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宁波大学海洋学院生物化学与分子生物学实验室

作品数：17 被引量：40H指数：4
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相关机构

文献类型

  • 12篇中文期刊文章

领域

  • 9篇农业科学
  • 7篇生物学

主题

  • 5篇单核
  • 5篇香鱼
  • 3篇鳗弧菌
  • 3篇弧菌
  • 2篇弹涂鱼
  • 2篇蛋白
  • 2篇受体
  • 2篇凝集素
  • 2篇细胞
  • 2篇酵母
  • 2篇酵母双杂交
  • 2篇巨噬细胞
  • 2篇克隆
  • 2篇黄鱼
  • 2篇分子鉴定
  • 2篇IHHNV
  • 2篇大弹涂鱼
  • 2篇大黄鱼
  • 1篇单核巨噬细胞
  • 1篇低氧胁迫

机构

  • 12篇宁波大学

作者

  • 10篇陈炯
  • 6篇苗亮
  • 5篇李长红
  • 2篇史雨红
  • 2篇魏永伟
  • 1篇张浩
  • 1篇林勉
  • 1篇张玲玲
  • 1篇李明云
  • 1篇陈梦丹
  • 1篇朱凯
  • 1篇徐圣钊
  • 1篇范东东
  • 1篇张琪
  • 1篇梁亚芳
  • 1篇马海玲
  • 1篇陈航

