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倪向善

作品数：10 被引量：14H指数：3
供职机构：中国科学院生物物理研究所更多>>
发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金更多>>
相关领域：生物学更多>>

合作作者

文献类型

  • 9篇期刊文章
  • 1篇科技成果

领域

  • 10篇生物学

主题

  • 5篇分子
  • 3篇蛋白
  • 2篇多聚
  • 2篇水分子
  • 2篇作用势
  • 2篇缬氨酸
  • 2篇网络
  • 2篇相互作用势
  • 2篇离子
  • 2篇两性离子
  • 2篇氨酸
  • 2篇从头算
  • 1篇蛋白质二级结...
  • 1篇蛋白质结构
  • 1篇电子结构
  • 1篇动力学
  • 1篇动力学研究
  • 1篇多聚体
  • 1篇胰凝乳蛋白酶...
  • 1篇神经网

机构

  • 10篇中国科学院
  • 1篇武汉大学

作者

  • 10篇陈润生
  • 10篇倪向善
  • 9篇石秀凡
  • 6篇凌伦奖
  • 5篇王化军
  • 1篇肖奕

传媒

  • 7篇生物物理学报
  • 2篇科学通报

年份

  • 1篇1993
  • 1篇1991
  • 4篇1990
  • 3篇1989
  • 1篇1900
共 10 条 记 录，以下是 1-10
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排序方式：
预测蛋白质二级结构的人工神经元网络方法被引量：4
1989年
本文独立地建立了用人工神经元网络预测蛋白质二级结构的方法,并通过分析我们提出的分布矩阵(表达每一类构象被预测成所有各类构象的可能性的矩阵),对于这一方法的误差以及造成误差的可能的原因进行了较过去更为深入的分析.并在此基础上提出了一种修正的学习方法,结果对于规则二级结构(α螺旋和β折叠)的预测精度和相关系数均有提高.
王化军陈润生倪向善石秀凡凌伦奖
关键词：蛋白质结构
部分力偏倚蒙特卡罗方法和它在计算相对自由能中的应用
1993年
提出了一种部分力偏倚蒙特卡罗模拟方法,其中力偏倚仅用于体系中每个分子质心的平动而不用于分子的转动.此方法的总体效益较之先前几种方案为佳,同时报导了该方法在自由能微扰计算中的具体应用.
倪向善陈润生石秀凡
关键词：蒙特卡罗模拟自由能
水对多聚α-门冬酰胺能带结构的影响被引量：1
1989年
本文练合使用了Monte Carlo(MC)方法;互洽场(MCF)方法和从头计算的晶体轨道(ab initio CO)方法,首先研究了无限周期的多聚α-门冬酰胺的水溶液结构.进而,研究了该水结构对多聚α-门冬酰胺能带结构的影响.结果表明:水的存在增加了多聚α-门冬酰胺的禁带宽度约0.5电子伏.这一结果与水对多聚α-甘氨酸和多聚α-丙氨酸的影响是有差别的.
陈润生倪向善石秀凡凌伦奖
无限Li链中非对称局域杂质的Hartree-Fock green matrix SCF研究
1990年
多聚体、生物分子,如DNA,蛋白质等都具有周期性结构。由于局域微扰(如化学吸附、痛突变等)会使得它们的平移周期性被破坏。自从Koster-Slater模型提出以来,经Callaway、Kertesz、Biczo、Ladik、Seel等人的发展,格林函数方法用于处理这类问题正逐步完善起来。但迄今,收敛仍然十分困难。在以前的工作中,本文作者之一(陈润生)曾首次在对称局域微扰条件下,得到自洽的数值解。本文的目的是将模型研究推广到非对称微扰的情况。通过计算我们得到了满意的结果。
陈润生李晓春倪向善
关键词：多聚体生物分子
溶剂环境对生物大分子电子结构的影响
陈润生倪向善肖奕石秀凡凌伦
该项研究建立了联合对称操作的Ｍｏｎｔｅ Ｃａｒｌｏ模拟技术，并与德国已有的从头计算晶体轨道法、互洽场方法组合起来，实现了能真实反映水和无机离子对生物大分子能带影响的精确方法；用上述方法系统地研究了水和无机离子对α－、β...
关键词：
关键词：分子结构生物学环境影响电子结构脱氧核糖核酸蛋白
细菌视紫红质的构象模拟和视黄醛的顺反异构模型被引量：3
1989年
本文在细菌视紫红质构象模拟的基础上提出了一个视黄醛顺反异构模型.该模型中视黄醛的C_(13)—C_(14)与Lys—216的C~δ—C^e处于一直线上,这样,顺反异构只涉及视黄醛C_(15)和Lys—216的N~ζ绕此直线为抽的旋转.理论计算表明,这是一种空间障碍最小的模型,并能通过Asp—96和Asp—212传递质子.
凌伦奖倪向善陈润生石秀凡
关键词：视紫红质构象
用神经网络法预测膜蛋白RH和BR的二级结构被引量：6
1990年
膜蛋白的结构预测目前还十分困难.本文以两个典型的膜蛋白为选材,用神经网络方法对其二级结构做了预测.预测结果与实验资料的符合率与该方法用于球蛋白时的结果一致,因此是较好的.鉴于目前还没有人将此方法用于膜蛋白的结构预测.我们拟进一步发展此方法.
陈润生王化军倪向善石秀凡
关键词：膜蛋白RHBR神经网络法
基于从头计算的丙氨酸、缬氨酸两性离子和水分子的相互作用势
1991年
用理论方法研究生物分子的水溶液时,常要用到水和生物分子的相互作用势。在水和氨基酸的相互作用势方面,关于中性氨基酸的研究目前已有很多,而关于氨基酸两性离子的研究却相对很少。事实上,在水溶液中氨基酸主要以两性离子的形式存在。因此,构造更多的水和氨基酸两性离子的相互作用势是很有意义的。近年来,我们已在这方面做了些工作,先后构造了水和丙氨酸两性离子及缬氨酸两性离子的相互作用势。本文的目的是构造一个同时适合这两种情况的相互作用势,以期提高势函数的普适性。
凌伦奖倪向善石秀凡王化军陈润生
关键词：从头算相互作用势
全文增补中
基于从头算的缬氨酸两性离子和水分子的相互作用势
1990年
本工作分两个阶段,第一阶段用从头算方法计算纳氨酸两性离子同处于160种不同位置的水分子的相互作用能,计算时采用最小基组并进行了基组重叠修正,最后还对计算得的相互作用能用Slater-Kirwood公式作色散能修正.第二阶段是势函数拟合的工作,做法是舍弃12个相互作用能大于5Kcal/mole或原子间距离小于1.68(?)的布点,对其余148个布点进行拟合.拟合结果的标准偏差为SD=0.48Kcal/mole.
凌伦奖倪向善王化军陈润生石秀凡
关键词：缬氨酸两性离子水分子相互作用
胰凝乳蛋白酶原激活过程的分子动力学研究
1990年
本文报道了我们使用分子动力学方法模拟胰凝乳蛋白酶原激活过程的研究.使用我们所提出的虚拟势法,通过对不加虚拟势和加大小不等的虚拟势的几种情形的模拟和比较,对于激活过程可能具有的时间尺度以及过程中势垒的位置及性质都给出了一定的信息,这是只用普通(?)分子动力学方法不易达到的.
王化军凌伦奖倪向善陈润生石秀凡
关键词：分子动力学
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