陈之端
- 作品数：93 被引量：1,003H指数：18
- 供职机构：中国科学院植物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国科学院知识创新工程重要方向项目全球变化研究国家重大科学研究计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- 2015年中国植物科学若干领域重要研究进展被引量：14
- 2016年
- 2015年中国植物科学研究处于飞速发展的态势,主要表现在中国植物生命科学家在国际顶级学术刊物发表文章的数量呈现出明显的优势。中国科学家在植物学诸多领域取得了骄人的成果,如高等植物PSI与捕光天线的超分子复合物晶体结构的解析、水稻感知和耐受寒害机制、乙烯信号转导分子机制研究等。2015年中国生命科学领域十大进展中,植物科学领域有两项成果入选。值得一提的是,中国本土科学家因青蒿素的发现与抗疟疾药物新疗法的开创首次获得自然科学领域的诺贝尔奖,标志着中国植物化学和中药学对人类健康事业的巨大贡献受到国际高度关注,也标志着中国科学家围绕国家重大需求开展科学技术问题研究模式的有效性和影响力。中国植物科学从跟踪、并行,逐渐迈入领跑学科发展的方阵。该文对2015年中国本土植物科学若干领域取得的重要研究成果进行了概括性评述,旨在全面追踪当前中国植物科学领域发展的最新前沿和热点事件,并与国内读者分享我国科学家所取得的杰出成就。
- 杨淑华王台钱前王小菁左建儒顾红雅姜里文陈之端白永飞孔宏智陈凡萧浪涛董爱武种康
- 关键词：植物科学
- 2021年中国植物科学重要研究进展
- 2022年
- 2021年中国植物科学家在国际综合性学术期刊及植物科学主流期刊发表的论文数量相比2020年显著增加,在雌雄细胞识别与受精、干细胞命运决定、菌根共生、光合膜蛋白复合体、氮磷养分利用、先天免疫、作物从头驯化与基因组设计等方面取得了重要研究进展,“异源四倍体野生稻快速从头驯化”入选2021年度“中国生命科学十大进展”。该文总结了2021年度我国植物科学研究取得的成绩,简要介绍了30项重要进展,以帮助读者了解我国植物科学的发展态势,思考如何更好地将植物科学研究与国家重大需求有效衔接。
- 陈凡顾红雅漆小泉钱前左建儒杨淑华陈之端王雷林荣呈姜里文王小菁萧浪涛白永飞种康王台
- 关键词：植物科学
- 毛冠菊属的系统位置及属内分化
- 毛冠菊属主要分布于青藏高原,约9种。它在同一头状花序内有3种类型的小花,并且中央管状花不育,在菊科中很独特。该属自建立以来,关于它归入何族,争议很大,先后被放入旋覆花族、千里光族和紫菀族。由于标本太少和实验材料难以得到,...
- 高天刚刘建全陈之端陈艺林
- 关键词：毛冠菊属
- 文献传递
- 分子进化生物学中序列分析方法的新进展被引量：6
- 2003年
- 简要介绍了分子进化生物学中序列分析方法的最新进展 ,特别强调了似然比检验和贝叶斯推论在分子进化和系统发育假说检验中的重要性 ,并介绍了新方法的一些成功应用 。
- 张原陈之端
- 关键词：基因组似然比检验分子系统
- 一种基因序列测序数据质量控制方案
- 2012年
- 生物分子数据的爆炸增长对数据挖掘结果有效性提出挑战,本文分析了当前生物数据尤其是基因序列数据在学科发展中的特点,综合数据规则和标准的研究以及数据清洗、质量控制工具的研究现状,结合具体项目实践中的特点和应用,初步提出了针对基因序列数据的质量控制方案。在方案设计上,本文从公共数据的数据抽提部分和私有数据的质量控制部分进行阐述。前者主要涉及到对大量数据检索、序列比对和模型匹配等问题,后者主要涉及基因序列数据精度的计算、stop codons(终止密码子)和contaminants(污染序列段)的排除以及trace file数据质量的计算及系列相似性比较等。同时,该方案面对海量数据的处理,结合数据密集型计算特点进行了基于MapReduce的并行应用设计。
- 孟珍黎建辉周园春董慧胡良霖陈之端张寿洲
- 关键词：基因序列系统发育
- 区域生命之树及其在植物区系研究中的应用被引量：5
- 2017年
- 区域生命之树是对一个区域内的所有物种进行生命之树重建,在最近10年已成为生命科学领域的研究热点。生命之树反映了物种间的亲缘关系和进化信息,可以将生物区系形成与发展过程中的进化和生态因素联系起来,是揭示区系来源和演化规律的有效手段。本文从3个方面总结了区域生命之树在植物区系研究中的应用:(1)在时间维度上,通过生命之树类群分化时间和进化速率估算,反映区系演化历史,揭示区系的时间分化格局;(2)在空间维度上,结合系统发育信息与物种分布数据,揭示区系内生物多样性的空间格局,并在此基础上进行区系分区;(3)整合生物地理信息和气候环境数据,分析区系中生物类群对古地理事件以及气候变化的响应机制,以揭示形成现存生物多样性格局的生态、地理和历史因素。此外,我们阐述了区域生命之树与全球生命之树之间的关系;指出由于类群取样不全而造成的时间估算偏差是区域生命之树研究中需要注意的问题;建议对生物多样性热点地区从不同尺度进行大数据的整合分析。
