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DNA条形码技术在甘肃省啮齿动物鉴定中的应用被引量：1: 2017年; 目的探讨DNA条形码技术在甘肃省啮齿动物鉴定中的应用，为建立甘肃省啮齿动物DNA条形码数据库提供资料。方法选取甘肃省鼠类肝脏或肌肉作为研究对象，运用DNA条形码技术检测动物标本线粒体细胞色素C氧化酶I亚基（coI）基因序列。结果共检测54份样本，种内遗传距离为0-2％，种间遗传距离为18％-30％；邻接法系统树能区分8个物种的类群。结论DNA条形码技术可用于啮齿动物鉴定，对于甘肃省自然疫源性疾病防治有重要意义。; 郭丽民席进孝盖永志苗克军穆洮霞; 关键词：啮齿目 DNA条形码

甘肃省鼠疫菌株差异区段基因分型及其流行病学特征被引量：1: 2016年; 目的研究甘肃省鼠疫菌差异区段基因分型及其流行特征。方法根据鼠疫菌基因组的23个差异区段(DFR)对202株鼠疫菌进行基因分型,并进行聚类分析。结果 202株鼠疫菌分为8个基因型,即1b型、5型、7型、8型、13型、26型及新发现的GS1型和GS2型。9株黄鼠型菌株被分为13型和26型。18株阿尔金型菌株被分为3个型,其中1株为GS2型,6株为8型,11株为1b型。48株祁连型被分为3个型,其中5株为8型,39株为GS1型,4株为GS2型。127株青藏型菌株被分为6个型,其中1株为5型,6株为7型,56株为8型,39株为1b型,20株为GS1型,5株为GS2型。黄鼠型鼠疫菌的主基因型为26型,阿尔金型鼠疫菌的主基因型为1b型,祁连型鼠疫菌的主基因型为GS1型,青藏型鼠疫菌的主基因型为8型。结论 GS1和GS2为新发现的2个新基因型。黄鼠型鼠疫菌株同阿尔金型、祁连型和青藏型菌株基因型相似度较小,阿尔金型、祁连型和青藏型基因型相似度较大。; 郭丽民张宏吴斌苗克军徐大琴葛亚俊席进孝; 关键词：鼠疫菌基因分型流行病学

甘肃省鼠疫疫源地啮齿动物DNA条形码分析被引量：6: 2019年; 目的探讨DNA条形码技术在甘肃省鼠疫疫源地啮齿动物分类和鉴定中的可行性。方法 2017年在甘肃省鼠疫疫源地及非疫源地采集啮齿动物肝脏标本,并保存整只,制作标本,提取基因组DNA,采用通用引物PCR法扩增细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因并测序。将测序结果与GenBank中物种的DNA条形码进行BLAST比对,并构建分子进化树。结果在甘肃省9个市(区、县)的4类不同生境中共采集啮齿动物164只,其中鼠科3种,跳鼠科2种,仓鼠科4种,松鼠科3种,沙鼠科、鼢鼠科和兔形目的鼠兔科各1种。通过164个样本所构建的分子进化树形成15个高度支持的分支,与形态鉴定结果一致。结论 DNA条形码可用于啮齿动物标本的准确鉴定,能更好地研究啮齿类的分类及进化关系。; 郭丽民席进孝盖永志吴斌王世明苗克军穆洮霞徐大琴; 关键词：DNA条形码鼠疫疫源地啮齿动物

甘肃省鼠疫疫源地蚤类DNA条形码分析: 2020年; 目的将DNA条形码技术应用到蚤类鉴定中,提高甘肃省鼠疫监测质量。方法在甘肃省鼠疫疫源地4个县(区)采集57份蚤类样本,PCR扩增细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段,PCR产物进行测序;序列进行比对,采用Mega 7.0软件计算种内及种间遗传距离,邻接法构建系统发育树。结果共测得4科9属11种57条COI基因序列。发现种内遗传距离为0~1.8%,种间遗传距离为12%~25%;种间遗传距离显著大于种内遗传距离。进化树显示所有蚤类COI序列形成11个单一分支,种间分支明显。结论 DNA条形码能够用于甘肃省鼠疫疫源地蚤类的分子鉴定,克服形态学鉴定方法的缺陷。; 郭丽民席进孝王世明付国明安君胜贡保扎西; 关键词：COI DNA条形码

