宁波大学生物与海洋科学系
- 作品数：13 被引量：47H指数：5
- 相关作者：赵桐更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划浙江省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生轻工技术与工程更多>>
- 桃果实PpPFK基因的电子克隆及低温胁迫下的转录水平分析被引量：2
- 2013年
- 为了克隆桃果实中PpPFK(Prunus persica phosphofructokinase,磷酸果糖激酶)基因,并对其序列和不同低温胁迫下的转录水平进行分析。本研究采用了电子克隆和RT-PCR(reversetranscription PCR)相结合的方法分离桃果实PpPFK基因的cDNA全长序列,采用RT-qPCR(reversetranscription real-time quantitative PCR)技术分析桃果实在0℃、5℃冷藏过程中目的基因转录水平的变化。试验成功获得了全长1405 bp的PpPFK基因序列,该序列具有完整的开放阅读框(ORF,open reading frame),编码232个氨基酸。对ORF进行PCR的验证结果和电子克隆的结果一致。序列分析显示该基因的氨基酸序列同大豆和葡萄具有很高的相似度。RT-qPCR分析显示,5℃贮藏下的桃果实PpPFK基因转录水平在前14 d高于0℃果实,这可能导致5℃贮藏的桃果实发生更明显的冷害症状。本研究结果表明,桃果实PpPFK转录水平在不同低温贮藏过程中存在差异,这可能在桃果实低温胁迫响应过程中发挥重要作用。
- 余芳王可邵兴锋龚一富王鸿飞许凤
- 关键词：电子克隆转录水平
- 香鱼巨噬细胞转录组测序和生物芯片开发用于研究LECT2对巨噬细胞的激活效果
- LECT2(Leukocyte cell-derived chemotaxin 2)是一种白细胞源趋化因子,最早分离自人,分子量为16 kDa,含三个分子内二硫键,在肝中以持续性方式特异表达,并分泌到血液中。哺乳动物研究...
- 陆新江杭兴宜应玲何宇青陈炯史雨红李长红
- 关键词：香鱼巨噬细胞生物芯片转录组测序
- 文献传递
- 环介导等温扩增联合横向流动试纸条可视化检测志贺氏菌被引量：7
- 2016年
- 【目的】将环介导等温扩增技术（LAMP）与横向流动试纸条（LFD）联合应用,建立一种可应用于志贺氏菌快速检测的LAMP-LFD技术。【方法】以福氏志贺氏菌的侵袭性质粒抗原H（ipa H）基因为检测靶标设计3对特异性引物（其中上游内引物Sfl-ipa H-FIP由生物素标记）,进行LAMP反应;同时设计1条异硫氰酸荧光素（FITC）标记的探针Sfl-ipa H-HP,与获得的LAMP产物进行特异性杂交,杂交产物经LFD完成检测。【结果】优化后的LAMP反应条件为63℃ 40 min,加上LFD结果判读共需50 min。LAMP-LFD方法能够特异性检测出福氏志贺氏菌,而对肠炎沙门氏菌等其它4种导致腹泻的致病菌和创伤弧菌等5种常见食物源性致病菌,以及4株不同大肠杆菌的检测结果呈阴性。该方法针对福氏志贺氏菌的检测灵敏度为1.0×10^2 CFU/m L或4 CFU/反应,针对人工污染鲤鱼肠组织的检测灵敏度是5.0×10^2 CFU/m L,是以LAMP外引物Sfl-ipa H-F3/Sfl-ipa H-B3的常规PCR方法的100倍。【结论】建立的LAMP-LFD技术具有操作简单、检测快速准确、检测成本低等优点,有望在志贺氏菌的常规监测和即时检测中被普及使用。
- 李尚阳周前进张严峻潘军航陈炯
- 关键词：志贺氏菌环介导等温扩增技术
- 梅氏新贝尼登虫膜联蛋白B1基因序列分析及应激表达分析
- 2016年
- 膜联蛋白(Annexins,ANX)是一类Ca^(2+)依赖性磷脂结合蛋白多基因家族,参与生物膜修复、Ca^(2+)调节、信号传导、膜泡运输以及细胞增殖等过程,部分成员其mRNA和蛋白表达与发育和环境变化紧密相关。研究采用生物信息学方法鉴定了梅氏新贝尼登虫anxb1(Neobenedenia melleni anxb1,nmanxb1)的序列特征,随后采用RT-qPCR技术确定其mRNA表达与发育和环境(温度和盐度)变化相关性。研究结果表明,NmANXB1具有4个由α-螺旋组成的重复单元,其中3个典型Ⅱ型Ca^(2+)结合位点、6个Ⅲ型Ca^(2+)结合位点,以及1个KGD基序。氨基酸序列的系统进化树分析揭示,nmanxb1与其他B族蠕虫类寄生虫anx共成一簇。RT-qPCR结果显示,nmanxb1 mRNA主要在虫卵中表达。低温和高温应激下虫卵nmanxb1 mRNA表达量显著上调;高温和低盐应激时成虫中的表达量也显著上升。以上结果揭示,NmANXB1可能参与梅氏新贝尼登虫的发育和环境应激适应过程。
