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曲红: 作品数：18 被引量：101H指数：7; 供职机构：北京大学生命科学学院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划中国科学院“百人计划”更多>>; 相关领域：医药卫生生物学农业科学自动化与计算机技术更多>>

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水稻矮缩病毒基因组数据库的构建被引量：18: 2001年; 二级数据库的构建是生物信息学新的重要领域。目前部分生物的基因组序列测定完成后 ,正在进行广泛而深入的结构和功能研究 ,使二级数据库的重要性显得日益突出。水稻矮缩病毒是一种在日本、中国和东南亚感染水稻的病原微生物 ,给农业生产造成很大损失。根据国际和国内对水稻矮缩病毒基因组的研究 ,利用已有的基因序列和结构、功能等方面的数据 ,以计算机网络为载体 ,参考国际通用数据库的格式 ,尝试建立一个简洁的、友好的通用性好而且专用性强的二级数据库 :水稻矮缩病毒基因组数据库。希望能够为研究普通水稻矮缩病毒的粒子结构、基因表达调控、致病机理和防治方法提供一个良好的工具 ,为从事水稻矮缩病理论和应用研究的工作者提供方便和帮助。; 王建民罗静初李毅曲红吴光耀顾孝诚; 关键词：生物信息学水稻矮缩病毒基因组

胆碱酯酶与小分子底物相互作用的计算机模拟研究被引量：9: 1998年; 目的：研究胆碱酯酶水解机制和有机磷酸酯对胆碱酯酶的中毒、老化和重活化机制，为新重活化剂的分子设计提供理论依据。方法：参考半经验量子化学ＰＭ３方法对电鳐乙酰胆碱酯酶活性中心与乙酰胆碱相互作用的计算机模拟研究结果，在预测人脑乙酰胆碱酯酶三维空间结构的基础上，采用对接（ｄｏｃｋｉｎｇ）技术模拟研究乙酰胆碱、４种有机磷酸酯与乙酰胆碱酯酶活性中心在三维空间结构上的分子间相互作用。结果：乙酰胆碱与胆碱酯酶活性中心的色氨酸有比较好的对接关系，与谷氨酸距离较远；４种神经性毒剂在胆碱酯酶活性中心的对接情况各不相同，并且其毒性与催化三元体的距离成反比、与静电作用大小成正比。结论：胆碱酯酶催化三元体可能由丝氨酸、组氨酸和色氨酸组成，谷氨酸在促进质子转移过程中是不可缺少的；中毒和老化都可能存在一系列过程，老化酶形成的初期阶段也可能被重活化。; 焦克芳曲红李松鲁中正; 关键词：胆碱酯酶有机磷酸酯计算机模拟

苏云金芽孢杆菌Cry1Aa蛋白α4螺旋形成跨膜离子通道的昆虫毒性试验与模型预测被引量：3: 2002年; 研究野生型苏云金芽孢杆菌Cry1Aa和Cry1C的毒性变化发现,不同的pH不但影响这些蛋白质的毒性,而且影响它们在跨膜过程中形成孔洞的能九将 Cry1 Aa α4螺旋中的15个氨基酸突变后与BBMV结合,进行光散射分析,与野生型Cry1Aa相比较,发现有3个突变体几乎完全失去毒性,7个突变体毒性明显降低,5个突变体保持野生型毒性.采用计算机模拟方法研究了苏云金芽孢杆菌Cry1Aa毒蛋白α4螺旋的三维空间结构,通过观察15个不同残基定点突变对其功能的影响,解释了突变体毒性变化的原因,说明了参与膜孔洞形成氨基酸残基对Cry1Aa昆虫毒杀性的重要作用.; 苏彦辉曲红罗静初朱玉贤V.VachonR.Laprade张杰; 关键词：苏云金芽孢杆菌害虫防治 BT毒蛋白

糖类与生命科学研究进展被引量：20: 1999年; 从遗传学角度综述了糖类与生命科学研究的进展，讨论了遗传学上的再认识，指出糖类在遗传学上扮演着重要、核心的角色。提出对糖类遗传密码的推测：糖类遗传密码可能与糖类本身（包括糖甙、糖苷等衍生物）有密切关系、糖类遗传密码缺损或变异可能与许多疾病的发生有密切关系，预言将会发现更多的糖类受体和糖类酶。; 焦克芳陈望忠曲红; 关键词：糖类生命科学遗传学受体

