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基于基因表达谱与系统发育树的肿瘤细胞多药耐药性表型预测: 2010年; 应用基因芯片技术预测抗肿瘤药物多药耐药性(multiple drug resistance,MDR)表型时,探针表达值归一化策略和特征基因集的选取往往是导致实验间结果不一致性的重要原因.从基因芯片数据出发,如何建立一个统计学上稳定的预测模型,已成为MDR表型预测建模研究中迫切需要解决的问题.本研究以多药耐药肿瘤细胞系的基因表达数据为研究对象,将探针表达定性为有无表达(1/0)两种状态,再将其归类到由蛋白质结构域组序(protein domainor ganization,PDO)定义的基因集中.在此基础上,通过引入系统发育学中的基因含量方法(gene content),在PDO基因集水平上建立了系统发育学模型(细胞树),并用于MDR表型的预测.结果显示,肿瘤细胞系的分类主要受细胞病理分型和MDR表型(紫杉醇和长春碱)的影响.系统发育学模型在预测样本的MDR表型方面优于特征基因模型.尽管本文方法的应用受到样本混杂度的限制,但其对于血液系统肿瘤或纯度较高的细胞系仍具有潜在的应用价值.; 刘鑫奕李作峰文静然蔡青青徐烨张晓艳; 关键词：基因芯片系统发育树肿瘤多药耐药性

计算机辅助CRISPR向导RNA设计被引量：1: 2017年; 基于CRISPR/Cas9系统的基因编辑已被成功应用于多种细胞类型中。计算机辅助的向导RNA(Guide RNA)设计是使用CRISPR系统成功进行基因编辑的关键步骤之一。目前的计算工作主要致力于利用计算模型来提高sgRNA的打靶效率并降低其脱靶。文中对于目前存在的sgRNA设计工具进行综述,并且说明可以通过建立高效的计算模型,对当前的异质基因编辑数据进行整合挖掘,以获得无偏差的sgRNA设计规则,并预测影响sgRNA设计的关键特征。笔者认为,对于sgRNA打靶和脱靶效果的系统总结和评价,将有助于使用CRISPR系统进行更加精准的基因编辑和基因治疗。; 王远立啜国晖闫继芳石雷刘琦; 关键词：CRISPR

核小体定位机制及在胚胎发育中的核小体重排: 核小体是染色质的基本结构单元，核小体定位，也就是核小体相对于DNA序列的位置，可以影响转录因子与DNA的结合，从而有效地调控基因的转录。对核小体定位机制的研究已经成为表观遗传领域的一个研究热点；国际上有学者基于核小体对D...; 张勇; 关键词：核小体定位

人工智能与药物研发被引量：11: 2018年; 新药研发是一个系统工程,周期长、成功率低。传统药物研发在于发现疾病相关的有效靶点,借助各种技术进行小分子(或大分子)的筛选与设计。人工智能技术在医学多个领域已取得显著进展,其在新药研发领域能整合大量高通量组学数据、网络药理学数据和图像等高维表型数据,进行有效靶点的筛选和药物设计,节省药物研发成本,缩短药物研发时间。本文探讨了在新一代人工智能技术驱动下的药物发现过程,旨在为新药研发提供参考。; 刘琦; 关键词：人工智能新药药物研发靶点表型

流感疫苗应答过程中抗体谱发育的生物信息学分析: 2017年; 目的分析流感疫苗应答过程中抗体谱的发育成熟特征,为后续抗体研发提供理论依据.方法基于三价灭活流感疫苗（trivalent influenza vaccine,TIV）刺激后的时序性抗体重链测序数据,从抗体突变程度、互补决定区3（complementary-determining region 3,CDR3）氨基酸特征、VDJ基因使用方面分析疫苗应答过程中抗体谱的发育成熟特征.结果疫苗刺激后抗体的突变频率显著提高.CDR3的特征分析显示,带电荷氨基酸和芳香族氨基酸的使用频率较高;原始B细胞（naive B cell）中CDR3长度服从正态分布,而疫苗刺激后,15~18个氨基酸长度的CDR3序列形成主导地位.另外,免疫前后VDJ基因的使用发生明显变化,带有抗体重链胚系基因IGHV3-7的抗体序列对疫苗具有显著应答;免疫后第7天应答最为强烈,随着时间的增加应答强度逐渐减弱.结论疫苗刺激下,抗体谱动态进化以产生特异性应答的抗体,从序列层面分析应答特征有助于衡量免疫应答的有效性.; 张璐张清晨裘天颐曹志伟唐凯临; 关键词：疫苗抗体谱 B细胞 CDR3 REGION

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同济大学生命科学与技术学院生物信息学系