DNA条形码对平川区阿拉善黄鼠疫源地鼠种鉴定的效果评价被引量：1: 2019年; 目的评价DNA条形码技术对基层鼠疫实验室鼠种鉴定的可行性。方法2016-2018年在平川区黄鼠疫源地采集鼠类样本,采用双盲法分别对每只鼠进行形态学鉴定和DNA条形码鉴定,比较两种方法的区别。结果平川区阿拉善黄鼠疫源地共采集鼠类174只,其中松鼠科2种、仓鼠科2种、鼠科1种、跳鼠科1种、沙鼠科1种、鼢鼠科1种和兔形目鼠兔科1种;174只鼠类COI序列所构建的进化树形成9个高度支持的分支,与形态学鉴定结果一致。结论DNA条形码分子鉴定方法适合在基层鼠疫实验室推广应用,提高鼠种分类能力。; 郭丽民席进孝师占文张奋春姜海威白仲慧; 关键词：鼠疫 DNA条形码 COI基因

喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地及其鼠疫菌基因组多态性: 2013年; 喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地分布在我国青海、四川、西藏、甘肃和新疆5个省份，面积超过69万km。，约占我国活跃鼠疫疫源地面积的50％。有研究表明，青藏高原地区菌株的遗传多样性非常广泛，鼠疫菌的最古老分支也分离于该地区，; 崔玉军杨瑞馥; 关键词：喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地基因组多态性鼠疫菌鼠疫自然疫源地

微生物全基因组测序在预防医学领域的应用被引量：6: 2014年; 病原微生物引起传染病疫情时,预防医学工作者会面临以下几个重要问题:1病原从哪里来,可能的传播途径是什么;2病原有哪些生存能力、毒力和耐药特性;3病原所致疾病有着怎样的流行规律。高通量测序技术以及与之相伴的信息学分析技术的飞速发展,为上述问题提供了新的思路和解决方案。本文从流行病学调查溯源、病原体特性的快速判定、疾病流行规律分析以及疫苗变异监测和使用效果评价四个方面,总结归纳了新一代全基因组测序技术在预防医学领域中的应用实例,并对该研究方向存在的问题及未来发展进行了展望。; 崔玉军杨瑞馥; 关键词：基因组微生物学流行病学研究病原

甘肃省鼠疫菌株多位点可变数目串联重复序列分析及流行病学特征分析被引量：2: 2015年; 本研究利用中国疾病预防控制中心传染病预防控制所鼠疫室选出的15对多位点可变数量串联重复序列分析（MLVA）引物应用于甘肃省鼠疫菌株的分析。 1．材料与方法：（1）材料：202株鼠疫菌均分离于1962-2009年甘肃省鼠疫疫源地境内，保存于甘肃省疾病预防控制中心鼠疫菌库。; 郭丽民席进孝张宏苗克军吴斌葛亚俊徐大琴周晓艳; 关键词：鼠疫菌

甘肃省202株鼠疫耶尔森菌基因型分布及流行特征分析被引量：9: 2013年; 目的研究甘肃省鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）基因分型分布及其流行特征。方法根据鼠疫菌基因组23个差异区段设计引物，采用PCR技术，分析甘肃省202株不同来源的鼠疫菌。结果202株鼠疫菌共分为8个基因型，即1b、5、7、8、13、26、GS1型（新基因型）和GS2型（新基因型）。自20世纪60年代起至今分离到1b、8和GS1基因型，而自1977年后再未分离到7、13、26基因型，在1995年后才分离到GS2、5基因型。结论甘肃省1b、8和GS1基因型鼠疫菌自20世纪60年代起持续流行至今，7、13和26基因型菌已有40余年未分离到，而GS2和5基因型菌自20世纪90年代才开始流行。; 王新华张宏郭丽民苗克军达文平吴斌徐大琴葛亚俊穆洮霞陈国娟周晓艳王世明格鹏飞席进孝; 关键词：鼠疫耶尔森菌基因分型

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