石秀凡
- 作品数：29 被引量：154H指数：6
- 供职机构：中国科学院昆明动物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划教育部科学技术研究重点项目更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 酵母内含子在基因序列中的分布对基因转录效率的影响被引量：10
- 2003年
- 对酵母中高效转录和低效转录基因内含子序列寡核苷酸使用情况的对照分析 ,显示两类内含子的序列结构有差异 ,并且高效转录基因内含子序列含有较多潜在的转录因子结合位点 ,由此推测内含子可能参与基因转录的调控 .这个结论有待更多的数据证实 .对内含子和外显子在两组基因序列中的分布 (长度、位置等 )进行详细比较分析后显示 ,高效转录基因内含子和低效转录基因内含子的长度有比较明显的界限 .两组基因中外显子长度的均值虽然有些差异 ,却没有明显的界限 .基因序列长度与外显子长度的情况相似 .虽然内含子的相对位置在两类基因中都很靠近 5′端 ,但是从实际位置看 ,高效转录基因中比较多的内含子很靠近基因的 5′端 ,有些则位于 5′ UTR区域 .这些结果提示 ,基因的转录效率与内含子的长度有关 ,与外显子及基因序列的长度无关 ,内含子的位置也可能影响转录效率 ,内含子对基因转录的调控可能与基因上游的转录调控有关联 。
- 张静石秀凡杨恒芬
- 关键词：酵母基因序列基因转录
- 酵母基因中转录正调控内含子序列特征的统计分析被引量：13
- 2003年
- 大量实验研究显示 ,真核基因的许多内含子具有调控转录的功能 ,但是对此问题尚缺乏全面的研究 .观察一些酵母基因的转录频率与基因的内含子序列后 ,发现一个值得注意的现象 :转录频率高的基因内含子序列一般都比较长 ,而转录频率低的基因内含子一般都比较短 .这提示高效转录基因的较长内含子中可能含有某些增强基因转录的特征性结构 .于是选取两组酵母基因的内含子进行详细研究 ,第一组的基因具有较高的转录频率 (>30 ) ,第二组的基因转录频率较低 (≤ 10 ) .对寡核苷酸 (主要是四核苷酸、五核苷酸 )的出现频率进行统计比较分析 ,探测到一批寡核苷酸 ,它们在第一组内含子中出现的频率显著高于在第二组内含子中出现的频率 ,同时也显著高于与第一组内含子相邻的外显子中的出现频率 .其中一些寡核苷酸与实验研究得到的转录调控元件相同 .从这批寡核苷酸在内含子和外显子序列中的分布看 。
- 张静石秀凡
- 关键词：酵母基因转录内含子
- 大肠杆菌基因中密码子前后碱基的使用与蛋白质结构被引量：6
- 2001年
- 对一组E.coli基因中编码蛋白质各类二级结构 (α -螺旋、β-折叠片、无规卷曲和回折 )的密码子前后碱基的使用情况进行统计分析和比较 ,发现一些密码子前后碱基的使用有偏向 ,而且这些偏向与蛋白质的二级结构有关联。这同时亦表明 ,E.coli基因中同义密码子的选用与蛋白质的二级结构有一些关联。模型对于蛋白质结构预测算法的改进以及基因工程的研究有辅助作用。
- 张静顾宝洪石秀凡刘次全
- 关键词：蛋白质二级结构MRNA密码子同义密码子
- 溶剂环境对生物大分子电子结构的影响
- 陈润生倪向善肖奕石秀凡凌伦
- 该项研究建立了联合对称操作的Ｍｏｎｔｅ Ｃａｒｌｏ模拟技术，并与德国已有的从头计算晶体轨道法、互洽场方法组合起来，实现了能真实反映水和无机离子对生物大分子能带影响的精确方法；用上述方法系统地研究了水和无机离子对α－、β...