- 马文静史雨红陈炯
- 关键词：基因表达
- 桃果实PpAO基因的电子克隆及生物信息学分析被引量：2
- 2013年
- 研究克隆桃果实中的PpAO(Prunus persica ascorbate oxidase)基因,并对其序列进行了生物信息学分析。研究采用电子克隆和RT-PCR(reverse transcription PCR)相结合的方法分离桃果实PpAO基因的cDNA全长序列,利用各种软件对序列进行生物信息学分析。实验成功获得全长1913bp的PpAO基因序列,该序列具有完整的开放阅读框(ORF,open reading frame),编码18个氨基酸的信号肽和518个氨基酸的成熟酶。对ORF进行PCR的验证结果和电子克隆的结果一致。序列分析显示该基因的氨基酸序列同大豆和葡萄具有很高的相似度,含有Cu-oxidase_3,Cuoxidase,Cu-oxidase_2三个同源结构域。
- 王可邵兴锋龚一富张兴龙
- 关键词：桃果实电子克隆
- 环介导等温扩增联合横向流动试纸条快速检测单核细胞增生李斯特菌的研究被引量：12
- 2014年
- 将环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)与横向流动试纸条检测技术(lateral flow dipstick,LFD)联合,建立了1种可应用于单核细胞增生李斯特菌快速检测的新方法。针对单核细胞增生李斯特菌的actA基因设计3对引物(其中,上游内引物由生物素标记)和1条异硫氰酸荧光素(fluorescein isothiocyanate,FITC)标记的探针,进行由生物素标记的LAMP扩增反应,并利用LFD对经FITC标记探针杂交的扩增产物完成检测。优化后的LAMP反应条件为65℃反应40min,从细菌基因组DNA提取到LFD结果判断只需90min左右,比常规PCR技术缩短近2h。LAMP-LFD可特异性地检出单核细胞增生李斯特菌,对哈维弧菌等常见弧菌及嗜水气单胞菌等的检测结果为阴性。灵敏性试验表明,LAMP-LFD针对病原纯培养物的检测灵敏度为3.2×101 CFU/mL或0.64CFU/反应,是LAMP检测的10倍,常规PCR检测的100倍;针对人工污染单核细胞增生李斯特菌的原料奶样品的检测灵敏度为1.6×102 CFU/mL或3.2CFU/反应。利用本方法可从采集样品中检测到单核细胞增生李斯特菌,检测结果与传统的细菌分离培养方法结果一致。试验表明,本研究建立的LAMP-LFD技术可特异、准确地应用于单核细胞增生李斯特菌检测,而且灵敏度高、操作简单、检测成本低,有望发展成为单核细胞增生李斯特菌快速检测的有效手段。
- 王瑞娜周前进陈炯
- 关键词：单核细胞增生李斯特菌环介导等温扩增技术特异性灵敏度
- 香鱼半乳糖凝集素3基因的克隆、鉴定和功能初探被引量：1
- 2015年
- 半乳糖凝集素3(galectin-3,Gal3)是凝集素的一类,在哺乳动物非特异性免疫中具有重要作用,但在鱼类中尚未见研究报道。该研究通过香鱼(Plecoglossus altivelis)单核/巨噬细胞转录组测序获得Gal3(Pa Gal3)的c DNA序列,全长2 009个核苷酸,包含一个完整的开放阅读框,推测其编码一个由380个氨基酸组成、相对分子质量为38.28 k Da的蛋白,等电点为4.58,N-末端无信号肽。多重序列比对表明,Pa Gal3具有Galectin(Gal)家族成员典型的结构特征。系统进化树揭示,各物种Gal3的进化关系符合目前广泛认可的动物分类关系,Pa Gal3与虹鳟(Oncorhynchus mykiss)Gal3紧密成簇,氨基酸序列同源性达77%。实时荧光定量PCR结果表明,鳗弧菌(Vibrio anguillarum)侵染后,香鱼肝、肾、脾等组织和单核/巨噬细胞中Pa Gal3的m RNA表达量显著上调。Western blot结果表明,Pa Gal3存在于香鱼血清中。抗体封闭Pa Gal3后,香鱼单核/巨噬细胞吞噬细菌能力和杀菌活性均显著下降,揭示Pa Gal3可以增强香鱼单核/巨噬细胞功能。综上,Pa Gal3与鱼类免疫紧密相关,可能在香鱼炎症免疫中具有重要作用。
- 赵桐李长红陆新江陈炯
- 关键词：香鱼半乳糖凝集素3杀菌
- LECT2通过与CD209a受体结合激活巨噬细胞提高细菌性败血症小鼠存活率
- 败血症是临床上主要的死亡原因,主要由细菌感染引起,包括大肠杆菌(Escherichiacoli)和绿脓杆菌(Pseudomonasaeruginosa)。在细菌性败血症模型小鼠中,LECT2注射明显改善存活率。进而发现L...
