内蒙古大学物理科学与技术学院理论生物物理研究室
- 作品数：6 被引量：1H指数：1
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- 相关领域：生物学水利工程建筑科学更多>>
- 基于氨基酸组分和支持向量机的动物毒素的预测
- 2009年
- 动物毒素是一种具有非常广泛用途的生物毒素,有必要提出一种能够快速、准确预测动物毒素的理论算法.基于动物毒素蛋白质序列的二肽组分信息,提出了一种离散增量结合支持向量机的ID-SVM的算法,并使用此算法对不同序列相似性的动物毒素进行了预测,取得了较好的结果.为了说明ID-SVM算法在预测生物毒素方面的优越性,在这里将ID-SVM算法应用到Saha和R aghava构建的细菌毒素和非毒素的数据库上,预测结果显示ID-SVM算法的预测结果高于Saha和R aghava所用算法的结果.
- 杨磊李前忠左永春李涛
- 关键词：动物毒素支持向量机
- Sequence matching bias of the exon joints and EJC binding regions with their introns in C.elegans
- Background: Recent years, the influence of introns on gene expression has been attached more and more importan...
- 张强李宏应智强郑燕马平
- 关键词：INTRONSSEGMENTSBINDING
- Theoretical Prediction of Nucleosome Binding Motif Set
- Background: Analyzed the special inherent law of 8-mer usage in human intergenic sequences, available nucleoso...
- 杨小希李宏贾芸周德良刘国君
- 关键词：NUCLEOSOMEBINDINGMOTIFSETNUCLEOSOMECHARACTERISTICNUCLEOSOMEOCCUPANCY
- 基于位置关联性打分方程的人类转录因子结合位点的预测(英文)
- 2009年
- 转录因子结合位点的识别是阐明基因转录调控机制的重要环节,准确的转录因子结合位点的预测算法将有助于人们识别转录因子的目标基因,进而研究转录因子结合位点在上游调控区中的位置对转录调控的影响.然而,目前存在的预测转录因子结合位点的算法所得结果的特异性普遍较低,因此有必要提出一种新的有效的预测转录因子结合位点的算法.本文利用JASPAR数据库上的数据,在深入分析转录因子结合位点生物学特征的基础上,构建了考虑位点保守性和伪计数的位置关联性打分方程.预测结果表明,在最佳阈值之下,该算法对转录因子结合位点的假阳率低于0.01%.
- 杨磊李前忠左永春
- 关键词：转录因子结合位点最佳阈值
- 基于支持向量机方法预测神经毒素
- 2009年
- 神经毒素是一种应用非常广泛的毒素,因此有必要提出一种能够快速、准确预测神经毒素的算法.这里基于神经毒素蛋白质序列的n肽组分和序列的亲疏水性分布信息,提出了一种离散增量结合支持向量机的ID-SVM的算法,对神经毒素和细胞毒素进行了预测.为了将ID-SVM的预测算法和其它的预测算法进行比较,将ID-SVM算法应用到Saha和R aghava构建的神经毒素和非神经毒素的数据库上.预测结果显示,ID-SVM算法的预测结果高于Saha和R aghava所用的算法的预测结果.
- 杨磊李前忠左永春李涛
- 关键词：神经毒素细胞毒素离散量支持向量机
- 基于位置关联性打分方程的果蝇转录因子结合位点的预测被引量：1
- 2008年
- 转录因子结合位点的识别是阐明基因转录调控机制的重要环节,准确的转录因子结合位点的预测算法将有助于人们识别转录因子的目标基因,进而研究转录因子结合位点在上游调控区中的位置对转录调控的影响.然而,目前存在的预测转录因子结合位点的算法所得结果的特异性普遍较低,因此有必要提出一种新的有效的预测转录因子结合位点的算法.本文利用JA SPAR数据库上的数据,在深入分析转录因子结合位点生物学特征的基础上,构建了考虑位点保守性和伪计数的位置关联性打分方程,并对果蝇转录因子结合位点进行预测,预测结果的假阳率均低于0.02%.
- 杨磊李前忠左永春
- 关键词：果蝇转录因子结合位点最佳阈值
