季林华 作品数:17 被引量:35 H指数:4 供职机构: 上海交通大学医学院附属仁济医院 更多>> 发文基金: 上海市高校选拔培养优秀青年教师科研专项基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 生物学 更多>>
结直肠癌组织T细胞受体组库多样性与患者临床特征和具核梭形杆菌丰度的关联分析 2022年 目的·探究结直肠癌(colorectal cancer,CRC)组织T细胞受体(T cell receptor,TCR)组库多样性与患者临床特征以及具核梭形杆菌(Fusobacterium nucleatum,Fn)丰度之间的关系。方法·收集63例上海交通大学医学院附属仁济医院胃肠外科收治的CRC患者的肿瘤组织及匹配的癌周正常黏膜组织,运用Illumina HiSeq 4000测序平台对符合质量标准的53对组织样本进行深度RNA测序,测序方案为双末端测序(pair-end 150 bp,PE150)。对原始测序数据进行质量控制和基因组注释,并利用TRUST4算法从RNA测序结果中提取肿瘤组织及癌周正常黏膜组织的TCR组库信息。同时对该53对样本16S rDNA的特定序列进行高通量测序分析,通过对测序数据进行质量控制及聚类,获得操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)信息,并基于rdp_16s_v16.fa分类学数据库对OTU进行分类学注释以获取细菌的丰度信息,尤其是Fn的丰度信息。利用immunarch R包分析肿瘤组织及癌周正常黏膜组织TCR组库克隆型和多样性的特点。TCR组库多样性采用Chao1指数、逆Simpson指数以及Hill数值曲线等指标评价。根据患者性别、年龄、肿瘤位置、TNM分期等临床特征和Fn丰度因素进行分组,使用Wilcoxon检验比较不同临床特征以及Fn丰度下TCR组库多样性的差异。结果·CRC患者肿瘤组织TCR克隆型的数目低于癌周正常黏膜组织(P=0.000),肿瘤组织Chao1指数、逆Simpson指数以及Hill数值显著小于癌周正常黏膜组织(P=0.000)。不同性别、年龄(≥65岁vs<65岁)、TNM分期(Ⅰ/Ⅱ期vsⅢ/Ⅳ期)分组下CRC肿瘤组织Chao1指数以及逆Simpson指数差异无统计学意义(均P>0.05)。发生于直肠部肿瘤的TCR克隆型数目较非直肠部位肿瘤更高(P=0.040)。Fn高负荷的CRC患者TCR组库Chao1指数显著低于Fn低负荷患者(P=0.030)。结论·TCR组库多样性与CRC患者多项临床特征以及Fn的丰度有关,提示其在CRC的发生和发展中具有重要意义� 胡慕妮 季林华 张昕雨 沈超琴 洪洁 陈豪燕关键词:结直肠癌 T细胞受体 器官移植术后新发胃肠道恶性肿瘤的发生及诊治 被引量:3 2017年 随着术后常规持续使用免疫抑制剂,器官移植受体患者长期生存率得以不断提高。但器官移植术后新发恶性肿瘤的发病风险也随之增加,成为导致器官移植术后死亡的第二大因素。新发胃肠道肿瘤是肝、肾移植术后常见新发肿瘤.诊断时多属于进展期,预后差。移植术后受者新发肿瘤呈现更高发展趋势.可能与免疫抑制剂直接或间接作用、癌前病变以及移植物和受体患者存活时间等因素有关。术后长期应用免疫抑制剂,可使受体患者的免疫系统处于抑制状态.给肿瘤细胞逃避免疫监控和增殖提供了条件;且一些免疫抑制剂[如钙调磷酸酶抑制剂(CNI)]本身就具致癌性,可考虑使用抗肿瘤结合免疫抑制的药物[如麦考酚酸酯(MMF)、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白抑制剂(mTOR抑制剂)]。新发胃肠道恶性肿瘤临床表现无特异性,建议术后要严格遵守随访时间。避免接触致癌物质,积极治疗癌前病变。仔细体格检查。目前尚没有针对移植术后新发胃肠道恶性肿瘤患者文献及指南推荐标准的治疗方法,对移植受者中新发恶性肿瘤的首要处理,应为调整免疫抑制剂的剂量.