靳利霞
- 作品数：8 被引量：128H指数：7
- 供职机构：大连理工大学数学科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学理学自动化与计算机技术更多>>
- 蛋白质结构预测的优化模型与方法被引量：21
- 2002年
- 从头预测方法是一种主要的蛋白质空间结构预测方法 ,其核心内容是恰当地建立并求解一个复杂的全局优化问题。 4 0年来 ,虽然也取得了许多研究成果 ,但该问题的研究始终没有克服两个方面的困难 ,即如何找到一个表征蛋白质结构与能量关系的势能函数和一种有效的全局优化方法。主要介绍了蛋白质结构预测的优化模型和方法。
- 唐焕文靳利霞计明军
- 关键词：蛋白质结构势能函数全局优化
- 一类连续函数模拟退火算法及其收敛性分析被引量：20
- 2005年
- 高维连续函数的全局优化问题普遍存在于计算生物学、计算化学等领域.针对这类问题和现有连续函数模拟退火算法的某些不足,本文给出了一类改进的模拟退火算法.采用一种简单的方法证明了算法的全局收敛性.数值结果表明,对于高维连续函数,该算法能够快速有效地收敛到全局最优点,比较了两种新解产生方法的试验结果.
- 靳利霞唐焕文李斌计明军朱训芝
- 关键词：连续函数全局收敛性模拟退火算法计算化学全局优化问题收敛性分析
- 氨基酸序列的特征描述被引量：8
- 2003年
- 氨基酸序列的特征描述是指从一条氨基酸序列选取相关的特征信息并用数学方法描述这些信息,使之能正确反映序列与结构或功能之间的关系。在根据氨基酸序列预测蛋白质的结构类或亚细胞位置等问题中,氨基酸序列的特征描述直接影响预测质量;同时比较不同描述方法对预测结果的影响可以帮助我们理解序列与结构或序列与功能之间的关系。本文介绍了几种氨基酸序列的特征描述方法,以FDOD方程作为判别函数,比较了其中几种描述方法对蛋白质结构类预测结果的影响,发现二级结构单纯的全α类和全β类蛋白质对于氨基酸组成比较敏感,而对于混合型蛋白质,即α+β类和α/β类蛋白质,考虑氨基酸残基排列顺序可以显著提高预测结果。
- 靳利霞唐焕文
- 关键词：氨基酸序列氨基酸组成亚细胞定位
- 生物信息学的产生、发展及应用前景被引量：13
- 2001年
- 简要介绍了生物信息学的产生背景及其发展 ,目前生物信息学的主要研究内容以及它的应用前景 .
- 唐焕文靳利霞
- 关键词：生物信息学人类基因组计划
- 模拟退火算法的一种改进及其在蛋白质结构预测中的应用被引量：26
- 2002年
- 根据蛋白质的氨基酸序列预测其空间结构可以归结为一个多维多极值的全局优化问题 ,缺少一种有效的全局优化方法是阻碍这一难题解决的一个关键 .文章以联合残基优化模型为基础 ,将蛋白质结构预测作为一个连续变量的全局优化问题来处理 .针对蛋白质结构预测模型的特点 ,对模拟退火算法进行了改进 ,并将其应用于脑啡肽和牛胰岛素 B(D)链的实例计算 。
- 靳利霞唐焕文
- 关键词：模拟退火算法蛋白质结构预测连续函数全局优化氨基酸序列分子生物学
- 蛋白质结构预测方法简述被引量：39
- 2001年
- 蛋白质结构预测是后基因组时代基因组研究的主要任务之一 ,在生物信息学迅速发展的今天 ,它不仅需要有分子生物学的专业知识 ,同时需要数学、物理学、计算机科学等学科的共同参与 .本文简要介绍目前蛋白质结构预测的三类主要方法以及国际著名的蛋白质结构预测技术评比CASP .
- 靳利霞唐焕文
- 关键词：蛋白质同源模建CASP后基因组学
- 蛋白质结构预测方法研究
- 蛋白质结构和功能预测是后基因组时代的重要研究内容,它不仅需要生物学者为之奋斗,同时为数学、计算机科学、信息科学、物理学、系统科学和管理科学等学科提出了挑战.围绕这一主题,该文进行了一些研究和讨论.主要研究成果如下:1.利...
- 靳利霞
- 关键词：蛋白质结构预测模拟退火蛋白质亚细胞定位预测
- 蛋白质空间结构预测的一种优化模型及算法被引量：16
- 2000年
- 用理论方法预测蛋白质结构有两个难点，第一是要有一个合理的势函数，第二是要有一个有效的寻优方法找到势函数的全局极小点．本文采用联合残基力场建立了蛋白质空间结构预测模型，然后用我们给出的一种改进模拟退火算法搜索势函数的全局极小点，对脑啡肽的空间结构进行了预测和分析．
- 靳利霞唐焕文
- 关键词：蛋白质空间结构势函数改进模拟退火算法脑啡肽分子生物学
