李坦
- 作品数：9 被引量：74H指数：6
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- 控制玉米籽粒淀粉含量QTL定位
- 玉米是我国第一大粮食作物,在国民经济中占有重要的作用。玉米籽粒主要由蛋白质、淀粉、油分及维生素等成分组成。其中,淀粉含量约为75%。目前控制淀粉含量的基因或位点尚不明确。我们利用玉米重组自交系群体(211个单株)对玉米淀...
- 张晓林吕远大李坦赵涵
- 文献传递
- 玉米持家基因及组织特异性基因的鉴定与分析
- 随着高通量转录组分析技术的发展,在人类中已经展开了关于持家基因及组织特异性基因的全面研究。玉米作为当前第一大粮食作物,该方面的结果却鲜有报导。本研究利用转录组测序（RNA-seq）及基因芯片技术,筛选来源于不同基因型,不...
- 林峰李坦蒋璐赵涵
- 文献传递
- 玉米YABBY基因家族的全基因组鉴定与分析被引量：12
- 2014年
- YABBY基因家族作为植物特有的转录因子家族,在调控植物侧生器官发育中发挥重要作用。本研究利用玉米全基因组数据分析玉米YABBY基因家族,阐明该基因家族成员结构、系统进化发育关系以及基因家族成员在玉米不同组织及不同发育时期的表达谱。结果显示,玉米参考基因组中存在13个YABBY基因,命名为Zm YABBY1~Zm YABBY13,根据系统发育关系和序列相似性将该基因家族分为4亚类S1~S4。RNAseq数据显示玉米YABBY基因在籽粒、茎和茎端分生组织（Shoot apical meristem,SAM）、幼胚及叶片中有较高表达,预示玉米YABBY基因可能在上述器官发育中发挥调控作用。本研究结果为进一步解析该基因家族的功能奠定了研究基础。
- 葛敏吕远大张体付李坦张晓林赵涵
- 关键词：玉米YABBY转录因子表达谱
- 利用玉米高通量RNA-Seq数据预测长链非编码RNA(LncRNA)被引量：4
- 2013年
- 非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)是指不具备编码蛋白质能力的RNA。其中,一类长度大于200 nt的长链非编码RNA(Long noncoding RNA,LncRNA)因其在多层面对基因表达存在调控作用而逐渐成为研究热点。但是由于缺乏有效、准确的预测手段,植物中LncRNA研究相对滞后。本研究结合植物基因组特点以及高通量RNA测序数据,通过生物信息学手段发展、优化了一套基于RNA-Seq数据的植物LncRNA筛选及鉴定方法。随后,利用玉米B73顶端分生组织RNA-Seq数据,预测了6 122条玉米LncRNA,并对其进行了全基因组物理定位。该方法为LncRNA鉴定和后续的功能分析提供了重要的基础。
- 吕远大李坦张晓林赵涵
- 关键词：长链非编码RNA生物信息学玉米
- 玉米Dof转录因子家族的全基因组鉴定与分析被引量：11
- 2014年
- 【目的】全基因组水平鉴定并解析玉米Dof(DNA binding with one finger)基因家族。【方法】基于玉米V3基因组数据鉴定玉米Dof基因家族,并从基因的结构、系统发育关系、染色体的位置分布、玉米不同组织和不同生理发育阶段基因的表达谱以及在充足氮(sufficient nitrogen,SN)和低氮(limiting nitrogen,LN)条件下V3期叶组织基因的差异表达5个方面分析玉米Dof基因家族。【结果】玉米参考基因组中存在46个Dof结构域基因,命名为Zm V3Dof1—Zm V3Dof46。通过系统发育关系和序列相似性将该基因家族分为8个亚类(Subgroup)S1—S8,每个亚类有3—8个Dof基因。通过分析该家族染色体分布,发现玉米10条染色体,除Chr.9外,均有Dof基因的分布,其中,在Chr.1上分布最为密集,有12个Zm V3Dofs;在Chr.5和Chr.3上分布次之,分别为8和7个Zm V3Dofs;在其他染色体上则分布较少,此外,Dofs在Chr.1的底部、Chr.5的顶部和底部分布密度相对较高。表达谱分析结果表明,Dof基因家族成员在不同组织及不同发育阶段均有差异表达,预示不同Dof基因功能的多样性以及在植物发育过程中扮演着不同角色,且同一亚类Dof基因表达模式存在一定程度的相似性。此外,玉米Dof基因家族对氮响应较为敏感,充足氮(SN)和低氮(LN)条件下,V3期叶组织基因的RNAseq表达结果显示35个Dof基因在2种氮处理下表达量存在差异,其中13个基因表达量差异较大。值得注意的是21个Dof基因在低氮处理下表达量上调,其中8个基因只在低氮条件下表达。【结论】基于最新版基因组数据鉴定玉米在自交系B73基因组中存在46个Dof基因,Dof基因家族成员参与玉米不同生理发育过程中,部分基因可能在氮代谢调控中发挥积极作用。
