田建芳
- 作品数：5 被引量：16H指数：2
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- 发文基金：中央高校基本科研业务费专项资金陕西省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
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- 基于蜂群和广度优先遍历的PPI网络聚类被引量：4
- 2012年
- 蛋白质交互作用(PPI)网络聚类算法是研究和揭示蛋白质功能的主要方法之一.由于PPI网络的特性,传统算法不能有效聚类.文中提出一种基于蜂群和广度优先遍历的聚类算法.为避免噪声点对实验结果的干扰,在预处理阶段利用距离-密度算法确定聚类个数,剔除噪声点.然后利用结点网络综合特征值确定初始聚类中心,利用广度优先遍历搜索算法进行聚类.再采用改进的蜂群算法自动寻找最优合并阈值.最后用正确率和查全率对该算法进行性能评价并对算法中一些重要参数进行仿真分析,仿真结果表明该聚类算法有效提高PPI网络的聚类效果.
- 田建芳雷秀娟
- 关键词：聚类蜂群算法
- 蛋白质相互作用网络的蜂群信息流聚类模型与算法被引量：13
- 2012年
- 蛋白质相互作用网络的聚类算法研究是充分理解分子的结构、功能及识别蛋白质的功能模块的重要方法.很多传统聚类算法对于蛋白质相互作用网络聚类效果不佳.功能流模拟算法是一种新型聚类算法,但该算法没有考虑到距离的作用效果并且需要人为地设置合并阈值,带有主观性.文中提出了一种新颖的基于蜂群优化机理的信息流聚类模型与算法.该方法中,数据预处理采用结点网络综合特征值的排序来初始化聚类中心,将蜂群算法的蜜源位置对应于其聚类中心,蜜源的收益度大小对应于模块间的相似度,采蜜蜂结点的所有邻接点按照结点网络综合特征值的降序排列,作为侦察蜂的搜索邻域.采用正确率、查全率等指标对聚类效果做出客观评价,并对算法的一些关键参数进行仿真、对比与分析.结果表明新算法不仅克服了原功能流模拟算法的缺点,且其正确率和查全率的几何平均值最高,能够有效地识别蛋白质功能模块.
- 雷秀娟田建芳
- 关键词：信息流蜂群算法聚类蛋白质相互作用网络
- 基于人工蜂群繁殖机制的PPI网络聚类方法
- 本发明公开了一种基于人工蜂群繁殖机制的PPI网络聚类方法，具体包括如下步骤：将PPI网络转化为无向加权图；参数设置；对PPI网络的每个结点和边预处理；计算所有结点的加权网络综合特征值；初始化蜂后；婚飞过程；幼蜂的局部搜索...
- 雷秀娟李永明田建芳裘国永吴爽尤梦丽
- 文献传递
- PPI网络的群智能信息流模型与算法研究
- 随着对生物信息学的不断研究,人们发现生物功能都是通过一批基因的相互作用形成网络而得以发挥的,因此采用“相互作用-网络-功能”新思路,整合基因、蛋白质的不同方面进行基因功能分析,是当前基因组研究的新方向。在一个生命体内所有...
- 田建芳
- 关键词：蛋白质相互作用网络人工蜂群算法直觉模糊集
- 文献传递
- 基于人工蜂群繁殖机制的PPI网络聚类方法
- 本发明公开了一种基于人工蜂群繁殖机制的PPI网络聚类方法，具体包括如下步骤：将PPI网络转化为无向加权图；参数设置；对PPI网络的每个结点和边预处理；计算所有结点的加权网络综合特征值；初始化蜂后；婚飞过程；幼蜂的局部搜索...
- 雷秀娟李永明田建芳裘国永吴爽尤梦丽
- 文献传递
