广州大学生命科学学院作物抗逆国际合作研究中心
- 作品数：8 被引量：48H指数：4
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- 具通用性芸薹属SSR标记在菜心RIL群体中的偏分离分析被引量：3
- 2016年
- 为了研究菜心的偏分离遗传特性,以菜心材料"四九-19号菜心"和"3T6"杂交得到的F6重组自交系(RIL)群体为材料,利用从133对芸薹属SSR引物中筛选出的40对SSR引物对RIL群体进行基因分型,结果显示重组自交系中具有78个SSR标记多态性位点,其中46个位点定位在建立的含有10个连锁群的菜心遗传图谱中。偏分离分析发现,遗传图谱中有31个位点表现偏分离,占定位于图谱中位点的67.39%。其中偏向母本"四九-19号菜心"的位点12个,占总偏分离位点数的38.71%;偏向父本"3T6"的偏分离位点19个,占总偏离位点数的61.29%。检测到4个偏分离热点区域,分别位于连锁群LG3、LG4、LG5和LG6上,其中3个偏向父本"3T6"、1个偏向双亲,推测配子体选择可能是产生偏分离的因素。
- 郭培国王直亮陈静芳夏岩石李荣华张华李光光郑岩松Kadambot Siddique
- 关键词：菜心重组自交系偏分离
- 菜薹品质性状与SSR标记的关联分析被引量：5
- 2019年
- 为挖掘与菜薹品质性状相关的分子标记,选用具有多态性的84个SSR标记分析了81份菜薹种质材料的遗传多样性,并采用TASSEL3.0软件中混合线性模型(MLM)对菜薹群体材料的单株质量、叶绿素含量、维生素C含量、可溶性总糖含量、可溶性蛋白含量和硝酸盐含量等6个品质性状进行关联分析。结果显示,84个SSR标记在81份菜薹种质材料中共检测出310个等位位点,引物多态信息量(PIC)在0.1878~0.9902,平均值为0.6119;81份菜薹种质材料的遗传相似系数(GS)在0.4742~0.8958,平均值为0.6294;在GS值为0.596水平上,81份菜薹种质可聚为4个类群。关联分析显示,10个等位位点与菜薹4个品质性状显著相关(P<0.01),对表型变异的贡献率为8.59%~11.50%,其中5个等位位点表现为增效表型效应,其余5个等位位点为减效表型效应。基于等位位点的分析结果,鉴定出典型的载体材料11份,分别携带有4~8个优异等位位点。本研究发掘的与菜薹品质性状相关的优异等位位点及载体材料,可为高品质菜薹的分子标记辅助育种提供参考。
- 夏岩石张润霖卢宇鹏李荣华李光光张华郭培国
- 关键词：菜薹品质性状SSR标记
- 不同熟性菜心品质性状的多样性分析被引量：9
- 2020年
- 【目的】综合评价菜心群体的品质性状,筛选特异种质资源,为高品质菜心种质的开发利用提供理论参考。【方法】收集120份具有不同熟性的菜心种质材料,选择8个外观品质和2个营养品质进行遗传多样性分析,并对全部菜心材料进行主成分分析和聚类分析。【结果】10个品质性状的变异系数在11.17%~42.76%之间,其中最大叶柄长的变异系数最大,叶绿素含量的变异系数最小。除叶绿素含量、叶形和硝酸盐含量外,早熟型菜心的开展度、最大叶长、叶宽、叶柄长、薹高、薹粗、可溶性蛋白含量等7个指标都显著小于晚熟型;中熟型菜心的硝酸盐含量最低,其外观品质也最符合优质菜心商品性状的一般要求。主成分分析显示,10个品质性状可转化为3个主成分,累计贡献率达到80.813%,其中最大叶长、叶宽、叶柄长、叶形和叶色等5个性状能代表菜心品质性状的大部分信息。聚类分析将120份菜心种质分为两大类和6个亚类,其中Ⅱ-Ⅱ亚类菜心的综合品质性状表现优良,可直接利用或者作为较好的亲本材料。【结论】收集的菜心材料在品质性状方面差异较明显,蕴藏着较丰富的遗传变异,在品质方面存在部分可供育种和生产利用的种质资源。
- 卢宇鹏夏岩石温少波李荣华李光光张华郭培国
- 关键词：菜心品质性状主成分分析聚类分析
- 菜薹转录组中SSR信息与可用性分析被引量：20
- 2016年
- 利用菜薹转录组分析检测到48 975条unigene（38.17 Mb）序列数据,运用MIcro SAtellite（MISA）工具发现其中具有1-6个核苷酸重复类型的SSR位点11 879个,SSR位点发生频率为1/3.2 kb（312.5/Mb）。6种SSR位点类型中主要为1-3个核苷酸重复,占总SSR位点数的99.01%,其中单、二和三核苷酸类型分别为41.11%、28.23%和29.67%。发现重复序列的基序58个,重复次数在5-23之间,其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AT/AT、AC/GT、AAG/CTT和AGG/CCT。重复序列长度在10-60 bp之间,大多小于20 bp,大于20 bp的仅有7.9%（938个SSR位点）。设计出676对具有潜在多态性的SSR引物组合,从中随机抽取30对引物进行PCR扩增验证其可用性,发现22对引物在4份菜薹种质中的扩增产物条带清晰稳定,其中12对引物具有多态性。
- 李荣华王直亮陈静芳夏岩石郭培国张华Kadambot Siddique
- 关键词：菜薹转录组SSR可用性分析
- 芸薹属SSR标记在菜薹中的通用性及其应用被引量：4
