鲁丽敏 作品数:11 被引量:29 H指数:4 供职机构: 中国科学院植物研究所系统与进化植物学国家重点实验室 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 中国科学院战略性先导科技专项 中国科学院国际合作局对外合作重点项目 更多>> 相关领域: 生物学 农业科学 环境科学与工程 自动化与计算机技术 更多>>
基于形态和分子证据对斑果藤族和节蒴木科的系统学研究 被引量:2 2015年 斑果藤族(Stixeae)和节蒴木属(Borthwickia)传统上被置于山柑科(Capparaceae),最近的分子和形态学证据均支持它们从山柑科中分离出来,节蒴木属已被提升为科,但斑果藤族的系统位置和分类地位尚不清楚。为解决斑果藤族的系统位置和分类地位,并进一步为节蒴木科的成立提供证据,对核心十字花目GRFT(Gyrostemonaceae-ResedaceaeForchhammeria-Tirania)分支,使用叶表皮等20个形态性状和5个DNA片段(mat K、rbc L、ndh F、trn L-F和ITS),用最大简约法(MP)和贝叶斯分析(BI)对形态及分子矩阵进行系统发育分析。结果高度支持斑果藤族的Neothorelia为GRFT分支成员;Neothorelia、Tirania和斑果藤属(Stixis)聚为一支,但Forchhammeria的位置尚不明确;形态及分子系统发育分析结果均支持节蒴木科成立。 赵慧玲 鲁丽敏 苏俊霞 陈之端关键词:分子数据 叶表皮特征 系统发育 基于植物大数据的自然保护地识别和资源利用规划 被引量:4 2022年 植物多样性保护和资源利用与生态文明建设、乡村振兴等国家战略和决策密切相关,迫切需要识别自然保护地、制定资源利用规划。本文对中国被子植物的物种丰富度、特有物种丰富度、濒危物种丰富度、系统发生多样性和保护指数的空间格局进行了分析,按照保护指数从高到低的顺序选取累计面积达到陆域国土面积18%的县级行政区作为保护优先区。同时,对13类资源植物丰富度及资源指数的空间格局进行了分析,按照资源指数从高到低的顺序选取累计面积达到陆域国土面积18%的县级行政区作为资源植物片区,并将累计面积达到陆域国土面积5%的县级行政区作为资源植物片区的核心区。结果表明:保护指数与物种丰富度的空间格局较为一致,主要集中在北纬21°~35°的西南、华南和东南的大部分区域(包括西藏南部,云南北部和南部,云南、贵州和广西毗邻处,四川周边山区,重庆和湖北毗邻处,广西、湖南和贵州毗邻处等)。基于保护指数筛选到34个保护优先区,这些保护优先区的被子植物、特有植物、濒危植物和国家重点保护野生植物分别占中国相应类型被子植物总种数的80.5%、80.3%、70.6%和71.8%。基于资源指数筛选到20个资源植物片区,这些资源植物片区的被子植物、特有植物、濒危植物、资源植物和国家重点保护野生植物分别占中国相应类型被子植物总种数的82.7%、77.2%、74.9%、87.0%和72.9%,核心区的被子植物、特有植物、濒危植物、资源植物和国家重点保护野生植物分别占中国相应类型被子植物总种数的60.6%、60.6%、58.0%、76.3%和57.8%。研究结果显示:筛选的保护优先区与资源植物片区大致重叠,说明筛选出的保护优先区能最大限度地保护中国的植物多样性和物种资源。 赵莉娜 鲁丽敏 鲁丽敏 叶建飞 叶建飞 刘冰 陈之端 陈之端关键词:自然保护地 资源利用 基于植物大数据遴选中国地理标志资源植物 2022年 为了充分挖掘和利用中国野生植物资源,并将资源植物利用与乡村振兴紧密结合,本文基于植物大数据,兼顾资源植物的经济价值和地域分布,提出利用地标系数遴选各地级行政区的“地理标志资源植物”(简称“地标植物”)。在全国375个地级行政区(即省级行政区管辖的行政单位,包含地级市、盟、自治州、地区、省直辖县级行政区)共遴选出1181种地标植物候选物种,每个地级行政区至少1种;并且,从这些候选物种中遴选出661种地标植物,这些地标植物或具有独特的自然生态环境和人文历史,或已具备产业基础及当地栽培历史,或易规模化生产。从省级行政区看,广东遴选出的地标植物最多(102种),接下来依次为四川、云南和海南,遴选出的地标植物分别有96、86和83种。从地级行政区看,云南省文山壮族苗族自治州、安徽省芜湖市、江苏省淮安市、西藏自治区林芝市遴选出的地标植物最多(8种)。值得注意的是,有17种植物仅为1个地级行政区的地标植物,建议将这类植物开发成“地理标志植物产品”(简称“地标产品”)。