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罗静初: 作品数：31 被引量：203H指数：10; 供职机构：北京大学生命科学学院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划北京市科委基金更多>>; 相关领域：生物学自动化与计算机技术文化科学农业科学更多>>

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酵母基因上游与内含子可能存在的转录协同作用被引量：12: 2005年; 前期研究表明,酵母高转录基因内含子与低转录基因内含子的序列结构有较大差异,高转录基因内含子中存在一些潜在的正调控位点,而且这些内含子非常靠近基因上游区,有的内含子甚至位于5'-UTR区. 这些结果提示,高转录基因内含子可能参与转录调控,并可能与上游转录调控有协同作用. 为探索内含子与上游区的协同作用,将基因上游序列(翻译起始点上游800 bp或两个相邻基因之间部分)取出,仍使用寡核苷酸频率比较方法,抽提出高转录基因上游区可能的转录正调控元件,这些元件与实验所得结果吻合得较好. 然后定义“寡核苷酸对”,其中一个位于上游区,另一个位于内含子,对“最近距离”在一定范围内(84 bp)的寡核苷酸对进行分析,抽提出匹配基因数显著高于随机匹配数的寡核苷酸对(主要是四核苷酸对和五核苷酸对),分析这些寡核苷酸对的相互作用模式(位置分布及可能的作用因子,如RAP1,ABF1和TAF等),获得了酵母基因上游与内含子之间可能存在的一些转录协同作用模式. 这些结果有助于对基因转录调控机制的认识.; 张昆林张静罗静初; 关键词：基因上游内含子酵母基因

EMBOSS和EMBnet被引量：3: 2021年; 笔者撰写的“EMBOSS软件包序列分析程序实例”一文,已经在《生物信息学》期刊2021年第19卷第1期发表。此文介绍欧洲分子生物学开放软件包(European Molecular Biology Open Software Suite,EMBOSS)。EMBOSS是欧洲分子生物学网络组织(European Molecular Biology Network,EMBnet)于上世纪九十年代末启动的以欧洲国家为主的国际合作项目,是生物信息学领域中较早投入使用的大型开源软件包。本文基于笔者亲身经历,回顾EMBOSS项目的来龙去脉,讲述EMBnet三十多年来的发展历程,及其对生物信息开发、服务和教育培训等方面的贡献,从某个侧面为读者特别是年轻读者展示生物信息学发展早期的一段历史。; 罗静初; 关键词：生物信息学

计算机和蛋白质工程: 1992年; 当人们对结构复杂的蛋白质分子进行设计和改造时,计算机技术是重要而有效的工具。; 罗静初顾孝诚; 关键词：蛋白质工程氨基酸残基蛋白质序列计算机科学蛋白质数据库数据库管理

水稻矮缩病毒基因组数据库的构建被引量：17: 2001年; 二级数据库的构建是生物信息学新的重要领域。目前部分生物的基因组序列测定完成后 ,正在进行广泛而深入的结构和功能研究 ,使二级数据库的重要性显得日益突出。水稻矮缩病毒是一种在日本、中国和东南亚感染水稻的病原微生物 ,给农业生产造成很大损失。根据国际和国内对水稻矮缩病毒基因组的研究 ,利用已有的基因序列和结构、功能等方面的数据 ,以计算机网络为载体 ,参考国际通用数据库的格式 ,尝试建立一个简洁的、友好的通用性好而且专用性强的二级数据库 :水稻矮缩病毒基因组数据库。希望能够为研究普通水稻矮缩病毒的粒子结构、基因表达调控、致病机理和防治方法提供一个良好的工具 ,为从事水稻矮缩病理论和应用研究的工作者提供方便和帮助。; 王建民罗静初李毅曲红吴光耀顾孝诚; 关键词：生物信息学水稻矮缩病毒基因组

猪水泡病病毒结构蛋白基因的克隆及其蛋白二级结构和淋巴细胞表位的预测被引量：3: 2005年; 以免疫信息学和反向疫苗学为理论根据,利用RT-PCR法获得了猪水泡病病毒(SVDV)HK/70株的基因组序列并测序,应用生物信息学相关软件和方法,对SVDV结构蛋白的二级结构的不同方面及其抗原特异性淋巴细胞表位进行了预测,综合评价了SVDV结构蛋白的抗原特异性细胞表位,并计算出一些潜在的抗原位点。结果表明,VP1蛋白含有的细胞优势抗原表位最多,但其他结构蛋白也含有抗原特异性淋巴细胞表位,有的甚至有可能成为优势抗原表位或对优势抗原表位有协同作用。; 郑海学刘湘涛尚佑军刘光清白兴文罗静初谢庆阁; 关键词：猪水泡病病毒结构蛋白反向遗传学

