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赵志虎: 作品数：82 被引量：223H指数：10; 供职机构：军事医学科学院生物工程研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>; 相关领域：生物学医药卫生化学工程更多>>

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超声处理导致交联DNA序列特异性断裂被引量：1: 2011年; 目的:研究在交联状态下超声方法处理DNA是否导致DNA随机断裂。方法:通过建立一种新的Clone-Sequencing筛选技术,利用NCBI等相关网站,结合Vector-NTI等软件分析得到不同断裂位点的核苷酸序列,利用SPSS 18.0软件,对不同断裂位点核苷酸序列的分布进行统计学分析。结果:利用Clone-Sequencing技术得到216个来源于不同染色体位置的克隆片段,通过对其正义链和反义链的5'-DNA断裂末端的分析,得到432个超声断裂位点的核苷酸序列信息。对断裂位点核苷酸序列进行统计分析发现,超声处理后,交联DNA的断裂位点并不像过去认为的完全随机分布,而是存在明显的偏性,即对于所有16种不同的二核苷酸组合,超声处理导致交联DNA更易在5'-ApN-3'寡核苷酸中间的磷酸二酯键处断裂,且其相对断裂频率呈现d(ApN)>>d(GpN)>d(CpN)>d(TpN)的趋势。结论:传统的超声方法处理,交联DNA断裂位点并不是完全随机分布,而是存在着明显的序列偏好性,这一新发现提示,对于目前广泛使用的、涉及交联DNA超声处理的ChIP-Chip或ChIP-Seq等高通量及其衍生技术结果的统计分析,需要引入更加合理有效的分析策略。; 王东师明磊王洋赵志虎; 关键词：超声

人干细胞因子cDNA的设计、合成与克隆被引量：10: 2002年; 选择大肠杆菌的偏爱密码子,分成18个长约60个碱基且相互配对的寡核苷酸片段,合成了可溶形式的人干细胞因子(hSCF)的cDNA。合成片段经纯化、5'-端磷酸化后,通过PCR进行合成hSCF的cDNA一次性组装与扩增,得到了含有可溶形式的hSCF的全部编码区及EcoRⅠ、SalⅠ位点在内的全长共515个碱基对的DNA片段。回收该DNA片段,酶切消化,定向克隆进质粒pUC19。经酶切鉴定以及序列测定,得到了全序列正确的克隆株,为下一步的工作奠定了基础。; 赵志虎张京生曹诚马清钧; 关键词：人干细胞因子基因合成聚合酶链式反应 CDNA 克隆

人工合成的人干细胞因子编码基因: 本发明公开了一种人工合成的人干细胞因子编码基因,在不改变氨基酸序列的前提下,通过密码子的替换,选择大肠杆菌的偏爱密码子,去除了天然基因内部原先存在的EcoRⅠ、XmaⅠ、SmaⅠ、PstⅠ等位点,在两端引进了EcoRⅠ、...; 赵志虎曹诚马清钧; 文献传递

单染色体靶向富集方法的建立: 2016年; 靶向富集技术具有良好的均一性、特异性和灵敏性,只需较低的测序覆盖度即可满足后续的分析。该技术被广泛应用于特定位点重测序和染色体构象等研究。为了靶向富集测序文库中特定的染色体DNA片段,本研究以21号染色体为例,采用人胚肝二倍体细胞CCC-HEL-1建立了一种单染色体靶向富集方法。具体步骤如下:(1)首先将人正常核型二倍体细胞同步化到G2/M期,制备染色体悬液;然后流式分选出21号单染色体。(2)采用多重退火环形扩增技术(MALBAC)对21号染色体DNA进行扩增;用扩增的DNA产物构建文库。(3)利用体外转录合成、生物素标记的RNA探针与文库进行液相杂交,捕获并验证捕获效率。荧光定量PCR检测结果证明,特定的21号染色体呈上百倍的富集,而靶标文库则富集了近60倍。结果提示,特异单染色体靶向富集方法成功建立。该法不仅可实现任一单染色体的靶向富集,用于单条染色体功能组学研究,而且还可能用于查找特定疾病相关的染色体异常(如DNA突变、异位、重复及倒置等),具有一定的实用意义。; 谢德健张田甜师明磊张彦沈文龙叶丙雨李平何超张香媛赵志虎; 关键词：高通量测序单染色体

CLIP相关技术的研究进展被引量：1: 2013年; 在真核生物基因表达的转录后调节中,RNA结合蛋白(RBP)起着关键作用,很多RBP的异常与人类疾病的发生密切相关。自2000年的RNA免疫沉淀和芯片分析方法(RNA immunoprecipitation with differential display or microarray analysis,RIP-ChIP)出现以来,人们开始就RBP与RNA相互作用进行了系统而广泛的研究。经过改良和发展,基于体内实时紫外交联免疫沉淀法(ultraviolet crosslinking and immunoprecipitation,CLIP)、交联免疫沉淀cDNA文库高通量测序法(high-throughput sequencing of CLIP cDNA library,HITS-CLIP)、光催化核糖核苷增强交联和免疫沉淀法(photoactivatable-ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunprecipitation,PAR-CLIP)以及提高个别核苷酸分辨率交联和免疫共沉淀法(individual nucleotide resolution CLIP,iCLIP)等RIP-ChIP衍生方法相继产生,使用这些方法,可以解析RBP的RNA识别特异性,而且通过与高通量测序技术结合,可以实现转录组尺度的RBP的靶序列的鉴定,分辨率也得到极大提高。该文就RNA与蛋白的相互作用的基本原理及其研究进展、相关技术存在的问题以及发展趋势进行简要综述。; 邢伶越张彦黄静李平王洋师明磊赵志虎; 关键词：CLIP 免疫沉淀法

