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双歧杆菌Ⅱ型毒素-抗毒素系统-MazEF的分子进化分析: 2014年; 目的:对双歧杆菌属编码的Ⅱ类毒素-抗毒素(TA)系统MazEF进行分子进化分析。方法:利用PSI-BLAST在NCBI中搜索获得双歧杆菌编码的MazF分子序列,在NCBI蛋白数据库、核酸数据库分别下载其他菌属基因组编码的MazF蛋白序列和本研究所涉及菌属的16 S rRNA序列,应用Clustal X2和MEGA4软件对Maz F做分子进化分析。结果:共搜索到双歧杆菌株染色体编码毒素蛋白MazF 26个。分子进化分析显示:整个双歧杆菌属的MazF保守性不好;MazF与16 S rRNA的共进化仅在个别菌种中发现,大部分MazF的聚类结果与相应菌种16 S rRNA的聚类结果不同。结论:双歧杆菌中的TA系统MazEF可能是通过基因的水平转移整合入基因组中,属于菌株非核心基因组部分。; 韦艳霞刘佃滨郑纪伟尤红娟张鹏李阳汤仁仙; 关键词：毒素-抗毒素系统分子进化双歧杆菌

牙龈卟啉单胞菌FtsZ降解试验模型-clpP基因缺失株的构建: 2013年; 目的建立牙龈卟啉单胞菌分裂关键蛋白FtsZ （FtsZPg）体内降解试验模型,即构建蛋白酶编码基因clpP缺失的E.coli MG1655.方法将一段两端含靶基因同源臂的PCR产物电转入L-阿拉伯糖诱导后表达λ噬菌体重组蛋白、具有较强重组能力、含质粒pKD46的菌株E.coli MG1655感受态细胞,以PCR产物中的氯霉素抗性基因替代靶基因.结果利用氯霉素抗性平板筛选阳性重组体,得到E.coli MG1655的ClpP蛋白酶基因敲除突变株.通过琼脂糖凝胶电泳和DNA测序最终鉴定阳性clpP基因缺失株.结论本试验成功构建了E.coli MG1655 clpP敲除株;该敲除株有望在探讨重要牙周致病菌牙龈卟啉单胞菌分裂关键蛋白FtsZPg与蛋白酶clpP的关系中发挥一定作用.; 刘佃滨韦艳霞杨锋杜华丽韩建国; 关键词：牙龈卟啉单胞菌大肠埃希菌

根管感染中产甲烷古细菌基于mcrA序列的系统发育分析被引量：1: 2014年; 目的:分析根管感染中产甲烷古细菌的多样性,建立基于功能基因--甲基辅酶M还原酶(methyl coenzyme M reductase,MCR)基因α亚基(mcr A)的系统发育树。方法:利用一对特异性引物选择性扩增感染根管中产甲烷古细菌的mcr A片段,在此基础上建立mcr A克隆文库。通过蓝白斑筛选的方法,筛选出阳性重组克隆子,进一步通过基因测序获得重组克隆子中的插入片段mcr A序列。利用Clustalx和Mega 4软件包分析mcr A序列,对其进行同源性比较和系统发育学分析。结果:4例根管样本的其中1例检出了产甲烷古细菌;构建了基于mcr A序列的系统发育树。随机选出的8个mcr A克隆片段高度同源,均为类口腔甲烷短杆菌序列型。结论:本例根管感染中产甲烷古细菌的多样性局限于类口腔甲烷短杆菌序列型。; 韦艳霞郑纪伟杨锋刘佃滨; 关键词：根管感染 MCRA 基因系统发育

长双歧杆菌染色体上的基因BLJ_864和BLJ_865构成的Ⅱ型毒素—抗毒素系统: 2014年; 目的鉴定Bifidobacterium longum JDM301(B.longum JDM301)染色体上的BLJ_864、BLJ_865是否构成mazEF家族的一组Ⅱ型毒素—抗毒素系统(TA系统)。方法通过RT-PCR分析BLJ_864和BLJ_865在B.longum JDM301以及E.coli中的共转录;通过将带有BLJ_864和BLJ_865的完整操纵子的质粒转化入E.coli,证明同一操纵子中的BLJ_864、BLJ_865所编码的抗毒素蛋白和毒素蛋白共表达;通过在E.coli中单独表达BLJ_864编码的毒素蛋白或将其与BLJ_865编码的抗毒素蛋白共表达,鉴定BLJ_864编码的毒素蛋白对细菌生长的抑制作用及其对应的BLJ_865编码的抗毒素蛋白能否消除毒素蛋白的生长抑制作用。结果 BLJ_864和BLJ_865构成一个二元操纵子,两者在其天然菌株B.longum JDM301中可以共转录;异丙基-β-D硫代半乳糖苷(IPTG)诱导下,BLJ_864和BLJ_865所编码的抗毒素蛋白和毒素蛋白在异源宿主E.coli中共表达。BLJ_864编码的毒素蛋白的表达抑制异源宿主E.coli的生长,而将BLJ_865所编码的抗毒素蛋白与BLJ_864编码的毒素蛋白共表达则可以拮抗毒素蛋白的生长抑制作用。结论 B.longum JDM301基因组中的假定基因BLJ_864和BLJ_865编码一组有功能的、隶属mazEF家族的Ⅱ型TA系统。; 韦艳霞叶露刘佃滨郭晓奎; 关键词：长双歧杆菌

大肠埃希菌MG1655 Lon蛋白酶编码基因敲除株的构建: 2014年; 目的构建Lon蛋白酶编码基因缺失的大肠埃希菌（E．coli MG1655）菌株。方法PCR扩增基因序列，该序列两端与Lon蛋白酶基因部分序列同源，中间部分为氯霉素抗性基因。电转化法将该片段转入大肠埃希菌MG1655。利用宿主菌-大肠埃希菌MG1655内pKIM6编码的入重组系统，以PCR产物中的氯霉素抗性基因替代靶基因-Lon编码基因。氯霉素抗性平板筛选阳性重组体，琼脂糖凝胶电泳和DNA测序两种方法鉴定lon敲除突变株。结果氯霉素抗性平板成功筛选出重组菌株，基因检测结果表明Lon编码基因被氯霉素抗性基因替代。结论本研究通过该方法成功获得了E．coliMG1655蛋白酶编码基因lon敲除突变株，为探讨大肠埃希菌Lon在牙菌斑形成中的作用奠定了基础。; 韦艳霞李阳刘佃滨; 关键词：基因敲除大肠埃希菌牙菌斑

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刘佃滨