苏云金芽孢杆菌Cry1Aa蛋白α4螺旋形成跨膜离子通道的昆虫毒性试验与模型预测被引量：3: 2002年; 研究野生型苏云金芽孢杆菌Cry1Aa和Cry1C的毒性变化发现,不同的pH不但影响这些蛋白质的毒性,而且影响它们在跨膜过程中形成孔洞的能九将 Cry1 Aa α4螺旋中的15个氨基酸突变后与BBMV结合,进行光散射分析,与野生型Cry1Aa相比较,发现有3个突变体几乎完全失去毒性,7个突变体毒性明显降低,5个突变体保持野生型毒性.采用计算机模拟方法研究了苏云金芽孢杆菌Cry1Aa毒蛋白α4螺旋的三维空间结构,通过观察15个不同残基定点突变对其功能的影响,解释了突变体毒性变化的原因,说明了参与膜孔洞形成氨基酸残基对Cry1Aa昆虫毒杀性的重要作用.; 苏彦辉曲红罗静初朱玉贤V.VachonR.Laprade张杰; 关键词：苏云金芽孢杆菌害虫防治 BT毒蛋白

顾孝诚教授与北京大学生物信息中心被引量：1: 2022年; 顾孝诚(1930~2012年),北京大学生命科学学院教授.曾任北京大学生物学系主任,国家高技术研究发展计划(简称863计划)蛋白质工程评审专家组组长,蛋白质工程和植物基因工程国家重点实验室主任、学术委员会主任,国际遗传工程及生物技术中心学术委员会委员、主任.顾孝诚教授一生致力于生命科学研究和国际学术交流,对生命科学和技术的发展前沿具有敏锐的洞察力. 20世纪80年代,正值现代生物技术快速发展时期,她参与筹建了蛋白质工程及植物基因工程国家重点实验室,为重点实验室发展奠定了很好的基础.1987~1988年,顾孝诚教授积极推动中国科学院动物研究所、清华大学和北京大学联合申请并最终建立了“生物膜与膜生物工程国家重点实验室”. 20世纪90年代,当生物信息学刚刚兴起时,她及时筹建了北京大学生物信息中心,并成为欧洲分子生物学网络组织的中国国家节点. 2004年,顾孝诚教授积极参与筹建北京大学分子医学研究所,全身心地投入讨论设计分子医学研究所的方向、结构、规模、运行机制、人员引进、经费预算等方面问题.她还十分关心我国药品质量安全的教学、研究及国际交流,积极推动北京大学药物信息与工程研究中心的建立.顾孝诚教授十分重视人才培养和引进. 20世纪80年代,顾孝诚教授作为“中美生物与生物化学考试及申请项目”(CUSBEA项目)中方协调人,与美方协调人吴瑞教授共同组织学生的选拔,受到CUSBEA学生高度尊敬和爱戴,并被由该项目学生发起成立的吴瑞基金会授予终身成就奖. 20世纪80年代末~90年代初,国内生命科学领域人才奇缺,顾孝诚教授竭尽全力,为北京大学生命科学学院引进了陈章良、朱玉贤等一批年轻学者. CUSBEA项目设立的“顾孝诚讲座奖”,每年对生命科学领域取得创新性成果的年轻学者,尤其是在中国工作的年轻学�; 罗静初; 关键词：蛋白质工程生物技术中心终身成就奖

生物信息资源的应用与二次开发被引量：13: 1999年; 概述了利用计算机及分子生物学信息资源进行文献检索、序列分析、蛋白质分子结构模建、药物设计等工作的方法。; 黄弋罗静初罗静初; 关键词：信息资源分子生物学

北京大学生物信息资源系统提供数据和软件服务: 2012年; 生物产业发展现状与挑战 21世纪是生命科学的卅纪，人类丛因组计划的实施使我们对于人类自身的研究进入了一个新阶段。在探索遥远的月球、火星、太阳系乃至整个宇宙奥秘的同时，; 罗静初; 关键词：信息资源系统生命科学太阳系

α-淀粉酶抑制剂AAI的核磁共振氢谱谱峰归属及结构分析被引量：10: 2000年; α -淀粉酶抑制剂AAI(α -AmylaseInhibitor)是从墨西哥苋属植物Amaranthushypochondriacus种子中提取的由32个氨基酸残基组成的多肽。它能强烈地抑制几种昆虫幼虫的α -淀粉酶活性 ,而不抑制人及哺乳类动物的α -淀粉酶活性。使用核磁共振方法收集了AAI的二维氢谱谱图 ,完成了全部主链和绝大部分侧链质子共振峰的序列归属 ,并利用X -PLOR软件计算出AAI的三维结构。AAI由三股反平行 β-折叠片与三对二硫键组成抑制剂胱氨酸结模体(inhibitorcystine -knotmotif)结构,与来自虎纹捕鸟蛛的神经毒素HWTX -I和凝集素SHL -I及其它来源的多种小分子活性多肽的结构类似 ,但它们的生物活力各不相同 ,表明该模体适用于结构功能关系的比较研究和作为蛋白质工程活力改造的结构骨架 (scaffold)。AAI对昆虫α -淀粉酶具有专一活性 ,可用于通过转基因技术来赋予植物抗虫活性。; 邓鹏翅吕善运罗静初Sandor Pongor刘修才曲红梁宋平韩汝珊顾孝诚; 关键词：Α-淀粉酶抑制剂核磁共振作物抗虫

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