α-淀粉酶抑制剂AAI的核磁共振氢谱谱峰归属及结构分析被引量：10: 2000年; α -淀粉酶抑制剂AAI(α -AmylaseInhibitor)是从墨西哥苋属植物Amaranthushypochondriacus种子中提取的由32个氨基酸残基组成的多肽。它能强烈地抑制几种昆虫幼虫的α -淀粉酶活性 ,而不抑制人及哺乳类动物的α -淀粉酶活性。使用核磁共振方法收集了AAI的二维氢谱谱图 ,完成了全部主链和绝大部分侧链质子共振峰的序列归属 ,并利用X -PLOR软件计算出AAI的三维结构。AAI由三股反平行 β-折叠片与三对二硫键组成抑制剂胱氨酸结模体(inhibitorcystine -knotmotif)结构,与来自虎纹捕鸟蛛的神经毒素HWTX -I和凝集素SHL -I及其它来源的多种小分子活性多肽的结构类似 ,但它们的生物活力各不相同 ,表明该模体适用于结构功能关系的比较研究和作为蛋白质工程活力改造的结构骨架 (scaffold)。AAI对昆虫α -淀粉酶具有专一活性 ,可用于通过转基因技术来赋予植物抗虫活性。; 邓鹏翅吕善运罗静初Sandor Pongor刘修才曲红梁宋平韩汝珊顾孝诚; 关键词：Α-淀粉酶抑制剂核磁共振作物抗虫

利用组学数据建立针对四种女性癌症的基于机器学习方法的生存预测模型被引量：3: 2019年; 乳腺癌、宫颈鳞状细胞癌、子宫内膜癌、卵巢癌是女性常见的癌症.由于癌症的恶性发展并缺乏有效的早期诊疗手段,这些癌症已成为当今世界女性患者的头号杀手.为了探索高通量组学数据能否促进癌症患者的预后,本研究利用美国癌症基因组图谱项目中四种女性癌症的1861个样本的临床数据和多维组学数据(包括DNA甲基化、mRNA表达、miRNA表达和基于芯片的蛋白表达组学数据),建立了Cox比例风险模型和随机生存森林模型用来回顾性地预测患者的生存率.本研究发现,在宫颈鳞状细胞癌中,通过整合临床与DNA甲基化及miRNA表达组学数据建立的模型,生存预测能力显著高于仅使用临床数据的模型(一致性指数c-index中位数提高了8.73%~15.03%).本研究虽然验证了有些组学数据对特定癌症生存模型的预测能力有提升作用,但也存在着相对于临床数据,组学数据对模型的预测能力无显著提升的情况.这些结果为系统地开展基于癌症基因组学的生存预测研究及提升临床生存分析的预测准确性提供了有用经验.; 桑浩凯郭树理曲红赵敏曲大成; 关键词：COX比例风险模型

水稻Rac家族新成员osRACB基因的克隆及结构分析被引量：11: 2003年; Rac基因是植物中惟一的一类分布广泛的信号GTP结合蛋白,它在整个植物生长发育过程中起着极为重要的作用。应用本实验室已有的水稻光周期育性转换相关基因osRACD为探针,在低严谨杂交条件下,筛选农垦58N-LD雌雄蕊形成期(第Ⅳ期)幼穗cDNA文库,获得一水稻Rac家族新基因。经同源性比较和序列分析显示,该基因与玉米Rac家族成员RACB基因具有93％的核苷酸同源性,且两者氨基酸序列长度相等,仅存在一个氨基酸残基差异,故命名新基因为osRACB。进一步应用PCR技术,以农垦58N基因组DNA为模板扩增得到长度为2930bp的osRACB基因转录区核苷酸序列,其结构包含7个外显子和6个内含子,同时,通过基因组文库筛选获得osRACB基因的启动区序列。Southern杂交分析表明osRACB基因同其他Rac基因相似,是低拷贝基因。RT-PCR检测显示osRACB基因在水稻根、茎、叶中均有一定的表达,但在茎中表达量最高。此外,还以人Rac1蛋白为模板,利用InsightⅡ软件包下的Homology,Discover等模块对osRACB蛋白进行了三级结构预测。; 罗敏米志勇曲红唐朝荣梁卫红吴乃虎; 关键词：水稻基因克隆 GTP结合蛋白