传媒

  • 10篇海洋与湖沼
  • 2篇生物技术通报

年份

  • 1篇2021
  • 1篇2020
  • 2篇2018
  • 2篇2017
  • 3篇2016
  • 3篇2015
共 17 条 记 录，以下是 1-10
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排序方式：
大黄鱼(Larimichthys crocea)新品种“东海1号”体长相关的DArT标记筛选
2016年
大黄鱼(Larimichthys crocea)是我国重要的海产经济鱼类。因多年未加选育的累代养殖,养殖大黄鱼生长缓慢,性早熟、免疫力低下,亟需对养殖大黄鱼进行遗传改良。多样性芯片技术(Diversity arrays technology,DAr T)具有高通量和低成本的显著特点,不需要明确物种的基因组DNA序列信息,因而广泛应用于动植物遗传图谱制作和遗传多样性分析。本研究旨在采用DAr T技术鉴定与"东海1号"大黄鱼体长相关分子标记。首先随机测得"东海1号"大黄鱼199个个体体长,均值为13.45cm,符合正态分布(P>0.05),"极端大群体"和"极端小群体"之间差异显著(P<0.01)。然后采用7组限制性内切酶组合(Pst I/Alu I、Pst I/Ban II、Pst I/Bsp1286I、Pst I/Bst NI、Pst I/Hae III、Pst I/Rsa I、Pst I/Taq I)分别进行酶切,获得基因组代表性DNA片段并用于文库构建。根据多态性克隆数和多态性率确定Pst I/Rsa I酶切组合为最优降低基因组复杂度方法。之后从Pst I/Rsa I基因组代表性DNA片段文库中扩增获得3360个片段,以此为多样性芯片探针进行芯片点制,杂交筛选获得18个大黄鱼体长相关DAr T候选标记。经过新群体样本再次验证,仍有8个DAr T标记与体长相关。本研究有助于选育生长性状优良的大黄鱼群体。
徐圣钊林勉闫松松史雨红苗亮李明云陈炯
关键词：大黄鱼DART体长生长性状
PaCLR介导PaLECT2激活脂多糖刺激的香鱼(Plecoglossus altivelis)单核巨噬细胞功能被引量：1
2017年
香鱼(Plecoglossus altivelis)白细胞衍生趋化因子2(leukocyte cell-derived chemotaxin 2,PaLECT2)可以激活香鱼头肾来源的单核巨噬细胞(monocytes/macrophages,MO/MΦ),提高细菌感染后香鱼存活率。进一步研究显示,PaLECT2与香鱼C型凝集素受体(C-type lectin receptor,PaCLR)相互作用可激活静息状态下香鱼MO/MΦ,增强其免疫活性。在前期基础上,本研究通过抗体封闭实验检测PaCLR是否介导PaLECT2激活LPS刺激的MO/MΦ功能。结果显示,重组PaLECT2成熟肽(rPaLECT2m)显著提高了LPS刺激的香鱼MO/MΦ细胞因子的表达,并增强了其吞噬能力和杀菌活性。封闭PaCLR显著抑制了rPaLECT2m激活LPS刺激的香鱼MO/MΦ细胞因子表达、吞噬和杀菌功能。因此,PaCLR介导PaLECT2可以激活病理状态香鱼MO/MΦ。这一认识进一步揭示了LECT2在病理状态的鱼类巨噬细胞调控和炎症反应中的作用及机制。
史雨红马海玲梁亚芳陈航陈炯
关键词：C型凝集素受体脂多糖刺激
对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒编码蛋白的相互作用研究
2016年
采用Matchmaker酵母双杂交系统,将对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(Infection hypodermal and hematopoietic necrosis virus,IHHNV)编码蛋白NS1、NS2和CP序列分别构建到酵母猎物载体p GADT7和诱饵载体p GBKT7上,分别转化至酵母AH109以检测重组猎物载体和诱饵载体的自激活作用及对宿主的毒性作用,发现无自激活作用和毒性作用,随后将重组猎物载体和诱饵载体两两共转至酵母AH109中,涂布于SD/-Leu/-Trp固体培养基上,再点种至SD/-Ade/-His/-Leu/-Trp/X-α-gal固体培养基以鉴定编码蛋白间的相互作用。表型鉴定结果显示,只有共转化有p GADT7-CP/p GBKT7-CP的酵母重组子能够在SD/-Ade/-His/-Leu/-Trp/X-α-gal上生长并显蓝,而其它重组子均不能在其上生长,表明病毒的CP能够自身互作,而其他编码蛋白间无相互作用。为了进一步研究病毒CP自身互作的作用位点,分别从CP的N端和C端截短若干个氨基酸序列,结果发现CP的自身互作是高度敏感的,任何较少氨基酸序列的缺失都将导致其自身互作的丧失。本研究为深入探讨病毒的组装机制和致病机理奠定了理论基础。
陈沈雪魏永伟苗亮陈炯
关键词：编码蛋白相互作用酵母双杂交
大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)Gal-8L基因序列及其细菌凝集活性的鉴定被引量：5
2018年
