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利用支持向量机预测生物膜蛋白类型被引量：9: 2004年; 利用统计学习理论中的支持向量机(SVM),基于氨基酸组分含量预测生物膜蛋白类型.使用文献中2059个训练集和2625个检验集膜蛋白序列数据,运用统计预测中的校准检验,留一法交叉检验和独立数据集检验方法进行分类预测.结果表明,SVM对膜蛋白类型预测具有明显的优越性,该算法对当前已有方法起到重要的补充作用.; 郭宗明张治洲潘宇曦黄振德冯国鄞贺林; 关键词：支持向量机氨基酸组分

RNA全序列特征可视化提取方法: 一种RNA全序列特征可视化提取方法，主要包括数据预处理、规则选取、元胞自动机CA方法应用及序列图像生成，首先对得到的RNA序列中每个脱氧核糖核酸“A”“T” “G”“U”进行编码，引入一维元胞自动机模型，选用特定的元胞自...; 王猛黄振德杨杰刘国平徐志节姚莉秀; 文献传递

RNA全序列特征可视化提取方法: 一种RNA全序列特征可视化提取方法，主要包括数据预处理、规则选取、元胞自动机CA方法应用及序列图像生成，首先对得到的RNA序列中每个脱氧核糖核酸“A”“T”“G”“U”进行编码，引入一维元胞自动机模型，选用特定的元胞自动...; 王猛黄振德杨杰刘国平徐志节姚莉秀; 文献传递

H5N1血凝素蛋白切割位点的序列研究被引量：2: 2007年; 血凝素(hemagglutinin,HA)能否被切割成HA1和HA2是决定禽流感病毒高致病性的重要因素.分析切割位点的序列,研究其进化规律可以让我们更深入地了解H5N1的高致病性.本研究先通过元胞自动机的方法将HA的基因序列转化为图形,并在图上找到了一段H5N1亚型仅有的特征基因片段.这个特征基因片段包含30个碱基,主要由A和G组成,其对应的氨基酸主要是带正电荷的碱性氨基酸.这个特征氨基酸片段正好处于HA的酶切位点上.通过3D结构的同源模拟,发现H5N1 HA蛋白的切割位点较为暴露,非常有利于各种酶对其进行剪切.本研究还构建了切割位点的分子表面,以进一步分析可能的氨基酸突变将如何影响表面的电荷分布.结果表明,某些突变较大地改变了电荷的表面分布,可能使病毒失去高致病性.H5N1特征氨基酸片段突变情况的统计表明,在时间上,2005年突变案例的比例比前几年上升了许多;而在地域上,中国大陆的突变病毒案例占了绝大比例.这些结果都有助于我们研究病毒高致病力的进化情况.; 郭晓莉朱贻盛李亦学石萍周豪魁姚劲松黄振德魏冬青; 关键词：元胞自动机

基于SARS RNA序列可视化方法的进一步分析与研究被引量：1: 2007年; 我们提出了一种新的基因可视化分析方法。该可视化方法基于元胞自动机(CA)原理,将RNA序列的一维信息转化为二维可视图谱;在将此方法应用到SARS RNA序列的分析中,可以发现SARS-CoV病毒不同于其他非SARS的冠状病毒的RNA序列可视特征;在此基础上,对得到的RNA特征序列进行片断提取,用片断可视化取代全序列可视化,并用主成分分析(PCA),支持向量机(SVM)等算法对RNA片断进行分析。结果证明,SARS-CoV的该类特征具有很好的模式可分性,与模式分析方法的结合则可以作为可视化的佐证,可以更充分地利用特征片断作为判别SARS-CoV的一种非常规的手段。; 刘国平杨杰徐志节王猛黄振德; 关键词：元胞自动机 SARS 可视化主成分分析支持向量机

一种新的SARS DNA序列的可视化分析方法: 2006年; 传统的DNA序列分析方法是对DNA序列的比对,而本文则给出了一种新的DNA分析方法。它是基于S.W o lfram的元胞自动机(CA)原理,将DNA序列的一维信息转化为二维可视图谱。使用本方法应用于SARSDNA序列分析中,并发现一个SARS病毒不同于其他非SARS病毒的DNA序列特征。通过比对已知的冠状病毒家族各病毒株的全序列二维图谱,证明该特征是SARS病毒所特有的,这有助于SARS的临床鉴定。; 徐志节杨杰刘国平王猛黄振德; 关键词：元胞自动机 SARS 可视化

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黄振德