人单链抗体亲和力成熟研究被引量：9: 2001年; 目的　探索基因工程抗体亲和力体外成熟新技术 ,获得抗血管内皮生长因子高亲和力的抗体 ,使之成为肿瘤血管靶向治疗的载体。方法　采用错配PCR和单链重叠延伸法 ,随机突变抗体重链可变区 ,建立次级噬菌体单链抗体突变库 ,并从中筛选出高亲和力单链抗体突变株。结果　抗体突变株不仅保留了母体抗体的特异性 ,而且亲和力明显提高。根据基因序列分析 ,高亲和力突变株中有 4个氨基酸发生了改变 ,分别是Trp38→Cys38,Gln45 →Arg45 ,Lys1 0 7→Arg1 0 7,Arg1 0 9→Leu1 0 9。抗体立体结构模拟显示其中 3个氨基酸突变位于抗原结合部位。结论　实验结果为抗血管内皮生长因子人源单链抗体的应用奠定了基础 ,同时为抗体结构与功能研究以及抗体亲和力体外成熟提供了参考模型。; 吴小平阎锡蕴杨东玲曲红; 关键词：血管内皮生长因子噬菌体展示技术

图神经网络在单细胞测序数据上的研究进展: 2023年; 单细胞测序技术使得科研人员能够以细胞级别的分辨率进行基因表达数据分析,以此发现组织(如肿瘤组织或器官组织)中具有异质性的细胞。这项技术对癌症病理学的研究、生命发育过程的探索等起到了重大推动作用。单细胞测序数据有着样本量大、特征多且稀疏的特点,因此近些年一些研究工作尝试使用图神经网络进行单细胞测序数据的挖掘。这些研究工作一般先根据细胞内的基因表达信息将单细胞测序数据转化为细胞图结构,然后使用图神经网络聚合细胞间邻域信息来进行细胞表示学习,并在细胞聚类任务和细胞类型标注任务上取得了很好的效果。本文旨在介绍图神经网络在单细胞测序数据挖掘上的研究进展,并设计实验展示scGNN、scGCN和scDeepSort三个主流的用于单细胞测序数据的图神经网络模型的性能。最后,结合研究进展与实验分析,本文对图神经网络处理单细胞测序数据这一领域的未来研究方向进行了展望,以促进图神经网络更好地服务于单细胞测序数据的挖掘。; 王红麟曲红赵敏曲大成; 关键词：人工智能甲状腺癌

人白细胞介素-6受体胞外区配基结合功能域活性部位的三维构效关系被引量：2: 2000年; 以人生长激素受体（Ｋ５２－Ｌ２５１）的晶体结构为模板，同源模建人白细胞介素－６受体（ｈＩＬ－６Ｒ）（Ｖ１０６－Ｐ３２２）的空间结构，并预测与配基（ＩＬ－６）结合的活性部位．根据ｈＩＬ－６Ｒ配基结合功能域中重要氨基酸点突变对活性部位空间构象的影响，验证预测部位的正确性．理论分析表明，ｈＩＬ－６Ｒ配基结合功能域中４个保守的半胱氨酸（Ｃｙｓ），近膜侧１９３位Ｃｙｓ及“ＷＳＥＷＳ”主型框架的点突变均导致受体与配基的结合受阻；而２１１位Ｃｙｓ，２７７位Ｃｙｓ点突变却有利于受体与配基的结合．研究结果提示，预测的ｈＩＬ－６Ｒ的活性部位确是ｈＩＬ－６Ｒ和配基（ＩＬ－６）结合的分子基础，可以作为进行小分子ｈＩＬ－６Ｒ拮抗剂设计的靶部位。; 任蕴芳冯健男曲红李松沈倍奋; 关键词：活性部位

曲红

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