半乳糖凝集素-8基因(galectin-8,Gal-8)属于凝集素家族一员。已知Gal-8在哺乳动物的先天免疫中发挥重要作用,然而在鱼类中却鲜有报道。本研究通过转录组测序获得大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)半乳糖凝集素-8样基因(galectin-8 like,Bp Gal-8L)c DNA序列。首先确定其序列特征,其次采用实时定量PCR(real-time quantitative PCR,q PCR)的方法鉴定Bp Gal-8L组织表达分布及其与迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)感染相关性;最后分别通过原核表达获得N端和C端CRD区重组蛋白Bp Gal-8L-N和Bp Gal-8L-C,并采用玻片法观察这两个CRD区的细菌凝集活性和糖类结合特性。多重序列比对显示,Bp Gal-8L蛋白含有两个糖识别结构域(carbohydrate recognition domain,CRD),但只有C端的CRD区存在Gal家族典型的β-半乳糖苷糖类结合基序。系统进化树表明Bp Gal-8L属于鱼类Gal-8的一种亚型。q PCR结果显示,Bp Gal-8L基因m RNA在各组织中普遍表达,并且在迟缓爱德华氏菌感染后大弹涂鱼肝和脾中表达量呈上调趋势。细菌凝集实验结果显示,只有Bp Gal-8L-C重组蛋白对检测的5种革兰氏阴性菌及2种革兰氏阳性菌有凝集作用,并与乳糖和脂多糖特异性结合。综上所述,Bp Gal-8L与大弹涂鱼抗菌免疫密切相关,且其N端和C端CRD区发挥不同作用。
梁亚芳史雨红苗亮陈炯
关键词：大弹涂鱼
大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)单核巨噬细胞低氧胁迫比较转录组学分析被引量：5
2020年
低氧是鱼类在水生环境中的关键压力之一。而大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris,mudskipper)可能是少数能在低氧中自然呼吸的脊椎动物。本研究中,我们分析了低氧胁迫8h后大弹涂鱼头肾源单核巨噬细胞(monocytes/macrophages,MO/MΦ)转录组变化。采用Illumina Hiseq 4000平台进行高通量测序,获得了大弹涂鱼MO/MΦ短时低氧胁迫相关的转录组数据,并将获得的原始数据上传至NCBI获得ID号:SRR9771486-SRR9771491(Bioproject PRJNA543702)。分析结果显示,P<0.05和|log2(fold change)|≥1条件下进行差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)筛选,低氧处理组中共获得4487个DEGs,包括2507个上调DEGs,1980个下调DEGs。其中低氧诱导因子(hypoxia-inducible factors,HIF)转录本的表达无显著变化,而血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor-A.VEGF-A)和3-磷酸甘油醛脱氢酶(glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)基因转录本表达上调。基因本体(Gene Ontology,GO)注释以及京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析揭示了糖酵解/糖异生和氧化磷酸化可能在MO/MΦ应对短时低氧胁迫中具有重要作用。随机选择10个DEGs进行实时荧光定量PCR验证,上述基因表达变化趋势与转录组数据一致。本研究揭示了在短时低氧胁迫下大弹涂鱼MO/MΦ基因表达及信号通路调控机制。
朱婷芳管峰苗亮史雨红陈炯
关键词：低氧胁迫基因表达信号通路大弹涂鱼
罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)传染性皮下和造血器官坏死病毒(IHHNV)的流行病学调查被引量：10
2015年
传染性皮下和造血器官坏死病毒(infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus,IHHNV)是对虾养殖的重要病原之一,可感染多种虾种。罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)是中国养殖的重要沼虾品种之一。根据国际兽疫局(Office International des Epizooties,OIE)推荐的IHHNV检测方法,在中国大陆地区首次开展IHHNV在罗氏沼虾中的感染和流行情况调查。结果显示,在研究区的罗氏沼虾养殖区,IHHNV广泛流行,阳性率高达90%;但所有成年罗氏沼虾均未表现出明显的病症,仅表现为病毒的携带。通过基因序列分析显示,检测到的华南地区毒株属于Ⅰ型感染株,与菲律宾株进化关系较为接近;华东地区毒株属于Ⅱ型感染株,与东南亚株进化关系较近。本研究为IHHNV在罗氏沼虾内的感染、流行和防控提供了详细参考。
范东东魏永伟苗亮陈炯
关键词：罗氏沼虾
传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)在双壳贝类中的感染情况研究被引量：1
2018年
采用国际兽医局推荐的传染性皮下及造血组织坏死病毒(infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus,IHHNV)检测方法,首次开展IHHNV在双壳贝类(中国蛤蜊、泥蚶、花蛤、缢蛏、文蛤和白蛤)和螺类软体动物(螺蛳、中华圆田螺)中的感染情况。此外,本研究以泥蚶为研究对象,建立了IHHNV在双壳贝类中的实验室感染模型,研究了人工感染泥蚶后IHHNV在其体内的增殖和致病情况。结果显示:在采集的不同种类贝类样品中均检测到IHHNV,其中在泥蚶中的阳性率最高(50%),在文蛤中的阳性率最低(15%),表明IHHNV在双壳贝类中的分布较为广泛,是IHHNV的重要携带物种。在采集的螺类软体动物中均未检测到IHHNV。系统发育分析表明,来自不同贝类中的IHHNV构成了进化树中不同的分支,其中中国蛤蜊、花蛤、白蛤源的IHHNV属于Ⅱ型感染株,而泥蚶、缢蛏、文蛤源的IHHNV单独成簇,形成了一个全新的分支。实验室感染结果显示,IHHNV对泥蚶没有明显的致病性,但可在其体内增殖,在感染后第5天其体内的病毒载量达到最大(1.8×104copies/g),随着感染时间的增加,其体内病毒含量呈现递减趋势,但在感染后第30天体内仍可检测到病毒的存在。本研究结果对对虾养殖尤其是虾贝混养模式中预防和控制IHHNV的传播具有重要意义。
