时伟
- 作品数：20 被引量：71H指数：5
- 供职机构：中国科学院南海海洋研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金教育部重点实验室开放基金山东省科技计划项目更多>>
- 相关领域：生物学农业科学天文地球更多>>
- 无线鳎线粒体基因排序为复制随机丢失机制提供新的证据
- 本研究新测定了鲽形目、舌鳎科、无线鳎属两种鱼类的线粒体全序列：黑颊无线鳎(Symphurus plagiusa)和东方无线鳎(Symphurus orientalis).两种鱼类的线粒体基因组都是环形的DNA分子,长度分...
- 时伟龚理王淑英孔晓瑜
- 关键词：鲆鲽类线粒体全基因组
- 舌鳎亚科Cynoglossinae鱼类基于COI条形码的系统发育关系被引量：5
- 2013年
- 以线粒体细胞色素氧化酶辅酶I(COI)条形码为分子标记,利用最大似然法和贝叶斯推断构建了分子系统发育树,对鲽形目Pleuronectiformes舌鳎亚科Cynoglossinae鱼类进行系统发育分析,结果表明所研究的28种舌鳎亚科鱼类形成了单系群,然后和无线鳎亚科Symphurinae鱼类形成稳定的姐妹群关系。所有须鳎属Paraplagusia种类聚成一支,形成了舌鳎鱼类晚期一个比较特化的类群;舌鳎属Cynoglossus鱼类并没有形成一个单独的分支,分成了8个主要类群。舌鳎属的这种分支结果与按照侧线及鼻孔数目特征进行分类的结果差异较大,但是和Menon所划分的部分种组(group)的结果相近,即canariensis、heterolepis、arel、cynoglossus 4个种组的种类划分和本研究的结果基本一致,但kopsii种组的种类组成则存有较大的差异。同时,K2P遗传距离分析的结果表明,舌鳎属内的种类已分化形成了不同的类群,有些类群之间已超出了亚属级分化,因此分类关系可能被低估了。同时遗传距离分析的结果支持长吻红舌鳎Cynoglossus lighti为短吻红舌鳎C.joyneri、紫斑舌鳎C.purpureomaculatus为短吻三线舌鳎C.abbreviatus的同物异名。
- 苗宪广江金霞时伟王忠明王淑英孔晓瑜
- 关键词：鲽形目同物异名
- 长臂缨鲆核糖体RNA基因序列多态性特征分析
- 2019年
- 为了解鲽形目Pleuronectiformes鲆科Bothidae长臂缨鲆Crossorhombuskobensis(Jordan&Starks,1906)核糖体RNA基因的序列多态性特征,本研究共获得该鱼类包括18S、5.8S、ITS1和ITS2全长及28S部分序列的128条克隆序列。经序列比对、聚类分析以及重组检测,结果显示5.8S (158bp)无长度变异,而其他4个基因片段则表现出较高的长度多态性,并可分为不同序列类型:18S (1856～1893 bp)有4种序列类型A、B、C和R; 28S (967～974bp)和ITS1 (407～505bp)均有3种类型A、B和R;ITS2(423～447bp)存在2种类型A和B。此外5个基因片段在碱基组成中均表现出GC偏倚,并且ITS2(71.14%)>ITS1(65.37%)>28S(62.22%)>5.8S(57.67%)>18S(54.95%)。对具有不同序列类型的18S、28S和ITS进行真、假基因推断时,通常的判别特征不足以提供有力依据,因此增加了与4种鲆科近缘鱼类长冠羊舌鲆Arnoglossus macrolophus、青缨鲆Crossorhombus azureus、大鳞短额鲆Engyprosopongrandisquama以及冠毛鲆Lophonectes gallus相应基因片段的比对。各基因片段的插入/缺失以及特异性碱基差异位点比对结果显示:18S和28S的短序列类型A与4种鲆科鱼类序列一致,而其他序列类型则不同; ITS1序列类型A与4种鲆科鱼类在类型B的缺失位点均无缺失,因此推测18S、28S和ITS1的A类型为真基因,而其他类型为假基因。ITS2的A和B类型在差异位点上与4个鲆科鱼类不存在一致性,没有足够的依据对两个类型做出真、假基因的推断。长臂缨鲆核糖体RNA基因中, 5.8S序列最为保守遵循协同进化的方式,而其他4个基因片段为非协同进化的方式。
- 杨敏孔晓瑜孔晓瑜时伟
- 关键词：核糖体RNA基因多态性假基因
- 白额纵沟纽虫(Lineus alborostratus Takakura)的线粒体基因组
- 2012年