保证能有效维持移植物功能的最小剂量即可。对于术后脏器功能稳定且无急、慢性排斥反应的患者,可逐渐减少免疫抑制剂量,避免过强的免疫抑制效果,使新发肿瘤发生率降到最低。移植术后尽早最小化使用CNI已经得到广泛的认可,加用mTOR抑制剂或MMF也成为相对合理的方法。 季林华 赵刚关键词:器官移植 胃癌组织中p53、Ki67表达与患者生存质量及预后的关系 被引量:7 2017年 目的探讨胃癌组织中p53、Ki67表达与胃癌患者生存质量及预后的关系。方法回顾性分析本院2009年5月至2012年5月收治的行胃癌切除术的1135例患者的临床资料,其中1035例患者完成随访,收集患者胃癌组织中p53、Ki67的表达情况,记录患者转移、复发及死亡情况,所有患者均采用SF-36简明健康状况调查量表(MOS 36-item short form health survey,SF-36)进行生存质量评分,分析胃癌组织中p53、Ki67表达与患者生存质量及预后的关系。结果 1035例患者中,p53阳性407例、阴性628例;Ki67阳性306例、阴性729例。p53阳性患者的总体健康、生理功能、活力、情感职能、精神健康、社会功能评分均明显低于p53阴性患者(P<0.05),Ki67阳性患者的总体健康、生理功能、活力、情感职能、精神健康、社会功能评分均明显低于Ki67阴性患者(P<0.05)。Logistic分析结果提示,p53阳性(P=0.03)、Ki67阳性(P=0.02)、TNM分期(P=0.02)是胃癌患者预后不良的独立危险因素。结论胃癌组织中p53、Ki67表达与患者生存质量及预后密切相关。 季林华 张斌 王超杰 赵刚关键词:胃癌 P53 KI67 预后 胰十二指肠切除术后区域性门静脉高压致空肠输入襻出血一例 2010年 患者,女,32岁。于2003年6月因胰岛细胞瘤在外院行胰十二指肠切除术,术中因门静脉损伤,切取脾静脉行门静脉修补术。2008年3月起反复出现黑便,间隔2—4周,每次量约1000ml,在外院多次行上消化道钡餐X线造影和胃镜检查均未发现病变部位。无肝炎及肝硬化病史。查体除贫血征象外未见其他阳性体征。 季林华 赵刚 吴志勇关键词:胰十二指肠切除术后 出血 胰岛细胞瘤 门静脉损伤 病变部位 后腹膜乳糜囊肿误诊为胰腺囊肿一例 2012年 患者男,20岁。3年前体检时发现胰尾囊性占位,大小约30mm×20mm。 张斌 季林华 赵刚 吴志勇关键词:胰腺囊肿 后腹膜 误诊 乳糜 囊性占位 乳腺髓细胞肉瘤一例 被引量:2 2009年 病例:女,41岁,发现右乳肿块1周,体检发现右乳内上象限-3cm×4cm大小的肿块,质韧,表面尚光滑,活动度佳,表面皮肤无凹陷等异常。血常规检查示:WBC6.0×10^9/L.N59.1%,L17.2%,RBC 4.27×10^2/L,HB129g/L,PLT 287×10^9/L。B超检查示:右乳内上象限低回声团块32mm×40mm,边界尚清,形态不规则,内部血流丰富,内可见钙化灶,肿块内仍可见正常乳腺组织,腋下淋巴结(一)(见图1、2)。术中见肿块位于乳腺实质内,无明显包膜, 季林华 赵刚 吴志勇关键词:髓细胞肉瘤 乳腺肿瘤 综合疗法 胰十二指肠切除术后区域性门高压致空肠输入袢出血一例 本文对一例胰十二指肠切除术后区域性门高压致空肠输入伴出血的病人治疗情况进行论述,本例患者与通常意义上的RPH患者不同,但引起RPH的起始原因和其他RPH相同,都是脾静脉回流障碍,因此根据治疗原则,行脾切除,术后随访半年未... 季林华 赵刚 吴志勇关键词:胰十二指肠切除术 临床疗效 肝内胆管癌分型分期与治疗 被引量:7 2010年 目的探讨肝内胆管癌(ICC)的分型、分期与治疗结果。方法回顾性分析2000年1月至2008年12月上海交通大学医学院附属仁济医院收治的60例ICC患者的临床资料。依据日本肝癌研究会(LCSGJ)对患者进行分型、分期。