另外,还存在1种植物被遴选为多个地级行政区地标植物的情况。对于地理空间上连续的多个地级行政区的地标植物,建议协同当地有关部门打造地标产品,塑造产业集群优势;而对于地理空间上不连续的多个地级行政区的地标植物,则需要突破地域壁垒,创新营销模式,构建营销网络,注重品牌打造,以形成拳头产品。研究结果显示:基于植物大数据可遴选出各地独特的优良植物资源,后续可将地标植物开发成地标产品,避免区域资源植物产业发展同质化,服务地方经济建设,助力乡村振兴。 赵莉娜 单章建 刘冰 刘冰 鲁丽敏 陈之端东亚-北美被子植物多样性格局对比研究 东亚和北美是探讨生物多样性不均匀分布格局与形成机制的理想区域。两地同处于北半球,纬度、面积、气候和环境相似,但东亚现生维管植物种类至少是北美的1.5倍。本研究选取中国和美国分别作为东亚和北美的代表区域,通过重建中国和美国... 鲁丽敏 胡海花 叶建飞 刘冰 毛岭峰 陈之端关键词:被子植物 生物多样性 广西生物多样性保护优先区筛选 被引量:5 2022年 以广西111个县级行政区为基本单元,对广西维管植物的科属组成进行分析,并基于物种丰富度、濒危物种丰富度、特有物种丰富度和系统发生多样性4个多样性指标对广西维管植物多样性分布格局进行分析。此外,还通过主成分分析将上述多样性指标整合为保护指数,根据保护指数筛选广西生物多样性保护优先区,并对筛选出的保护优先区与现有自然保护区的保护效率进行比较。结果表明:广西维管植物种类丰富,共269科1865属8609种,包含濒危植物173科619属1814种、特有植物108科321属984种。广西维管植物的物种丰富度与系统发生多样性的分布格局基本一致,主要位于广西盆地的边缘和内部山脉,如桂北的九万大山、桂东北的南岭山区、桂西的石灰岩山区、桂西南的大青山和桂中偏东北的大瑶山;濒危物种丰富度和特有物种丰富度的分布格局大体相同,主要位于桂西的石灰岩山区以及桂西南的大青山和十万大山。根据广西各县级行政区的维管植物保护指数筛选出15个保护优先区,其中龙州县和那坡县的保护指数分别为6.64和6.18,明显高于其他县级行政区。筛选出的保护优先区集中分布于桂东北和桂西南,累计面积占广西总面积的18.10%,并且,这些保护优先区与现有自然保护区具有较高的空间对应关系,共包含30个现有自然保护区。但是,与筛选出的保护优先区相比,现有自然保护区存在保护等级低和保护面积小的问题,保护效率较低。综上所述,建议将桂东北和桂西南的邻近自然保护区合并,分别建立桂东北南岭国家公园和桂西南石灰岩国家公园。 刘端 赵莉娜 鲁丽敏 鲁丽敏 陈之端 陈之端 路安民关键词:维管植物 物种丰富度 中国植物地理学研究进展与展望 被引量:5 2022年 中国植物地理学从20世纪20年代初创到当前繁荣经历了100年的发展,近30年来测序技术和生物信息技术的进步,促进了分类、进化和生态等学科交叉融合,中国植物地理学在诸多方面取得了突破性进展,主要包括:①植物类群和区系在中国整体上按纬度、经度和海拔呈现出规律性;物种丰富度、系统发生多样性和特有性热点集中分布在南部山地,少数分布在北方山地和干旱地区。②关于大尺度植物多样性格局及形成机制,多数热带起源科的物种多样性格局受冬季低温的限制,而多数温带起源科的物种多样性格局由末次冰期以来的气候变化主导;中国山地植物和群落具有显著的垂直地带性和空间分布异质性,热量因子是中国高山植物区系地理分异的首要气候因子。③中国大多数现生被子植物属(约66%)是在中新世及其以后分化;500 mm年等降水线是中国植物区系年龄和植被分区最重要的分界线;中国植物区系、区系中的特征或关键类群的起源和多样化与青藏高原抬升和亚洲季风加强密切相关。未来,时间和空间的结合仍是植物地理学研究的主旋律,类群、群落和区系分化时间的估算及物种分布数据的分辨率是研究者关注的焦点,植物大数据的持续积累和完善将为学科发展提供强大动力和广阔前景。 陈之端 张晓霞 胡海花 牛艳婷 叶建飞 张虔 刘赟 赵莉娜 卢杉 鲁丽敏 鲁丽敏关键词:植物地理 植物多样性 区系分区 区域生命之树及其在植物区系研究中的应用 被引量:5 2017年 区域生命之树是对一个区域内的所有物种进行生命之树重建,在最近10年已成为生命科学领域的研究热点。生命之树反映了物种间的亲缘关系和进化信息,可以将生物区系形成与发展过程中的进化和生态因素联系起来,是揭示区系来源和演化规律的有效手段。