杨晓勤
- 作品数：5 被引量：7H指数：1
- 供职机构：南方医科大学更多>>
- 发文基金：广东省生物芯片重点实验室基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 利用基因表达谱提取乳腺癌细胞分化相关特征基因被引量：1
- 2010年
- 目的利用基因芯片数据挖掘识别与乳腺癌组织学分级相关的特征基因,对乳腺癌的临床诊断和生物医学研究起到借鉴和参考作用。方法从公共基因芯片数据库GEO(gene expression omnibus)获得乳腺癌芯片表达数据,利用支持向量机提取获得不同组织学分级的肿瘤样本的特征基因,并对这些基因进行生物学功能分析。结果获得了64个特征基因,分类正确率达到100%,这些基因与癌症有较大的相关性,主要集中在转录调控、离子运输、器官发生发育等多个生物学途径中。结论通过对基因芯片数据的挖掘,可以从全局上了解肿瘤的表达情况,加深对乳腺癌细胞分化分子机制的认识。
- 叶云王桂平杨晓勤梁爽郑文岭马文丽
- 关键词：表达谱乳腺癌组织学分级特征基因
- 基于组织特异性基因的药物新用途研究
- 随着后基因组时代的到来,高通量生物技术的不断完善以及生物信息学的发展,传统的生物化学与分子生物学研究单个基因或蛋白的方法已经不再适用,取而代之的是将整个系统作为研究对象的系统生物学方法。随着基因组学、蛋白质组学、转录组学...
- 杨晓勤
- 关键词：基因芯片分析系统生物学生物信息学靶向药物
- 文献传递
- VeryGene:a database linking tissue specific genes to diseases,drugs and beyond
- Introduction The tissue-specific genes(TSGs) are a group of genes whose expression and function are selective ...
- 杨晓勤梁爽
- 文献传递
- 基于基因表达谱的途径筛选肺腺癌治疗药物被引量：5
- 2010年
- 目的:探讨基于基因表达谱的途径在肺腺癌治疗药物筛选中的应用。方法:从GEO数据库中获得GSE10072和GSE7670两个数据集,然后利用dchip软件进行差异表达基因分析,采用基因集富集方法(gene set enrichment analysis,GSEA)对肺腺癌进行通路富集分析,最后通过Connectivity map(Cmap)筛选肺腺癌候选治疗化合物,并进行实验验证。结果:共获得差异表达基因379个,其中上调基因94个,下调基因285个;GSEA主要富集到细胞周期等18条信号通路与肺腺癌相关;通过Cmap分析,筛选到Vorinos-tat、15-delta prostaglandin J2、trichostatin A、tanespi mycin等8种候选药物或化合物,在进一步的实验中也证实15d-PGJ(2)可有效抑制A549细胞的增殖。结论:基于基因表达谱的途径为药物发现提供新思路,加速了药物发现过程。
- 王桂平叶云杨晓勤陈新美梁爽郑文岭马文丽
- 关键词：基因表达谱肺腺癌CONNECTIVITYMAP
- 不同分化程度卵巢癌细胞中胚胎干细胞相关通路的基因集富集分析被引量：1
- 2010年
- 背景:近年来一些研究发现肿瘤细胞具有与干细胞类似的特征,因此,控制干细胞功能的某些基因调控网络,可能也在某些肿瘤中同样发挥作用。目的:观察不同分化程度卵巢癌的分子特征,获得与胚胎干细胞相关基因的表达情况。方法:从美国国立生物信息中心(NCBI)共享数据库GEO下载原始基因芯片文件,登录号为GSE2109,选取卵巢癌样本作为研究材料。去除临床指标缺失的样本,按照组织学分级将卵巢癌样本分为高分化和低分化两组。原始数据经dChip进行质量检验和标准化,获得基因表达的矩阵。收集胚胎干细胞相关的基因集、生物学过程和KEGG通路在不同分化的卵巢癌中的富集情况,用GSEA进行基因集富集分析。结果与结论:选取了13个与胚胎干细胞相关的基因集,低分化的卵巢癌细胞中有9个基因集上调,PRC2靶点相关的4个基因集下调,说明与胚胎干细胞相关的基因集大多在低分化的卵巢癌细胞中上调。并且在低分化卵巢癌细胞显著上调的都是与细胞周期、细胞分裂、DNA复制等与增殖相关的通路。基因表达谱分析表明低分化的卵巢癌与胚胎干细胞具有相似的分子特征,这可以为卵巢癌的早期诊断和治疗提供新的思路。
- 叶云王桂平杨晓勤尹曦梁爽郑文岭马文丽
- 关键词：表达谱胚胎干细胞分化卵巢癌