- 关键词：
- 关键词：分子结构生物学环境影响电子结构脱氧核糖核酸蛋白
- 人类基因中同义密码子的偏好与密码子-反密码子间的结合强度密切相关吗?被引量：42
- 2000年
- 分析了78个人类基因(19 967个密码子)中同义密码子的偏好使用情况, 计算了同义密码子的相对使用度和各种二核苷酸在密码子2,3位和3,4位的相对出现频率. 同时计算了密码子-反密码子碱基以Watson-Crick 配对时的堆积能. 结果显示人类基因对同义密码子的选择在所有密码子家族中都呈现明显一致的偏好：即偏好使用密码子-反密码子结合作用强的密码子, 恰好是以C结尾的密码子; 避免使用结合作用中度的密码子. 依据结果和数据分析, 推测人类基因对密码子的选择除了受基因组结构中isochore和genome signature 的影响外, 还和密码子-反密码子结合强度密切相关. 这些因素共同作用于人类基因, 从而在所有密码子家族中都呈现出对同义密码子明显一致的偏好现象.
- 石秀凡黄京飞梁宠荣柳树群谢君刘次全
- 关键词：同义密码子人类基因
- 蛋白质内含子的特征序列分析及模体修正被引量：1
- 2000年
- 自从1990年在Saccharomydes cerevisiae 腺苷三磷酸核苷酸酶中发现第1个蛋白质内含子(Sce VMA)后, 蛋白质内含子的数量在不断增多. 分析这些新的蛋白质内含子序列, 对正确认识它们的序列特征是非常必要的. 通过系统搜索核酸以及蛋白质序列数据库, 收集到蛋白质内含子101个, 其中含LAGLI-DADG 自导引核酸内切酶模体的蛋白质内含子序列69个. 由于典型蛋白质内含子是包含自导引核酸内切酶模体的, 而且占蛋白质内含子的绝大多数, 所以只分析这69个典型蛋白质内含子. 发现这些蛋白质内含子的分布在物种以及蛋白质种类之间都有其特殊性. 通过多序列联配还发现了蛋白质内含子在序列上的一些新特征, 并对已有的蛋白质内含子的模体进行修正.
- 谢君黄京飞石秀凡刘次全
- 关键词：蛋白内含子插入位点
- 细菌视紫红质的构象模拟和视黄醛的顺反异构模型被引量：3
- 1989年
- 本文在细菌视紫红质构象模拟的基础上提出了一个视黄醛顺反异构模型.该模型中视黄醛的C_(13)—C_(14)与Lys—216的C~δ—C^e处于一直线上,这样,顺反异构只涉及视黄醛C_(15)和Lys—216的N~ζ绕此直线为抽的旋转.理论计算表明,这是一种空间障碍最小的模型,并能通过Asp—96和Asp—212传递质子.
- 凌伦奖倪向善陈润生石秀凡
- 关键词：视紫红质构象
- 预测蛋白质二级结构的人工神经元网络方法被引量：4
- 1989年
- 本文独立地建立了用人工神经元网络预测蛋白质二级结构的方法,并通过分析我们提出的分布矩阵(表达每一类构象被预测成所有各类构象的可能性的矩阵),对于这一方法的误差以及造成误差的可能的原因进行了较过去更为深入的分析.并在此基础上提出了一种修正的学习方法,结果对于规则二级结构(α螺旋和β折叠)的预测精度和相关系数均有提高.
- 王化军陈润生倪向善石秀凡凌伦奖
- 关键词：蛋白质结构
- 部分力偏倚蒙特卡罗方法和它在计算相对自由能中的应用
- 1993年
- 提出了一种部分力偏倚蒙特卡罗模拟方法,其中力偏倚仅用于体系中每个分子质心的平动而不用于分子的转动.此方法的总体效益较之先前几种方案为佳,同时报导了该方法在自由能微扰计算中的具体应用.
- 倪向善陈润生石秀凡
- 关键词：蒙特卡罗模拟自由能
- P53蛋白质R175残基替换的分子动力学研究被引量：1
- 2000年
- 利用 p53蛋白质核心区晶体结构作分子动力学研究发现 ,除了生化方面的稳定性之外 ,该区还具有分子动力学上的高度稳定性。在此基础上作的R175残基替换分子动力学研究显示 ,p53蛋白质核心区175位点精氨酸被其他残基替换后能引起 p53蛋白质核心区L2、L3结构域间的密切联系趋于松散 ,正常的空间构象发生改变并使整个核心区结构稳定性受到破坏。这一研究从三维结构变化上 ,直观地解释了R175残基替换造成的p53蛋白质免疫和生化特性改变的结构机制。
- 张彦石秀凡刘次全
- 关键词：P53蛋白质分子动力学
