陈豪燕
- 作品数：22 被引量：12H指数：2
- 供职机构：上海交通大学医学院附属仁济医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学生物学轻工技术与工程更多>>
- Fibulin-2在结直肠癌中的表达及其对肿瘤侵袭转移的影响
- 2021年
- 背景:结直肠癌(CRC)是我国乃至全球的高发恶性肿瘤之一,肿瘤转移为患者的主要死亡原因,但目前尚缺乏足够的能有效预测转移发生的分子标志物。目的:分析fibulin-2(FBLN2)在CRC中的表达,探讨其对肿瘤侵袭、转移能力的影响和可能的作用机制。方法:从SRA数据库提取PRJNA218851数据集的生物信息学资料,筛选与CRC转移相关的基因并进行富集分析。利用TCGA数据和临床CRC组织样本分析FBLN2在CRC组织和正常组织中的表达及其与患者临床病理特征和预后的关系。采用real-time PCR检测FBLN2在正常结直肠黏膜细胞株、CRC细胞株和临床CRC组织样本中的表达。在CRC细胞中敲低或过表达FBLN2,采用CCK-8实验、克隆形成实验、Transwell细胞侵袭和迁移实验、细胞划痕实验观察FBLN2对CRC细胞增殖、侵袭、迁移能力的影响。以基因集富集分析筛选FBLN2可能的下游信号通路并进行验证。结果:FBLN2在8株CRC细胞株和CRC组织中均呈低表达,但在转移性CRC中的表达明显高于非转移性CRC。与FBLN2低表达者相比,FBLN2高表达的CRC患者临床分期更高、易发生转移且预后更差。敲低FBLN2表达可显著降低CRC细胞的侵袭、迁移能力,但不影响其增殖能力。上皮-间质转化(EMT)通路可能是FBLN2的下游信号通路,FBLN2表达与该通路关键分子CDH2、Snai1、波形蛋白表达呈显著正相关。结论:FBLN2在CRC中低表达但在肿瘤发生转移时表达增高,可能成为CRC转移早期筛查的分子标志物。其可能通过激活EMT通路促进CRC侵袭、转移,并与预后不良相关。
- 赵志煌洪洁陈豪燕钟鸣
- 关键词：结直肠肿瘤肿瘤侵润细胞迁移肿瘤转移
- 一种免疫检查点抑制剂疗效相关肠型的分型方法及其在菌群移植治疗中的应用
- 本发明公开了一种免疫检查点抑制剂疗效相关肠型的分型方法及其在菌群移植治疗中的应用，该肠型分型方法包括以下步骤：S1、将待分型的粪便样本收集后，提取样本中总微生物基因组DNA；S2、将提取的DNA进行超声打断处理，得片段化...
- 陈豪燕洪洁朱小强房静远黄孝雯胡慕妮
- 具核梭杆菌及其介导的肠道免疫紊乱在大肠癌发生发展中的作用
- 严婷婷沈超琴陈豪燕洪洁房静远
- TEAD4通过调控Hippo通路活性促进结肠癌发生及化疗药物抵抗
- 余晨阳陈豪燕房静远
- 基于非负矩阵分解模型构建胃癌分子分型及预后评估的案例分析被引量：1
- 2017年
- 目的·探究基于非负矩阵分解(NMF)模型构建胃癌分子分型对预后评估的作用。方法·从GEO下载胃癌样本转录组芯片数据集分别作为探索集和验证集,挖掘lnc RNA数据集,利用Consensus Cluster Plus软件包构建NMF分子分型模型。评估各亚组与患者预后及各项临床指标的相关性。结果·基于NMF模型将所有样本分为高危、中危和低危3个亚组。结合临床病理信息,发现复发时间、淋巴结转移阳性率、Lauren分型、TNM分期、发病年龄在3个亚组间的分布差异具有统计学意义。在GSE62254和GSE15459中生存分析提示高危组复发时间更短,多因素Cox风险比例回归分析提示基于NMF模型的分子分型是胃癌预后的独立预测因子。基因集差异分析(GSVA)和基因集富集分析(GSEA)发现高危组富集多个与肿瘤发生相关的通路。结论·基于NMF模型构建的胃癌分子分型对胃癌患者预后评估具有一定的指导意义。
- 曹颖颖朱小强陈豪燕
- 关键词：胃癌分子分型预后生物信息学
- LINC02363在结直肠癌组织中的表达及其临床意义
- 2020年