- 通过PCR扩增、测序获得白额纵沟纽虫线粒体基因组全序列并进行了生物信息学分析。白额纵沟纽虫线粒体基因组全长15 476bp,包含后生动物线粒体基因组典型的13个蛋白质编码基因、22个转运RNA基因、2个核糖体RNA基因和1个747bp的非编码区。除tRNA-Thr和tRNA-Pro基因外,其他基因均编码在重链上。基因组碱基组成具有AT偏向性,蛋白质编码基因偏好使用富含T的密码子。蛋白质编码基因的起始密码子均为ATG,终止密码子多为TAA或TAG,nad1、nad2、cytb基因具有不完全终止密码子T。预测的22个tRNA均具有典型三叶草结构。非编码区未发现在其他纽虫所报道的特殊茎环结构,但在nad4基因上发现有37bp的发卡结构。白额纵沟纽虫的基因排列、起始密码子、tRNA反密码子与Lineus viridis完全一致,两者rrnL和非编码区长度差别较大,前者具有较少核苷酸插入。
- 徐冬丽陈海霞时伟孙世春
- 关键词：线粒体基因组密码子使用
- 褐斜鲽(Plagiopsetta glossa)线粒体基因组特征及重排机制研究
- 2018年
- 冠鲽科(Samaridae)隶属于鲽形目(Pleuronectiformes),包含冠鲽属(Samaris)、沙鲽属(Samariscus)和斜鲽属(Plagiopsetta)。目前研究表明,冠鲽(Samaris cristatus)和满月沙鲽(Samariscus latus)的线粒体基因组结构都有重排,并且两者的基因数量也有差别。为检测斜鲽属鱼类中是否也有不同的特征结构,我们选用褐斜鲽(Plagiopsetta glossa)作为代表种进行斜鲽属鱼类线粒体基因组特征分析,同时与冠鲽属及沙鲽属鱼类的线粒体基因组特征进行对比。分析显示,褐斜鲽的线粒体基因组全长为18723bp,包括39个基因:13个蛋白基因、24个t RNA基因、2个r RNA基因、2个控制区、1个轻链复制起点和比典型基因组多的13个间隔子。和经典鱼类的线粒体基因组相比,褐斜鲽和满月沙鲽都多了t RNA-Cys和t RNA-Tyr两个t RNA,冠鲽只多了t RNA-Cys,且3个种类都多了一个控制区,但褐斜鲽与满月沙鲽的基因排列顺序相同。褐斜鲽线粒体基因的重排导致不同位置的6个t RNA形成了六连体基因簇"t RNA-Cys1-Tyr1-Ser1-Lys-Arg-Ser2","ND5-ND6-Glu-Cytb-Thr"则位于六连体之后,但这11个基因相对的排序没有发生变化。采用双复制随机丢失模型(double replications and random loss,DRRL)对褐斜鲽基因的重排现象进行分析,认为该鱼类基因数量、排列顺序以及比典型基因组多13个间隔子等特征为该模型提供了新的依据。
- 董江星时伟孔晓瑜陈世喜
- 关键词：鲽形目线粒体基因组基因重排分子进化
- 5种鳎科鱼类核糖体ITS1序列比较被引量：4
- 2017年
- 核糖体基因在很长一段时间内被认为严格遵循协同进化方式,但是在很多种类中都发现了明显的序列多态性,表明其是非协同进化。为了检测鳎科鱼类核糖体内转录间隔区1(ITS1)序列是否存在多态性,并探究其能否作为种类鉴定的分子标记,本研究克隆获得了5种鳎科鱼类共118条ITS1全序列。结果显示,眼斑豹鳎具有两种差异显著的片段类型,表明其在基因组中遵循非协同进化方式;而在其余4种鳎科鱼类中均没有发现序列多态性,表明其为协同进化。序列分析显示ITS1具有明显的种间长度异质性,最短的序列出现在蛾眉条鳎(412 bp),最长的为眼斑豹鳎(585 bp)。碱基分析显示ITS1序列在5种鳎科鱼类中都呈现出相同的趋势:C>G>A>T,且GC含量为69.5%,远高于AT含量。聚类分析显示除眼斑豹鳎外,所有鳎类均单独聚为一支,种类区分度非常明显,表明ITS1序列能够作为种类鉴定的分子标记。但是眼斑豹鳎的一个克隆和东方箬鳎聚为一支,这种序列多态性对种类鉴定产生了干扰,因此用具有多态的ITS1序列作为分子标记时一定要有足够的克隆数量,避免因数据不充分而得到不正确的结论。
- 龚理时伟杨敏司李真孔晓瑜
- 关键词：鳎科内转录间隔区分子标记假基因
- Complete mitochondrial DNA sequence of oyster Crassostrea hongkongensis-a case of "Tandem duplication-random loss" for genome rearrangement in Crassostrea?