- 葛敏吕远大李坦张体付张晓林赵涵
- 关键词：玉米DOF转录因子基因家族
- 玉米籽粒主要性状与蛋白质含量的相关性被引量：7
- 2014年
- 为了探明玉米籽粒主要性状之间的相关性,以蛋白含量不同的2个亲本进行杂交的F2群体367个单株的籽粒蛋白质含量与百粒质量、籽粒面积、淀粉含量、含油量的相关性进行了系统研究,旨在为玉米高蛋白育种杂交后代选择提供理论依据。结果表明,蛋白含量与百粒质量、籽粒面积、含油量之间均为负相关,但相关程度不显著;与淀粉含量呈现显著负相关。因此可用低淀粉含量作为高蛋白育种中的间接选择性状。
- 张晓林徐韦李坦吕远大赵涵
- 关键词：高蛋白玉米蛋白质含量籽粒性状淀粉含量
- 基于海甘蓝RNA-Seq序列开发EST-SSR分子标记被引量：7
- 2014年
- 利用油料作物海甘蓝(十字花科)发育时期种子的RNA-Seq测序数据组装获得186 778条cDNA重叠群(Contigs)序列,通过MISA和Primer 3程序设计了6 639个EST-SSR分子标记。在这些标记中,除了单核苷酸重复(45%)外,三核苷酸重复的SSR是最常见的碱基重复类型(29%),其次是双核苷酸型(10%)、五核苷酸型(7%)、六核苷酸型(5%)和四核苷酸型(2%)型。采用电子定位的方法将1 206个EST-SSR标记定位到近缘种白菜(Brassica napa)的基因组上。依据引物在白菜基因组中的分布,挑选了20条EST-SSR引物在海甘蓝中进行PCR验证,其结果显示所有引物均能够扩增出符合预期大小的PCR片段。这些新开发的EST-SSR引物可以作为功能标记应用于海甘蓝的分类鉴定、遗传图谱构建、种质资源鉴定以及分子标记辅助育种工作中。
- 戚维聪程计华黄邦全李坦林峰
- 关键词：海甘蓝分子标记
- 藜麦EST-SSR的开发及通用性分析被引量：20
- 2016年
- 藜麦因营养均衡受到越来越多的关注,但尚未深入开展其基础研究。开发微卫星序列重复SSR分子标记将为藜麦的遗传分析提供重要资源。本研究利用NCBI数据库中藜麦RNA测序RNA-Seq及表达序列标签EST数据挖掘、验证及评价藜麦EST-SSR,共发现1862个藜麦非单核苷酸EST-SSR。其中,二核苷酸重复最多(38.3%),六核苷酸重复最少(11.7%)。不同重复类型SSR的数量随着核苷酸数目的增加呈下降趋势。在随机选取验证的119个EST-SSR标记中,66(55.9%)个能够扩增出清晰条带,39个在4份藜麦资源中具有多态性,且其多态性与重复序列长度不具有显著相关性。t测验显示,多态性EST-SSR在藜麦与其他藜科种质间不存在显著差异,说明其具有良好的通用性,可用于藜科物种的遗传关系分析。
- 张体付戚维聪顾闽峰张晓林李坦赵涵
- 关键词：EST-SSR分子标记
- 基于全基因组重测序信息开发玉米H99自交系特异分子标记被引量：14
- 2014年
- 随着基因组测序技术和计算生物学的发展,利用生物信息学的方法大规模挖掘基因组特异分子标记已成为可能。玉米自交系H99具有较强的可再生能力,是玉米转基因研究的主要供体材料,但是目前对H99基因组信息了解甚少。本研究利用高通量Illumina测序技术,对H99全基因组进行重测序,利用生物信息学手段大规模挖掘并开发了4043个H99特异性的SSR分子标记。随后利用模拟PCR策略,对开发的SSR分子标记进行电子多态性筛选,针对B73×H99、Mo17×H99和B73×Mo17三个群体亲本组合共开发2699候选的特异多态性SSR分子标记。随机挑选20对SSR分子标记对群体亲本B73、H99和Mo17进行多态性筛选,进一步证实候选的多态性具有95%的准确率。此外,基于B73参考序列对开发的多态性SSR分子标记进行全基因组染色体定位及基因注释,揭示了候选多态性SSR分子标记在全基因组及基因内的分布特征。为玉米自交系H99开发了大量的分子标记资源,同时也为快速开发品种间多态性分子标记提供了一套高效可行的分析方法。
- 吕远大李坦石丽张晓林赵涵
- 关键词：高通量测序
