李松倍
- 作品数：4 被引量：6H指数：2
- 供职机构：上海大学计算机工程与科学学院更多>>
- 发文基金：上海市教育委员会重点学科基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- 蛋白质相互作用网络的相似子网搜索问题研究被引量：2
- 2010年
- 蛋白质相互作用网络(Protein-Protein Interactions Network,PIN)的相似性问题是目前生物信息学领域研究的热点。将计算机科学和生物学相结合,提出了蛋白质相互作用网络邻居优先搜索算法。该算法综合蛋白质的序列信息和蛋白质相互作用网络的拓扑结构信息,适度提高与相似蛋白质有直接相互作用的蛋白质之间的相似系数,实现了不同物种间蛋白质相互作用相似子网络的搜索。与同类算法的对比实验表明,该算法可以处理更大规模的目标子网搜索,计算速度明显提高,且利用该算法获得的结果与目标子网具有更长的相似路径。论文采用该算法研究了酵母和果蝇的蛋白质相互作用网络,获得了10条相对保守的蛋白质相互作用(Protein-Protein Interactions,PPI)。
- 李松倍谢江张武武频
- 关键词：生物信息学蛋白质相互作用网络网络搜索
- 基于一种自适应并行遗传算法的网格资源选择策略被引量：3
- 2007年
- 网格是在某一单一时间,将网络中众多的计算机资源集中起来共同处理某个单一问题的.而如何有效地从众多的资源中选出多个较优秀的资源是一个NP问题.该文提出一种新的自适应的并行遗传算法(NAPGA),并对网格资源的选择策略在C+MPI平台上进行了并行模拟.结果表明,该算法不仅有效地避免了过早收敛的现象,而且取得了比改进型的并行遗传算法(NIPGA)更优的搜索结果.最后对遗传算法的搜索和收敛规律进行了一些讨论.
- 武频李建敦刘权胜李松倍
- 关键词：网格遗传算法MPI
- 生物分子网络的相似子网搜索算法研究及应用
- 21世纪是信息科学、生命科学的时代，随着人类基因组计划的完成，人类进入后基因组时代，此时所面临的一个主要挑战是如何理解基因、蛋白质、酶等生物分子如何相互作用形成一个功能网络。本论文将计算机科学应用于生物分子网络的研究，以...
- 李松倍
- 关键词：网络搜索帕金森氏病人类基因组
- 文献传递
- 基于Web Service的蛋白质相互作用网络PSE被引量：1
- 2009年
- 为了让蛋白质相互作用网络研究人员高效共享大量的生物实验数据和方便的利用与蛋白质相互作用网络相关的各种工具及方法,提出了一个基于Web Service的面向蛋白质相互作用网络PSE的方法。通过分析蛋白质相互作用网络研究的特点,指出面向蛋白质相互作用网络PSE需要基于Web Service技术。在此基础上,设计了面向蛋白质相互作用网络PSE的体系结构,体系结构符合SOA(service-oriented architecture)的标准要求,具有很好的可扩展性。实验结果表明了面向蛋白质相互作用网络PSE的有效性。
- 赵志康谢江李松倍张武
- 关键词：问题求解环境蛋白质相互作用网络JNIJAVABEAN
