卫生行业科研专项(200802043)
- 作品数：12 被引量：665H指数：11
- 相关作者：陈士林姚辉宋经元陈科力罗焜更多>>
- 相关机构：中国医学科学院北京协和医学院湖北中医药大学湖北中医学院更多>>
- 发文基金：卫生行业科研专项国际科技合作与交流专项项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 忍冬科药用植物DNA条形码通用序列的筛选被引量：32
- 2010年
- 目的:从4条DNA片段(psbA-trnH,matK,rbcL,和ITS2)中筛选可用于忍冬科药用植物鉴定的DNA条形码通用序列。方法:通过比较各序列的PCR扩增成功率、测序效率、种内和种间变异、barcoding gap和鉴定成功率等指标评价不同序列在忍冬科植物中的鉴定能力。结果:对忍冬科13个属,33个物种,58个样本进行分析,ITS2序列在属水平上的鉴定成功率为100.0%,物种水平上的鉴定成功率为96.6%。结论:ITS2序列可以作为忍冬科植物的DNA条形码候选序列,同时推荐psbA-trnH序列作为ITS2序列的补充序列。
- 刘震陈科力罗焜潘宏林陈士林
- 关键词：DNA条形码忍冬科ITS2PSBA-TRNHMATKRBCL
- 中药鉴定学新技术新方法研究进展被引量：208
- 2012年
- 作者对近20年中药鉴定学研究和应用的新技术、新方法进行了综述,介绍和评述了每种技术或方法的原理、特点、应用实例及发展方向,探讨了现有新技术在鉴定中的客观性和准确性。DNA条形码技术鉴定能力较强,在鉴定没有背景信息的中药样品及在方法通用性和可数字化方面具有优势,应用前景广阔。光谱鉴定具有指纹特征性,在中药材及饮片的质量管理和鉴定中具有一定的实用性。显微鉴定新技术、色谱鉴定、特定引物PCR标记鉴定、生物效应鉴定、DNA芯片以及仿生技术等其他技术在特定中药鉴定中将发挥重要作用。
- 陈士林郭宝林张贵君严铸云罗光明孙素琴吴和珍黄林芳庞晓慧陈建波
- 关键词：中药鉴定分子鉴定性状鉴定显微鉴定
- 中国黄芪属药用植物DNA条形码(ITS2)鉴定被引量：26
- 2010年
- 中国黄芪属植物种类繁多,具有重要的药用及生物学价值。本文采用了植物DNA条形码候选序列之一的ITS2片段来探讨在黄芪属药用植物中的鉴定能力。结果显示,ITS2基因区通用性强,序列在黄芪属物种间的差异较大,具有明显的Barcoding Gap,能够正确鉴定41个黄芪属植物物种,仅6个物种不能鉴定。此外,ITS2的二级结构也具有一定的系统学及分类学意义。本研究表明ITS2能够作为黄芪属药用植物鉴定的DNA条形码序列,具有重要的应用价值。
- 高婷姚辉马新业朱英杰宋经元
- 关键词：黄芪属DNA条形码
- 葫芦科植物通用DNA条形码的筛选被引量：25
- 2011年
- 目的评价几个热点DNA条形码候选序列对葫芦科植物的鉴别能力。方法使用ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列的通用引物对葫芦科植物进行PCR扩增和测序,通过比较各序列的扩增和测序成功率、种内和种间的变异、barcodinggap,并采取相似性探索BLAST 1和最近距离Nearest Distance方法评价不同序列的鉴别能力。结果 ITS2序列对葫芦科33个属、90个物种、182个样本进行分析,其鉴定成功率较高,在属水平为100.0%,在物种水平为88.5%;psbA-trnH序列对201个样本进行分析,其鉴定成功率在属水平为93.0%,在物种水平为73.1%,但其可以补充部分ITS2不能分析的物种区域。结论 ITS2和psbA-trnH是适合葫芦科植物鉴别的一个较好的DNA条形码序列组合。
- 李妮陈士林刘义梅陈科力
- 关键词：DNA条形码葫芦科PSBA-TRNHMATKRBCLITS2
- ITS2和psbA-trnH序列鉴别马鞭草科药用植物被引量：16
- 2012年
- 目的:评价几条热点DNA条形码候选序列对马鞭草科药用植物的鉴别能力。方法:选择psbA-trnH,rbcL,matK,ITS2和ITS序列进行评价,使用各序列的通用引物进行扩增和测序,用扩增及测序成功率,种内种间差异,barcod-ing gap,基于BLAST 1和Nearest Distance方法的鉴定成功率等指标来评价各序列的鉴定能力。结果:对马鞭草科32个种55个样本的序列分析发现,matK的扩增成功率太低,未纳入后续分析;ITS,ITS2,psbA-trnH以及rbcL的扩增及测序成功率分别为83.6%,83.6%,96.4%,98.2%,其鉴定成功率除rbcL为77.8%,75.9%外都为100%,但ITS2序列的种间,种内差异,barcoding gap较psbA-trnH,ITS有明显优势。ITS2序列进一步纳入网上163个样品的数据后其鉴定成功率依然可以达到89.5%,87.6%。结论:考虑到psbA-trnH较高的测序成功率,ITS2和psbA-trnH是适合马鞭草科植物鉴别的一个较好DNA条形码序列组合。
- 陈倩刘义梅刘震陈士林陈科力
- 关键词：DNA条形码ITS2RBCLPSBA-TRNH马鞭草科
- ITS2序列鉴定青葙子及其混伪品被引量：3
- 2011年
- 为探讨基于ITS2序列鉴定青葙子及其混伪品的新方法,对青葙子及其混伪品共4个物种7份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时从GenBank下载青葙子及其常见混伪品共10个物种21个样本的序列信息.分析各物种间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列构建其系统发育树.结果表明青葙子及其混伪品的ITS2二级结构存在明显差异;构建的系统发育树显示青葙子不同样本聚在一起,能很好地与混伪品区分.ITS2序列对鉴定青葙子及其易混伪品有一定的参考价值,可以作为传统鉴别方法的补充.
