变异位点明显高于ITS、CD及rbcL序列,共检测到481个多态性变异位点;两组合并序列单倍型多样性值均大于0.5,多样性程度较高;NJ聚类树显示,nrDNA和cpDNA的合并序列联合使用更适用于肉苁蓉不同种质的鉴别;肉苁蓉遗传变异主要来自组内变异,即同一物种不同种质间分化明显,nrDNA和cpDNA组内变异百分比分别为79.32%和76.93%。结论甘肃省肉苁蓉种质资源遗传多样性较为丰富,nrDNA和cpDNA的合并序列能准确鉴定甘肃省4种肉苁蓉。; 康舒淇徐丽张明惠陈博晋玲朱田田; 关键词：肉苁蓉 NRDNA CPDNA 分子鉴定

野生玫瑰多态性cpDNA和ITS引物的筛选与验证被引量：2: 2022年; 为了筛选出具有高多态性的cpDNA和ITS序列引物,用于研究野生玫瑰自然种群的分子谱系地理,以野生玫瑰8个种群为试材,通过12对叶绿体基因组引物和4对核基因组ITS引物的PCR扩增和PCR产物测序,筛选出trnL-trnF、rpl20-rps12、rbcl、ITS1四对具有高多态性的引物。序列变异计算与系统发育树结果显示,8个野生玫瑰种群变异较低,可划分为2支。筛选出高多态性的cpDNA引物3对和ITS引物1对,适用于研究野生玫瑰系统发育和谱系地理结构,能够进一步探究濒危物种野生玫瑰的谱系地理。; 许建军马燕吴其超王宝盛臧德奎; 关键词：野生玫瑰 ITS序列引物筛选系统发育树

基于叶绿体DNA RPS16序列的血叶兰多样性分析被引量：3: 2022年; 为了解闽南地区血叶兰种质资源的多样性,对8份血叶兰叶绿体DNA RPS16序列进行分析。结果表明,8份血叶兰种质资源的遗传距离范围在0~0.108之间,共136个多态位点,占总数的34%。利用MEGA7.0软件,基于K-2P遗传距离,采用邻接法构建系统进化树模型,将8份叶绿体DNARPS16分两个分支:S6和S1/S2/S3/S4/S5/S7/S8,应用clustalW对两两基因进行序列比对,一致性在78.69%~99.75%之间,表明血叶兰叶绿体DNA RPS16有着较大的变异。; 郑涛邹龙运蔡坤秀杨俊杰江莉陈振东; 关键词：叶绿体DNA

基于iPBS和cpDNA标记的大叶胡颓子遗传多样性研究: 袁晓彤

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