阿尔茨海默病核酸疫苗的构建及诱导体液免疫反应的初步研究被引量：4: 2003年; 近年,内源性蛋白主动免疫预防和治疗阿尔茨海默病(AD)的策略成为AD研究领域的热点,并获得迅猛发展。构建了以β-片层结构的淀粉样蛋白(Aβ)及其可溶性与病理性突变体为抗原基因的DNA疫苗用于免疫小鼠,经过对免疫方案的探索和调整,结果能够打破其自身耐受,在外周血中诱发出较高滴度的抗-Aβ抗体。初步探讨了诱导体液免疫学效应的规律。并在原代培养的海马神经元Aβ毒性模型中验证了免疫后血清的生物学活性。; 张助赵志虎朱玲玲赵彤范明马清钧; 关键词：阿尔茨海默病淀粉样蛋白核酸疫苗体液免疫反应主动免疫

红霉素链霉菌聚酮合成酶基因eryAIII的克隆及其在大肠杆菌中的表达被引量：1: 2010年; 目的:在大肠杆菌中异源表达红霉素链霉菌聚酮合成酶eryAIII基因。方法:构建表达载体pET-m28a,PCR扩增高GC含量长片段基因eryAIII及分子伴侣GroELS的基因,并插入该载体,每个基因都能够独立启动和终止表达;将重组质粒转化至大肠杆菌BL21(DE3),用IPTG进行诱导表达。结果:NdeⅠ、HindⅢ分别酶切质粒pET-m28a/eryAIII-GroELS,琼脂糖凝胶电泳显示获得与预期大小相同的DNA片段;SDS-PAGE结果表明,重组大肠杆菌表达了由eryAIII编码的相对分子质量为348×103的蛋白;与GroELS共表达后,目的蛋白在上清中的表达量明显增加。结论:GroELS提高了eryAIII编码蛋白的可溶性,为红霉素合成通路在大肠杆菌中的重建奠定了基础。; 张丽华王洋何彰华刘晓洁师明磊何建勇赵志虎; 关键词：聚酮合成酶红霉素链霉菌异源表达

重组人干细胞因子被引量：7: 1998年; 选择大肠杆菌的偏性密码，合成了可溶形式的人干细胞因子（ｈＳＣＦ）的ｃＤＮＡ。通过ＰＣＲ完成了合成片段的一次性组装与克隆，并在Ｅ．ｃｏｌｉ中进行了温控型的高效表达，目的蛋白可占菌体总蛋白的４０％左右。表达产物复性后，经离子交换、凝胶过滤层析，得到了电泳纯的ｒｈＳＣＦ。经测定，ｒｈＳＣＦ氨基端序列及其它理化性质与天然ｈＳＣＦ完全一致，并可刺激人骨髓细胞的增殖，导致粒、巨核系集落（ＣＦＵ－ＧＭ）大小、数量的明显增加，显示天然ｈＳＣＦ的生物活性。; 赵志虎曹诚张京生马清钧; 关键词：人干细胞因子基因合成聚合酶链反应克隆

糖多孢红霉菌A226的原生质体转化和染色体同源整合被引量：22: 2002年; 糖多孢红霉菌的原生质体转化和染色体同源整合,是红霉素生物合成基因改造的重要途径。本研究对糖多孢红霉菌A226原生质体制备和转化条件进行了优化,结果表明以对数生长后期和稳定期菌丝体制备的原生质体转化效率较高;质粒、原生质体和PEG-T缓冲液体积比例为15:40:200(μl)时转化效果较好;比重小原生质体的转化效率虽高,但在转化子中有效整合的比例较低;PEG1000和PEG3350对转化效率没有显著差异;而Yamamoto转化系统优于Weber转化系统。PCR鉴定、抑菌活性鉴定和质谱分析均表明,转化质粒已整合到染色体红霉素合成基因位点。; 张部昌赵志虎王以光于秀琴刘传暄马清钧; 关键词：糖多孢红霉菌原生质体转化红霉素

GroEL分子伴侣研究进展被引量：16: 2001年; 大肠杆菌的GroEL是同型寡聚复合体 ,由 14个相对分子质量 5 8× 10 3亚基组成背靠背的双环结构。它在新生蛋白质的正确折叠和组装以及在热或化学逆境下变性蛋白质的恢复过程中起重要作用。同时 ,在大肠杆菌的跨膜转运及插入细胞质膜方面都起重要作用。这些活动依赖于GroEL与底物蛋白的疏水片断的相互作用。综述了Hsp60分子伴侣系统中研究得比较清楚的GroEL的晶体结构、功能及作用机理等方面的研究进展。; 张经余赵志虎蔡民华; 关键词：GROE 分子伴侣

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