- 喻子牛位正鹏孔晓瑜时伟
- 舌鳎亚科鱼类线粒体控制区快速进化及其重复序列延伸机制初步研究被引量：4
- 2012年
- 本研究测定双线舌鳎Cynoglossus bilineatus(Lacepède,1802)、长钩须鳎Paraplagusia bilineata(Bloch,1787)和短钩须鳎Paraplagusia blochii(Bleeker,1851)3种舌鳎亚科鱼类的线粒体(mtDNA)控制区全序列,并与舌鳎亚科其它4种及鲽形目其他科的5种鱼类mtDNA控制区结构和序列进行了比较分析。结果显示,3种舌鳎鱼类的线粒体控制区全长从655～1 155bp,长度差异明显;舌鳎亚科鱼类控制区结构与其他鲽形目鱼类相似性很低,保守区系列中只能识别出CSB-A和TAS。碱基组成比较发现这3种舌鳎鱼类的AT含量比鲽形目其它鱼类要高。分析认为上述事件可能都是由该类群鱼类控制区的快速进化导致的。所有3种舌鳎的控制区在5’端都存在串联重复序列,每个重复单元中都存在类似于TAS的相关序列,并且重复序列可以形成非常稳定的二级结构。这2种特征为形成线粒体重复序列的非正常延伸机制(Illegitimate elongation model)提供了新的证据,同时,推测了这些舌鳎鱼类重复序列可能的延伸过程。
- 时伟孔晓瑜江金霞苗宪广
- 关键词：鲽形目控制区
- 应用线粒体全序列研究鲽形目鱼类的分子系统关系及演化
- 鲽形目鱼类(Pleuronectiformes)又称比目鱼,隶属脊椎动物亚门(Vertebrate)、硬骨鱼纲(Osteichthyes),是鱼类中较大的目之一,也是唯一一个身体不对称的目,两眼位于头部一侧,另一侧无眼。...
- 时伟
- 关键词：鲽形目系统发育线粒体控制区串联重复序列
- 硬骨鱼类核糖体基因间隔区的序列特征分析被引量：4
- 2016年
- 真核生物核糖体DNA(ribosomalDNA,简称rDNA)是由几十个甚至上万个高度串联重复序列组成的多基因家族,每个重复单元都包括编码区(18S、5.8S和28S)和非编码区(ITS1和ITS2)。间隔区ITS1和ITS2常被用于属级及以下阶元水平的系统关系研究。然而,越来越多的研究发现,这些串联重复序列并非完全一致,有些甚至存在个体内差异,这种基因组内ITS多态性的发现,使我们对ITS用于物种系统发育重建的适用性产生了质疑。因此,我们对GeneBank中硬骨鱼类的10目ITS序列的长度和保守位点比例进行了统计分析,结果显示:ITS1长度范围为272~918bp,保守位点比例在各分类单元之间具有明显的区别,并且这种区别可以作为判断物种之间关系的特征。当序列之间保守位点比例为89.51%~100%时,为种内关系;在61.53%~81.36%范围时,为种间关系;在32.47%~58.87%范围时,为属间关系;而在1.62%~30.46%时,达到科间水平。而一些物种的保守位点比例超出此范围时,依据此标准判断就会产生偏差。ITS2的长度范围为128~694bp,保守位点比例在各分类阶元之间互相重合,在各分类阶元之间不存在明显的差异,因此该特征不能用于区分各阶元之间的关系。
- 司李真时伟杨敏龚理孔晓瑜
- 关键词：硬骨鱼类ITS1ITS2系统发育