逄雪梅魏永伟范东东李长红苗亮陈炯
关键词：双壳贝类系统发育分析增殖
香鱼精氨酸酶Ⅱ基因的cDNA克隆及其表达与鳗弧菌感染的相关性被引量：3
2016年
精氨酸酶II(arginase II,Arg-II)是精氨酸酶的一种,不仅可以参与机体尿素循环,还与机体病理过程密切相关。通过香鱼(Plecoglossus altivelis)单核/巨噬细胞转录组测序获得香鱼Arg-II基因全长c DNA序列,结果表明,Arg-II基因由4 707个核苷酸组成,包含一个大的开放阅读框,编码348个氨基酸,预测分子量为38.09 k D,等电点为6.15。氨基酸序列多重比对结果显示,香鱼Arg-Ⅱ具有典型的Arg-Ⅱ结构特征,与虹鳟(Oncorhynchus mykiss)Arg-Ⅱ同源性最高,为85.3%;系统进化树分析表明,鱼类Arg-Ⅱ形成一个大簇,香鱼Arg-Ⅱ与虹鳟Arg-Ⅱ进行相关性最高。实时荧光定量PCR(quantitive real-time PCR,q RTPCR)结果显示,香鱼Arg-Ⅱ基因m RNA主要在健康香鱼肝、脑、头肾和单核/巨噬细胞中表达;鳗弧菌(Vibrio anguillarum)感染后,香鱼肝、脑、头肾和单核/巨噬细胞Arg-Ⅱ基因m RNA的表达量显著上调。综上,香鱼Arg-Ⅱ基因的表达与鳗弧菌感染紧密相关,揭示其可能在鱼类抗感染免疫应答中发挥重要作用。
丁斐斐李长红陈炯张琪
关键词：香鱼鳗弧菌
香鱼(Plecoglossus altivelis)肿瘤坏死因子-α(TNF-α)基因的分子克隆、鉴定及免疫相关性表达被引量：6
2015年
肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-alpha,TNF-α)是TNF超家族成员之一,在动物机体抵抗细菌和病毒入侵时发挥重要作用。本研究基于香鱼(Plecoglossus altivelis)单核/巨噬细胞转录组数据库,获得了香鱼TNF-α基因(Pa TNF-α)全长c DNA序列。Pa TNF-α由1932个核苷酸组成,包含一个大的开放阅读框,编码235个氨基酸,预测分子量为26.4 k Da。氨基酸序列多重比对分析表明,Pa TNF-α具有TNF超家族的特征序列、1个TACE酶切位点和1个保守的二硫键,与虹鳟(Oncorhynchus mykiss)TNF-α同源性最高,为53.4%;系统进化树分析表明,鱼类TNF-α形成一个大簇,Pa TNF-α与虹鳟TNF-α进化相关性最高。实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,q RT-PCR)结果显示,Pa TNF-αm RNA在头肾中表达量最高;鳗弧菌(Vibrio anguillarum)感染后香鱼肝、脾、头肾和外周血细胞中Pa TNF-αm RNA表达量显著上调;香鱼单核/巨噬细胞经鳗弧菌、LPS和poly(I:C)处理后,Pa TNF-αm RNA表达量显著上调。原核表达了Pa TNF-α成熟肽,并制备了抗血清。Western blot分析表明,鳗弧菌感染后香鱼血清和单核/巨噬细胞上清中的Pa TNF-α表达量含量也显著增加。综上,香鱼TNF-αm RNA及蛋白的表达与病原体感染密切相关,为深入研究鱼类TNF-α的生物学功能及其在病原体感染中的作用机制提供理论基础。
杨智景李长红张浩苗亮陈炯
关键词：TNF-Α香鱼鳗弧菌
香鱼(Plecoglossus altivelis)CC型趋化因子受体3(CCR3)基因的分子鉴定及其对鳗弧菌感染响应的研究
2021年
CC趋化因子受体3(CCR3)是CC型趋化因子的受体,属于G蛋白耦联受体(GPCRs)家族成员,与过敏等多种炎性疾病密切相关。为探讨香鱼CCR3(PaCCR3)在响应鳗弧菌感染时的表达变化,从转录组测序数据中获得了PaCCR3基因全长cDNA序列。序列分析表明,PaCCR3具有7次跨膜结构,与胡瓜鱼CCR3氨基酸序列同源性最高(84.6%)。系统进化树分析表明,哺乳类、两栖类和鱼类CCR3单独成簇,鱼类CCR3形成一个大簇;PaCCR3与胡瓜鱼CCR3进化相关性最高。实时荧光定量PCR结果显示,PaCCR3基因mRNA在单核/巨噬细胞(MO/MФ)中表达量最高;鳗弧菌感染后肝、脾和头肾中PaCCR3基因mRNA表达量显著上调;且香鱼MO/MФ经鳗弧菌体外刺激后,PaCCR3基因mRNA的表达量显著上调。Western blot分析表明经鳗弧菌体外刺激后,香鱼MO/MФ中PaCCR3蛋白的表达量也显著增加。综上,PaCCR3基因mRNA及其编码蛋白响应于病原体感染而被诱导表达。研究结果首次揭示了香鱼CCR3基因mRNA及蛋白的表达响应于鳗弧菌侵染,它可能通过介导MO/MФ的功能活性参与免疫应答,可为深入探究鱼类CCR3的功能及作用机制提供新的切入点。
张玲玲余莉李长红李长红陈炯
关键词：CCR3鳗弧菌
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