- 陆新江陈炯虞朝辉史雨红章瑞呈何宇青黄左安吕技能张顺徐磊
- 关键词：败血症巨噬细胞
- 文献传递
- 环介导等温扩增联合横向流动试纸条可视化检测哈维氏弧菌的研究被引量：7
- 2016年
- 以哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)为材料,利用环介导等温扩增技术(LAMP)进行核酸扩增,借助横向流动试纸条(LFD)完成产物检测,旨在建立一种可用于哈维氏弧菌快速检测的LAMP-LFD新技术。以哈维氏弧菌的溶血素基因(vhh A)为检测靶标设计了3对特异性引物(其中,上游内引物vhh A-FIP由生物素标记),进行由生物素标记的LAMP反应;同时设计1条异硫氰酸荧光素(FITC)标记的探针,与获得的LAMP产物进行特异性杂交,杂交产物经LFD完成检测。经优化,LAMP的反应条件为63℃反应40 min,由LFD完成结果判读共需50 min。结果表明,LAMP-LFD方法能特异性地检出哈维氏弧菌,对创伤弧菌等其他9种水产养殖重要病原菌的检测结果呈阴性。利用该方法,针对细菌纯培养物的检测灵敏度为1.0×102 CFU/m L或2 CFU/反应,针对污染有该菌的大黄鱼组织的检测灵敏度为5×102 CFU/m L或20 CFU/反应,均是以LAMP外引物vhh A-F3/vhh A-B3的常规PCR方法的100倍。因此,该方法能够快速、准确地检出哈维氏弧菌,有望在海水养殖过程哈维氏弧菌的监测和即时检测中普及使用。
- 程蝶柴方超蔡怡周前进陈炯
- 关键词：哈维氏弧菌溶血素基因环介导等温扩增技术
- 香鱼IL-12B基因序列及其表达与鳗利斯顿氏菌感染的相关性分析被引量：1
- 2013年
- 白介素-12B(interleukin-12B,IL-12B)是组成IL-12分子的亚基,参与病原菌感染引起的免疫反应。该研究经香鱼(Plecoglossus altivelis)巨噬细胞转录组测序获得其IL-12B基因,包括完整的开放阅读框在内,序列大小为1 152 bp,预测编码的前体蛋白由303个氨基酸组成,N-端22个氨基酸残基为信号肽序列。序列比对及进化树分析表明,香鱼IL-12B与大西洋鲑IL-12B进化关系最近,氨基酸序列同源性达50%。香鱼IL-12B基因mRNA在健康香鱼头肾组织和外周血白细胞中表达量最高,在脾脏、腮和肠等组织也有少量表达。荧光定量PCR分析揭示,鳗利斯顿氏菌(Listonella anguillarum)感染后,香鱼头肾组织和外周血白细胞IL-12B基因mRNA表达显著上调,12 hpi(hours post infection)时达到峰值。随后原核表达了香鱼IL-12B,并制备抗血清。Western blot结果揭示,香鱼血清IL-12B含量在鳗利斯顿氏菌感染后4 hpi时尚无显著变化,8 hpi后显著上调,并表现持续增加。综上,香鱼IL-12B基因的表达变化与鳗利斯顿氏菌感染过程密切相关,揭示香鱼IL-12B基因可能在病原菌感染引起的免疫反应中发挥重要作用。
- 沈广强陈炯史雨红周前进陆新江
- 关键词：香鱼鳗利斯顿氏菌基因表达