- 刘义梅陈倩陈科力陈士林
- 关键词：青葙子混伪品分子鉴定
- 锦葵科植物DNA条形码通用序列的筛选被引量：23
- 2011年
- 对锦葵科植物样品的ITS、ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增效率、测序成功率、种内和种间变异的差异以及barcoding gap图,使用BLAST1和Nearest Distance方法评价不同序列的鉴定能力,进而从这些候选序列中筛选出较适合锦葵科植物鉴别的DNA条形码序列。结果表明,ITS序列在采集的锦葵科植物11个种26个样品中的扩增成功率较高,其种内、种间变异差异和barcoding gap较ITS2、psbA-trnH及rbcL序列具有更明显的优势,且纳入60个属316个种共1228个样品的网上数据后,其鉴定成功率可达89.9%。psbA-trnH序列的扩增和测序成功率最高,其鉴定成功率为63.2%,并能鉴别一些ITS序列无法鉴别的种。实验结果表明,ITS和psbA-trnH是较适合鉴别锦葵科植物的DNA条形码序列组合。
- 王柯陈科力刘震陈士林
- 关键词：DNA条形码ITSITS2锦葵科PSBA-TRNH
- 药用植物DNA条形码鉴定策略及关键技术分析被引量：157
- 2009年
- DNA条形码(DNA barcoding)是近年来生物分类和鉴定的研究热点和方向,其在药用植物鉴定中的成功应用将可能是生药鉴定方法的革命性突破。本文结合具体研究工作就构建药用植物DNA条形码鉴定平台的标准化流程、药用植物DNA条形码鉴定序列的选择、DNA条形码序列校对机制、DNA条形码序列鉴定效率评价方法进行了探讨,并展望了DNA条形码的发展趋势。
- 陈士林宋经元姚辉石林春罗焜韩建萍
- 关键词：药用植物DNA条形码
- 重楼属药用植物DNA条形码鉴定研究被引量：156
- 2010年
- 为评价DNA条形码候选序列对重楼属药用植物的鉴定作用,探讨重楼属药用植物鉴定新方法,本研究对重楼属11个物种17份样品的psbA-trnH、rpoB、rpoC1、rbcL、matK和核ITS2序列进行PCR扩增和测序,比较各序列扩增和测序效率、种内和种间变异,进行barcoding gap分析,采用BLAST1和Nearest Distance方法评价不同序列的鉴定能力。结果显示,ITS2序列在所研究的重楼属药用植物中的扩增和测序效率均为100%,其种内种间变异、barcoding gap与其他DNA条形码候选序列相比具有明显的优势,ITS2序列在重楼属中的鉴定成功率达到100%,而生物条形码协会(CBOL)植物工作组推荐的matK和rbcL序列的鉴定成功率分别为52.9%和5.9%,二者联合鉴定能力没有提高,对于ITS2序列扩大至29个物种67份样品依然具有100%的鉴定成功率。实验结果表明,ITS2序列能够准确鉴定重楼属药用植物,可以作为潜在的药用植物通用条形码序列。
- 朱英杰陈士林姚辉谭睿宋经元罗焜鲁静
- 关键词：重楼属DNA条形码ITS2药用植物
- 川芎及其近缘物种的ITS2序列分析与鉴别研究被引量：12
- 2011年
- 目的:对常用中药川芎及其近缘物种进行分子鉴定,以确保该药材的质量及临床安全用药。方法:采用PCR技术,获得ITS2基因片段,进行双向测序,运用CodonCode Aligner拼接后,用MEGA5.0软件进行相关数据分析,构建NJ树。应用Schultz等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果:川芎与其近缘物种ITS2序列间存在明显差异,基于ITS2序列的NJ树及其ITS2二级结构均可以将川芎及其近缘物种区分开。结论:ITS2可有效地鉴别中药川芎及其近缘物种,在中药鉴定中应用前景广阔。
- 辛天怡李美妮宋经元
- 关键词：川芎ITS2