- 背景:LncRNA与结直肠癌的发生、发展密切相关,其在肿瘤中表达和调控异常具有较高的特异性。目的:利用Cancer LncRNome数据库筛选结直肠癌中差异表达的lncRNA,并探讨LINC02363在结直肠癌中的表达及其临床意义。方法:提取Cancer LncRNome数据库和TCGA数据库中结直肠癌患者芯片数据,筛选结直肠癌差异表达的lncRNA。以实时荧光定量PCR法检测结直肠癌细胞株和上海交通大学医学院附属仁济医院53例结直肠癌组织中LINC02363表达。分析基于TCGA数据库的LINC02363表达与结直肠癌患者生存期和临床病理特征的相关性。结果:共筛选出与结直肠癌预后相关的2条表达上调的lncRNA和12条表达下调的lncRNA。与正常肠上皮细胞相比,LINC02363在结直肠癌细胞中表达下调。LINC02363在结直肠癌组织中表达显著降低。LINC02363低表达组生存期显著短于LINC02363高表达组,LINC02363低表达与结直肠癌远处转移呈正相关。结论:LINC02363在结直肠癌组织中表达下调,低表达LINC02363的结直肠癌患者预后差、转移可能性大。提示LINC02363有可能作为评估结直肠癌发生、发展以及远处转移的新型肿瘤标志物。
- 严宇青陈豪燕洪洁王震华
- 关键词：长链非编码RNA结直肠肿瘤预后远处转移
- 泛素连接酶TRIM46激活JAK/STAT3信号通路恶化大肠癌患者预后
- 马丹梁倩沈超琴陈豪燕房静远洪洁
- 一种免疫相关不良反应事件发生的预测模型的构建方法及标志物和试剂盒
- 一种免疫相关不良反应事件发生的预测模型的构建方法，使用外部数据构建基于肠道菌群丰度预测不良反应发生的模型，并提出免疫相关不良反应发生的评分RF score，使用约登指数计算RF score的截断值，如果患者评分RF sc...
- 陈豪燕洪洁胡慕妮房静远黄孝雯朱小强
- 基于单细胞RNA测序的结直肠癌预后预测模型的建立和验证被引量：2
- 2021年
- 目的·基于单细胞RNA测序(single cell RNA sequence,scRNA-seq)技术构建结直肠癌预后预测模型。方法·利用GEO(Gene Expression Omnibus)数据库获取结直肠癌样本的scRNA-seq数据集,筛选与结直肠癌转移相关的差异基因作为预测模型的候选基因,运用套索回归算法(LASSO)、Logistic回归和Kaplan-Meier生存分析进一步在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中筛选及验证与结直肠癌预后相关的基因集,并建立结直肠癌预后预测模型。通过决策曲线分析和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估预测模型在临床应用中的价值。结果·利用GEO数据库获取的scRNA-seq数据筛选出30个差异表达基因,进一步在TCGA数据库中利用LASSO回归得到9个关键基因,并以此对每例患者的关键基因表达进行评分。分别在训练集和验证集中对复发和未复发患者的评分进行比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。采用Logistic回归分析将肿瘤原发灶分级(T stage)和是否发生远处转移(M stage)2个独立的临床变量纳入评分-临床变量整合模型。对评分-临床变量整合模型的实际预测价值进行评估,ROC曲线在训练集和验证集的曲线下面积分别为0.775和0.705。结论·基于scRNA-seq结果,构建了较为稳定的结直肠癌预后预测模型,可供临床评估患者预后参考。
- 马燕如季林华童天颖严宇青沈超琴张昕雨曹颖颖洪洁陈豪燕
- 关键词：结直肠癌预后生物信息学
- 用于预测药物免疫治疗疗效的肠道菌群标志物模型及其构建方法
- 本发明提供了一种用于预测免疫检查点抑制剂抗PD‑1和/或PD‑L1抗体免疫治疗疗效的肠道菌群标志物组合，所述肠道菌群标志物选自16种细菌靶点。本发明还提供了一种用于预测免疫检查点抑制剂抗PD‑1和/或PD‑L1抗体药物免...
- 陈豪燕洪洁胡慕妮房静远肖秀英林晓琳黄孝雯朱小强