- 2016年
- 以4份遗传背景差异较大的菜薹种质为试材,检测133对芸薹属SSR引物在菜薹中的PCR扩增效果,以期发现适用于菜薹的SSR标记。结果表明：有50对引物在4份菜薹种质中表现出较好的通用性,其扩增产物多在100~350bp,多态性数目在1~4,共91个多态性位点。在此基础上,利用在“四九-19号菜心”和“3T6”中具有多态性的40对SSR引物,对130份以“四九-19号菜心”和“3T6”为亲本建立的F6重组自交系群体进行基因分型,构建了一个具有10个遗传群、总长度为641.39cM的菜薹遗传连锁图。研究结果可为今后菜薹遗传多样性、基因定位和分子标记辅助育种提供理论参考。
- 陈静芳李荣华王直亮夏岩石郭培国Kadambot SIDDIQUE
- 关键词：芸薹属SSR菜薹遗传连锁图
- 不同菜心品种叶绿素荧光参数日变化的研究被引量：9
- 2017年
- 了解菜心光能利用效率的规律性,可为具优良光合性状菜心品种的选育提供参考。据此,本研究选用在二份耐热性强和二份耐热性弱的菜心品种作为研究对象,探讨了这些品种的叶绿素荧光参数的日变化规律。结果表明:随着光强和温度的上升和下降的日变化,四份菜心材料的初始荧光(Fo)、相对可变荧光(VJ)和单位反应中心热耗散能量(DIo/RC)出现先升后降的趋势,而最大荧光(Fm)、光能转化效率(Fv/Fm)、光化学性能指数(PIABS)则出现先降后升的情况;除Fo的最大峰值在四份材料中均在13:00时外,耐热性强的材料其余参数的最大或最小峰值出现在光照强度最大的13:00时且变化幅度较小,而在耐热性弱的材料中这些值的变化幅度大且出现在日最高温度的14:00。另外,随着光强和温度的降低,各荧光参数又逐渐向初始水平恢复,但耐热性强的菜心品种的恢复速率高于耐热性弱的菜心品种。这一结果表明叶绿素荧光参数可考虑作为评价菜心材料耐热性强弱的一个参考指标。
- 王直亮陈静芳林静怡夏岩石李荣华郭培国张华李光光郑岩松Kadambot Siddique
- 关键词：菜心叶绿素荧光参数日变化
- 菜心群体中AUF2基因的遗传变异及其与农艺性状的关联分析被引量：1
- 2023年
- 【目的】通过检测Auxin Up-regulated F-box protein2(AUF2)基因在菜心群体中的自然变异,挖掘其优异等位基因,为菜心分子辅助育种提供理论参考。【方法】采用PCR扩增后直接测序的方法,检测AUF2基因在156份菜心种质材料中的自然变异,利用Tassel 5.0软件的混合线性模型(MLM)对AUF2基因的变异位点与菜心群体的株高、单株质量、最大叶长、最大叶宽、最大叶柄长和叶绿素含量(SPAD)等6个农艺性状进行关联分析,以期发现显著影响菜心农艺性状的变异位点,并确定其优异等位变异及单倍型。【结果】经测序分析,在AUF2基因的2996 bp扩增区域内共检测到34个变异位点,构成36个单倍型,表现出较高的核苷酸多样性(π=0.00503)和单倍型多样性(Hd=0.780),其上游非编码区1498 bp内含26个SNP和2个InDel位点,编码区960 bp内含5个SNP和1个InDel位点,而下游非编码区538 bp范围没有检测到变异位点。中性检验显示,AUF2基因在群体中的Tajima’s D值、Fu and Li’s D*值和Fu and Li’s F*值均为正值,且显著偏离中性选择,可能是群体平衡选择的结果。经关联分析发现,4个SNP位点与菜心的单株质量、最大叶长、最大叶宽和最大叶柄长等4个农艺性状呈显著相关性,其表型解释率在5.04%~6.52%范围;4个优异等位变异构成的单倍型Hap2能显著增加菜心的单株质量,极显著地提高最大叶柄长的长度。【结论】AUF2基因在菜心群体中存在丰富的变异,对菜心的部分农艺性状有显著影响,其优异等位变异和单倍型将有利于菜心品种的遗传改良。
- 黄依琳许玉富李荣华李光光张华郭培国夏岩石
- 关键词：菜心多态性农艺性状
- 基于菜心(Brassica campestris)基因组Survey测序开发多态性SSR标记被引量：2
- 2020年
- 为解决菜心SSR标记数量不足、已开发的位点多态性差等问题,本研究利用高通量测序技术,对‘四九-19’和‘3T6’两份菜心材料进行基因组Survey测序,规模化开发多态性SSR标记。两个菜心材料分别获得55 649 657个和59 300 433个Clean reads,分开拼接组装得到430 483个和499 876个Contig。在两个材料的Contig中搜索到共有的SSR位点为30 696个,其中以二和三核苷酸重复基序最为丰富,占总SSR位点的67%。分析比较发现,3 652个(12%) SSR位点在两份测序材料间具有潜在多态性,随机挑选50个SSR位点进行PCR扩增验证,48对(96%)引物在4份菜心材料中扩增出清晰的条带,其中31对(62%)引物在两份测序样品间具有多态性,19对(38%)引物在另两份菜心材料间具有多态性。结果表明,利用基因组Survey测序能开发SSR标记和开发具有多态性的SSR标记,本研究开发的多态SSR标记将进一步为菜心分子标记的发展和应用提供基础。
- 张润霖夏岩石卢宇鹏李荣华张华郭培国
- 关键词：SSR标记多态性