比较肿瘤分型、分期、手术方式与治疗效果的关系,并分析LCSGJ与国际抗癌协会(UICC)分期的关系。采用Log—rank法和x^2检验对结果进行分析。结果60例ICC患者中52例获得有效随访。其1、3、5年的生存率分别为44%(23/52)、19%(10/52)和10%(5/52)。30例行根治性切除,10例行肝移植,11例行姑息性手术,9例行剖腹探查+活组织检查,不同手术方式的中位生存时间分别为13、3、3和1个月。肿块型、胆管周围浸润型、胆管内型和混合型根治性手术切除率分别为23/31、9/15、5/6和3/8。肿瘤分型、分化程度与预后密切相关(x^2=8.308,10.009,P〈0.05),且肿瘤分型与淋巴结转移密切相关(x^2=13.261,5.702,P〈0.05)。不同病理类型的中位生存时间虽差异无统计学意义,但黏液腺癌患者的预后相对较好,中位生存时间为20个月。LCSGJ分期中Ⅳ期患者的中位生存时间为3.0个月,长于UICC分期中Ⅳ期患者的1.2个月(x^2=3.877,P〈0.05)。LCSGJ的分型和分期密切相关(x^2=8.288,P〈0.05)。结论ICC预后不良。LCSG3的分型、分期方法简明实用,有助于指导治疗和判断预后。对黏液性ICC应采取积极的手术治疗,而肝移植原则上不用于治疗ICC。 季林华 赵刚 吴志勇关键词:外科治疗 预后 胆管癌的当前认识与诊治进展 被引量:6 2009年 胆管癌是一种来源于肝内或肝外胆管上皮的肿瘤,其恶性程度很高。1840年Durand—Fardel首次提出胆管癌,1965年Klatskin将肝门部胆管癌作为独立的部分,故称为Klatskin肿瘤。胆管癌占所有人类恶性肿瘤的2%以下,占消化道肿瘤的3%,近30年发病率有升高,但尚无明确的病因学解释。胆管癌预后很差,唯一治愈性治疗为手术切除或肝移植,而靶向治疗目前仍处于研究中。现对胆管癌的分类、流行病学、病因、病理、诊治等方面作一综述。 季林华 吴志勇关键词:胆管肿瘤 病理学 基于单细胞RNA测序的结直肠癌预后预测模型的建立和验证 被引量:2 2021年 目的·基于单细胞RNA测序(single cell RNA sequence,scRNA-seq)技术构建结直肠癌预后预测模型。方法·利用GEO(Gene Expression Omnibus)数据库获取结直肠癌样本的scRNA-seq数据集,筛选与结直肠癌转移相关的差异基因作为预测模型的候选基因,运用套索回归算法(LASSO)、Logistic回归和Kaplan-Meier生存分析进一步在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中筛选及验证与结直肠癌预后相关的基因集,并建立结直肠癌预后预测模型。通过决策曲线分析和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估预测模型在临床应用中的价值。结果·利用GEO数据库获取的scRNA-seq数据筛选出30个差异表达基因,进一步在TCGA数据库中利用LASSO回归得到9个关键基因,并以此对每例患者的关键基因表达进行评分。分别在训练集和验证集中对复发和未复发患者的评分进行比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。采用Logistic回归分析将肿瘤原发灶分级(T stage)和是否发生远处转移(M stage)2个独立的临床变量纳入评分-临床变量整合模型。对评分-临床变量整合模型的实际预测价值进行评估,ROC曲线在训练集和验证集的曲线下面积分别为0.775和0.705。结论·基于scRNA-seq结果,构建了较为稳定的结直肠癌预后预测模型,可供临床评估患者预后参考。 马燕如 季林华 童天颖 严宇青 沈超琴 张昕雨 曹颖颖 洪洁 陈豪燕关键词:结直肠癌 预后 生物信息学