程春林
- 作品数：9 被引量：80H指数：6
- 供职机构：中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家科技重大专项艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 中国南方四省区流行的HIV-1 CRF01_AE病毒株基因特征研究被引量：18
- 2009年
- 目的分析中国南方四省区HIV-1感染者中流行CRF01_AE病毒株的遗传特征。方法从广东、广西、江西和湖南省（自治区）2006年新报告HIV-1感染者的血浆样本中提取病毒RNA，用反转录／巢式PCR方法扩增gag和env基因片段，对获得的CRF01_AE病毒株核酸序列进行系统进化分析，并通过计算基因距离和Entropy核苷酸多态性差异方法分析毒株的遗传特征。结果从210例CRF01_AE病毒株感染者中，发现四省区流行的CRF01_AE病毒株存在2个主要的流行簇。流行簇Ⅰ共有123例样本，未发现与之直接相关的国际参考毒株。流行簇Ⅱ共有57例样本，与越南CRF01AE病毒株关系密切，且存在不同时间样本的混杂。gag和env基因遗传距离分析结果表明，流行簇Ⅰ内基因遗传多样性均明显小于流行簇Ⅱ；核苷酸多态性分析结果显示，在gag基因片段42个位点核苷酸组成具有显著差异，env基因片段40个位点核苷酸组成存在显著差异；流行簇Ⅰ相对于流行簇Ⅱ多态性减少的位点上有61个，多态性增加的位点有21个。结论在中国南方四省区流行的CRF01_AE病毒株中首次观察到2个独立的流行簇。流行簇I病毒株为该地区最主要的CRF01_AE病毒株，其流行时间相对较短，在人群中所占比例较多，可能是病毒在流行过程中形成的具有传播优势的病毒株。流行簇Ⅱ病毒与来自于越南的CRF01_AE病毒株有较高同源性，且存在与越南病毒株问的多次传播。
- 程春林冯毅何翔林鹏梁淑家易志强贺健梅胡园园邢辉范雁吴士良邵一鸣
- 关键词：病毒株HIV-1进化分析
- 我国南方四省HIV-1 CRF01_AE流行毒株基因特征研究
- 目的：分析我国南方四省HIV-1感染者中流行的CRF01_AE毒株的遗传特征。
方法：从广东、广西、江西和湖南2006年新报告HIV-1感染者的血浆样本中提取病毒RNA，用逆转录/巢式PCR方法扩增gag和en...
- 程春林
- 关键词：HIV-1CRF01_AE流行毒株
- 文献传递
- 静脉注射吸毒感染者体内HIV-1CRF07_BC的准种变异特征被引量：3
- 2013年
- 为了研究静脉注射吸毒者(IDU)体内HIV-1CRF07_BC病毒准种变异和遗传多样性特征,本文采用单基因组扩增(SGA)技术分别从6份CRF07_BC感染者血浆获得HIV-1病毒准种env基因gp120片段序列11～28条,采用构建系统进化树的方法进行聚类分析,描述感染者血浆中CRF07_BC病毒准种的变异特征;运用Simplot软件、分段系统进化树和对平均两两比对基因距离进行遗传多样性作图(Diversity plot)的方法分析病毒准种间的重组。系统进化树分析结果显示仅1个病例具有较高的遗传同质性,而其他5个病例的遗传异质性较高,主要表现为系统进化树上形成2～4个次级进化簇。此外,有3个病例存在病毒准种间的重组。本研究表明SGA技术能有效地分析感染者体内病毒准种复杂的变异特征。
- 辛若雷马泽芹程春林邢辉洪坤学阮玉华李佳卢红艳邵一鸣何翔
- 关键词：人类免疫缺陷病毒病毒准种
- 安徽省人类免疫缺陷病毒1型流行毒株基因序列变化和亚型特征分析被引量：6
- 2009年
- 我国人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus 1，HIV-1）流行毒株亚型复杂，自1996年以来，已报道A，B，B′，C，D，F，亚型CRF01_AE，CRF02AG和CRF_BC重组毒株等亚型在我国同时流行。分别在1998和2002年完成的两次全国性HIV分子流行病学调查发现，中国中部省份（包括河南，安徽，湖北等省）的既往采血浆人员感染是中国HIV-1的第二个流行区，
- 吴建军邢辉刘爱文何翔程春林苏斌邵一鸣
- 关键词：人类免疫缺陷病毒1型流行毒株IMMUNODEFICIENCY分子流行病学调查HIV-1
- 凉山州2009年HIV-1主要流行区分子流行病学调查被引量：5
- 2014年
- 目的了解凉山州艾滋病病毒I型(HIV-1)流行毒株的亚型、传播途径和病毒在人群中的分布。方法运用反转录巢式聚合酶链反应(PCR)的方法,扩增2009年凉山州266份血浆样本中HIV的gag基因片段。对获得的核酸序列进行系统进化分析。结果凉山HIV-1的流行毒株为CRF07_BC和CRF08_BC毒株,其中CRF07_BC比例为98.3%,为最主要的流行毒株。266份HIV-1阳性样本中,静脉注射吸毒感染者的比例为63.5%,其次为异性性接触感染者,比例为14.3%。结论凉山HIV-1感染者最主要的感染途径是静脉注射吸毒,最主要的流行毒株是CRF07_BC毒株,具有共同的病毒来源。
- 冯毅梁姝肖林程春林魏静秦光明阮玉华邢辉邵一鸣何翔
- 关键词：分子流行病学
- 适用于中国HIV-1分型的gag基因引物及其应用被引量：18
- 2009年