本文从3个方面总结了区域生命之树在植物区系研究中的应用:(1)在时间维度上,通过生命之树类群分化时间和进化速率估算,反映区系演化历史,揭示区系的时间分化格局;(2)在空间维度上,结合系统发育信息与物种分布数据,揭示区系内生物多样性的空间格局,并在此基础上进行区系分区;(3)整合生物地理信息和气候环境数据,分析区系中生物类群对古地理事件以及气候变化的响应机制,以揭示形成现存生物多样性格局的生态、地理和历史因素。此外,我们阐述了区域生命之树与全球生命之树之间的关系;指出由于类群取样不全而造成的时间估算偏差是区域生命之树研究中需要注意的问题;建议对生物多样性热点地区从不同尺度进行大数据的整合分析。 彭丹晓 鲁丽敏 陈之端关键词:植物区系 系统发育多样性 环境因子 系统生物学家最终能得到完全一致的生命之树吗? 被引量:1 2016年 自达尔文提出生命之树的概念以来,该领域的研究不仅帮助人们了解了生物的起源和类群间的亲缘关系,还极大地推动了生命科学相关学科的发展.然而,随着生命之树重建中越来越多冲突的发现,人们对生命之树的可靠性及其在其他学科中的应用产生了质疑.本文简要介绍了生命之树的概念及其发展历史.综述了由于(ⅰ)物种的绝灭和人类认知局限性导致的取样缺乏;(ⅱ)生物进化过程中存在的杂交/渐渗、不完全谱系分选、基因重复和丢失、基因水平转移等事件;(ⅲ)建树方法不能真实地模拟生物的进化过程等原因,不可能获得完全一致的生命之树.最后,展望了生命之树广阔的发展和应用前景,指出尽管现实中很难得到唯一的生命之树,但这并不影响生命之树强劲的生命力及其与其他学科的交叉整合. 鲁丽敏 陈之端 路安民关键词:生命之树 基因树 系统发育基因组学 用于生命之树重建的数据集 被引量:1 2017年 由中国科学院计算机网络信息中心、中国科学院植物研究所、深圳市中国科学院仙湖植物园“三方两地”共同合作研究建设的“达尔文树”——分子数据分析应用环境(DarwinTree——Molecular Data Analysis and Application Environment),从中国陆地植物发育系统框架的研究出发,逐步推动解决生命之树构建过程中存在的技术难题,探索利用基因和基因组信息构建生命之树的策略和方法,研究和开发DNA序列信息自动采集和生命之树自动生成技术(Automatic Reconstruction of The Tree of Life),建立生命之树信息平台及其利用体系,为最终在我国建立具有国际影响的,能很好地兼容物种分类、地理分布、形态性状、化石信息以及DNA信息的物种库(Species Bank)创造条件。DarwinTree旨在为科研人员提供数据和分析并举的工作平台,该平台将承担数据汇集和面向实际科研工作应用的双重作用。本文发布的数据集包括:(1)DarwinTree基础数据集:来自国际公共序列数据的标记处理得到的分子标记数据及其与任意阶元物种分类名称对应的统计数据集;(2)DarwinTree自测序数据集:面向中国陆地植物研究的补充测序序列数据;(3)DarwinTree中国维管植物进化数据集:已构建的中国维管植物属系统发育树的数据(Generic tree of Chinese vascular plants)。 孟珍 杨拓 刘红梅 黎建辉 曹巍 刘勇 杲艳平 刘奇 林小光 何星 邵靖 郑波 王学志 周园春 陈之端 林立 苏俊霞 孙苗 董晓宇 李洪雷 鲁丽敏 张景博 朱新宇 李勇 张寿洲 董慧 廖一颖 杨蕾蕾 万涛关键词:生物进化 分子序列 生命之树及其应用 被引量:7 2014年 生命之树的概念由达尔文在1859年提出,用以反映分类群的亲缘关系和进化历史。近30年来,随着建树性状种类的多样化、数据量的快速增长以及建树方法的不断发展和完善,生命之树的规模越来越大,可信度也越来越高。分子生物学、生态学、基因组学、生物信息学及计算机科学等的快速发展,使得生命之树成为开展学科间交叉研究的桥梁,其用途日益广泛。本文综述了生命之树研究的历史和现状,介绍了生命之树在以下几个方面的应用:(1)通过构建不同尺度的生命之树,理解生物类群间的系统发育关系;(2)通过时间估算和地理分布区重建,推测现存生物的起源和地理分布格局及其成因;(3)基于时间树,结合生态、环境因子及关键创新性状,探讨生物的多样化进程和成因;(4)揭示生物多样性的来源和格局,预测生物多样性动态变化,并提出相应的保护策略。最后,本文评估了生命之树在目前海量数据情况下遇到的序列比对困难、基因树冲突、"流浪类群"干扰等建树难题,并指出了构建"超大树"的发展趋势。 鲁丽敏 孙苗 张景博 李洪雷 林立 杨拓 陈闽 陈之端关键词:生命之树 系统发育 生物地理 生物多样性 系统发育多样性