- 彭丹晓鲁丽敏陈之端
- 关键词：植物区系系统发育多样性环境因子
- 岩蕨科、球盖蕨科的系统位置：叶绿体DNAtrnL-F区序列证据被引量：5
- 2008年
- 岩蕨科(Woodsiaceae)和球盖蕨科(Peranemaceae)历来被多数学者认为是亲缘关系密切的两个科,它们的系统位置一直存在争议,两科曾被放入三叉蕨科(Aspidiaceae)、碗蕨科(Dennstaedtiaceae)、鳞毛蕨亚科(Dryopteridoidaae)及鳞毛蕨科(Dryopteriaceae)蹄盖蕨亚科(Athy-rioideae)中。根据岩蕨科1种、球盖蕨科3种、蹄盖蕨科8种、鳞毛蕨科2种及1种外类群假大羽铁角蕨(Asplenium pseudolaserpitiifolium)的cpDNA基因trnL-F区序列建立的系统树,结果显示,岩蕨科和球盖蕨科的亲缘关系较远,岩蕨科与蹄盖蕨科有密切的亲缘关系,球盖蕨科与鳞毛蕨科亲缘关系较近,岩蕨科和球盖蕨科是处于不同进化线上的植物。秦仁昌(1978)和Pichi-Sermolii(1977)的系统将二者分别作为独立的科是合适的。
- 王玛丽刘红梅陆树刚刘占林陈之端
- 竹叶花椒TPS基因家族全基因组分析被引量：5
- 2022年
- 为了探究香料植物TPS基因家族的潜在功能,本研究以香料植物竹叶花椒(Zanthoxylum armatum DC.)为材料,利用生物信息学方法对其萜类合成酶基因家族的理化性质、基因重复类型、亚细胞定位、进化关系、染色体定位与共线性、基因结构和基因表达进行了系统地分析.我们在竹叶花椒全基因组中共鉴定到53个TPS基因家族成员,它们编码蛋白氨基酸长度为173~859 aa,分子量为20.21~98.44 kDa,等电点范围在4.87~9.10,主要定位于细胞质和叶绿体当中.进化分析显示,ZaTPSs可以划分为6个亚家族,TPS-a和TPS-b亚家族的成员最多.其中48个成员都包含TPS家族的保守基序motif1.染色体定位与共线性分析显示,53个成员在11条染色体上不均匀分布,存在4处串联重复,共线性分析证明竹叶花椒与其同科物种甜橙[Citrus sinensis(L.) Osbeck]的TPS基因有更近的基因进化关系.基因表达差异分析显示,ZaTPSs有一定的组织表达特异性,在幼花中表达量最高,其次是果皮.这些研究结果表明TPS基因家族在竹叶花椒果皮挥发油的合成和防御等方面发挥了重要作用.
- 任妙珍董凯麟张剑陈之端苏俊霞
- 关键词：基因家族生物信息学
- 系统发育多样性和生物多样性保护被引量：5
- 2018年
- 生物多样性保护是我国生态文明建设的重要组成部分,也是人类共同关心的议题。系统发育多样性研究是基于系统发育关系（即物种或谱系的进化历史）对某一特定时空尺度内生物类群的独特性或多样性进行评估的重要指标,有助于识别具有丰富进化历史的优先保护区域,进而优化自然保护区的设置和生物多样性保护策略的制定。
- 陈之端李德铢
- 关键词：系统发育多样性进化历史生物多样性保护物种保护
- 维管植物质体DNA数据在物种和区域上的空缺研究
- 2025年
- 在植物大数据时代,测序数据成为众多生物学研究的重要基础,了解测序数据的现状有利于更好地利用这些数据。质体DNA数据因易获取、单亲遗传及变异速率适中而被广泛应用。基于GenBank公共数据库全面评估和分析了全世界维管植物质体DNA数据取样情况,结果表明,仅有33.75%的维管植物种类已测序。已测序物种在不同类群间取样不均衡,缺失率大致与类群多样性呈显著正相关,其中缺失最严重的目和科分别是盔被花目(Paracryphiales)、胡椒目(Piperales)和五桠果目(Dilleniales),以及霉草科(Triuridaceae)、五膜草科(Pentaphragmataceae)和黄眼草科(Xyridaceae)。在地理空间上,维管植物数据缺失程度从赤道向两极递减,且生物多样性高的地区缺失更严重,包括多个生物多样性热点地区。此外,各地区特有种的数据普遍缺失严重。基于上述结果,建议针对分子数据缺失程度较高的类群和生物多样性高的地区进行重点采集和测序,尤其注重对特有种补充取样,以增加这些类群遗传数据的代表性。
- 邓言鲁丽敏张强陈之端胡海花
- 关键词：维管植物GENBANK