- 目的对中国流行的主要HIV-1毒株进行遗传特征分析，确定适用于中国HIV分子流行病学调查的gag基因扩增引物。方法从HIV序列数据库下载CRF07_BC、CRF08_BC、C亚型及M组参考毒株的gag全长序列，经序列比对后设计gag基因扩增引物；获得的基因片段采用邻接法构建系统进化树，评价不同片段用于分析和确定HIV-1亚型的可靠性，并检测部分样本以评定效果。结果目前我国常用的gag基因306／c-gag引物扩增片段（HXB2836～1507）构建的系统进化树中，CRF07_BC、C亚型进化簇的Bootstrap值分别为70％和59％，其可靠性较低，难以形成较为稳定的进化簇用于病毒亚型判断。而利用设计的gag基因GUX／GDX引物扩增片段（HXB2781～1861）构建的系统进化树中，CRF07_BC、CRF08_BC和C亚型序列能够独立成簇，其Bootstrap值分别为99％、99％和77％，具有较高的可靠性。在实际应用中，新设计的引物具有较高的扩增阳性率和测序成功率，获得序列形成B、C亚型和CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC等5个大的进化簇，其Bootstrap值均超过80％。即使仅用下游引物GDX测序获得的较短片段亦能获得较为可靠的系统进化树。结论GUX／GDX引物扩增获得的gag基因片段可以构建较为可靠的系统进化树，用于区分和判断我国流行的主要HIV-1毒株亚型，尤其是BC重组毒株和C亚型毒株。该方法在我国HIV分子流行病学调查和研究中有广泛的应用价值。
- 辛若雷冯毅程春林胡园园孟哲峰邢辉邵一鸣何翔
- 关键词：HIV-1流行病学分子基因GAG
- 贵州省HIV-1毒株亚型与艾滋病流行的关系研究被引量：4
- 2011年
- 目的研究HIV-1毒株基因变异与艾滋病在贵州省快速传播之间的关系。方法在不同时间采集贵州省多个地区HIV-1感染者样本共190份，利用巢式PCR扩增gnu和gag基因并测定序列，采用MEGA4．0软件确定样本亚型并分析其与贵州省艾滋病流行之间的关系。结果贵州省HIV／AIDS的报告数从1998年的66例上升到2009年的8435例，7年增加16．38倍。在不同时间采集的样本中共检出B（9例）、B’（4例）、C（2例）、CRF07BC（75例）、CRF08BC（17例）、CRF01AE（64例）等多种亚型的HIV-1毒株；CRF07BC、CRF08BC的eM基因离散率在传播过程中基因多态性不断增大（0．035±0．006→0．092±0．011）。贵州省HIV亚型1998年以B’亚型（4／11）为主，2002年以CRF07BC亚型（26／41）为主，而2007年以CRF01AE（62／119）为主，亚型分布的变化与近年来贵州省艾滋病流行呈现快速上升趋势及2001--2006年以吸毒传播感染为主（吸毒传播感染2610例、性传播感染176例）、2006年后性传播感染人数开始急速上升（吸毒传播感染1713例、性传播感染1833例）的特点有直接关系，HIV主要流行毒株的变化与传播途径高度相关（Z2=41．253，P=0．000）。结论不同亚型毒株随时间和主要感染途径的改变而成为当地的主要流行株，性传播人群是贵州省艾滋病防控的重点。
- 孙显光邢辉李志坚程春林张信辉申莉梅何翔
- 关键词：艾滋病艾滋病病毒
- 河北省2007年HIV-1流行毒株基因序列测定及亚型分析被引量：9
- 2009年
- HIV具有基因易变性特点，为探讨河北省HIV-1感染人群传播特点，监测不同人群中亚型毒株的分布和基因变异规律，开展了此项研究。
- 赵翠英邢辉赵宏儒何翔路新利辛若雷李巧敏程春林李保军邵一鸣
- 关键词：艾滋病病毒基因
- 云南省德宏州2011年HIV-1不同亚型人群分布特征分析被引量：15
- 2012年
- 目的研究云南省德宏州HIV-1亚型的流行特点。方法收集2011年1—5月德宏州HIV-1抗体确认阳性血浆样品300份，提取RNA后用巢式PCR对gag基因和e12v基因的部分片段进行扩增。扩增产物经基因序列测定，所得序列通过构建系统进化树确定HIV-1的分子亚型。结果结合2个基因片段，共有222份样品获得分型结果，主要为C亚型（43．2％，96／222），其他依次为独特重组形式（URF；27．0％，60／222）、CRF01AE（21．2％，47／222）、CRF08BC（5．0％，11／222）、B’（2．3％，5／222）和CRF07BC（1．4％，3／222）。C亚型是性传播人群和注射吸毒人群中的首要亚型，但不同传播途径人群中亚型分布具有不同的模式。异性传播人群包括该地区检测到6种基因型，主要为c亚型（40．7％，70／172）、CRF01AE（25．0％，43／172）和多种URF（25．0％，43／172），呈现亚型分布的多样化。注射吸毒人群中包括除B’和CRF07BC以外的3种亚型及多种URF，主要为C亚型（54．8％，23／42）和uRF（38．1％，16／42），呈现亚型相对集中的趋势。URF比例的显著上升成为该地区的另一个流行特点，包括BC重组（41．7％，25／60）和与CRF01_AE相关的重组（58．3％，35／60），这两种URF在性传播和注射吸毒人群中分布的差异无统计学意义。结论德宏州HIV-1流行株较为复杂，存在5种亚型和多种URF，其中c亚型为主要流行株，不同传播途径亚型分布模式存在差异。
- 陈敏马艳玲苏莹珍陈会超付丽茹贾曼红陆林姚仕堂王继宝杨锦李艳玲段松何翔程春林
- 关键词：人类免疫缺陷病毒-1
