为分析栉孔扇贝消化盲囊内细菌群落组成及其季节变化,于2009年6月—2010年6月(2月份除外)定期从青岛沙子口流清河湾扇贝养殖海区采集养殖的2龄栉孔扇贝,采用SDS方法提取消化盲囊的总DNA,并通过引物358f和907r采用PCR扩增细菌16S rDNA的V3～V5区序列,利用变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)分离所得扩增序列。DGGE图谱显示,12个月份的样品共有不同位置的谱带11条,其中9条谱带作为共有谱带在所有月份的栉孔扇贝消化盲囊中均有分布,占总谱带数的81.82%,表明整个养殖季节栉孔扇贝消化盲囊内的细菌群落组成相对稳定。对11条DGGE条带进行切胶回收、PCR扩增、纯化、克隆后测序,其中9条谱带克隆测序成功。经BLAST比对搜索,结果显示9条序列与NCBI数据库中的序列相似性达97%～99%,所代表的细菌分别属于4大类群,变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)和放线菌门(Actinobacteria);NCBI数据库中与其相近的细菌主要为马赛菌属(Massilia)、芽孢杆菌属(Bacillus)、微小杆菌属(Exiguobacterium)、聚球藻属(Synechococcus)、红球菌属(Rhodococcus)和未培养菌。
