吕远大
- 作品数：35 被引量：131H指数：7
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- Opaque2转录因子对玉米α-醇溶蛋白基因家族成员表达的影响
- 2015年
- 醇溶蛋白是玉米主要的储存蛋白,其中α-醇溶蛋白含量最为丰富,对玉米籽粒品质有重要影响。本研究利用全基因组数据鉴定α-醇溶蛋白基因家族,并从基因保守motif、玉米籽粒不同发育时期基因的表达谱以及转录因子Opaque2对该家族成员表达的影响3个方面分析玉米α-醇溶蛋白基因家族。结果显示,玉米参考基因组中存在39个α-醇溶蛋白基因,其中z1A、z1B、z1C和z1D 4个亚族成员分别为12个、8个、14个和5个。基因保守motif分析发现该家族基因序列高度保守。表达谱分析结果显示该家族表达模式差异较大,其中z1A亚族在籽粒发育时期表达量最高。利用RNA-seq数据剖析在种子发育阶段Opaque 2(O2)野生型和突变体编码该家族成员的表达差异,结果显示O2突变体中z1C亚族成员表达显著下调,z1A亚族表达略有下调,z1B和z1D亚族成员表达量没有显著的变化。本研究在重新注释α-醇溶蛋白家族成员信息的基础上,对该家族的表达谱进行了分析,为今后玉米籽粒品质育种提供了必要遗传信息。
- 李国锋葛敏吕远大
- 关键词：玉米
- 一种小麦抗白粉病基因Stpk-V的标记引物及应用
- 本发明提供一种小麦抗白粉病基因<I>Stpk‑V</I>的标记引物以及其在抗小麦白粉病<I>Stpk‑V</I>基因检测中的应用，该标记引物InDel<Sub>w190</Sub>由核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示...
- 杨学明吕远大周淼平姚金保杨丹马鸿翔
- 文献传递
- 玉米SPP基因家族的全基因组鉴定及表达分析被引量：5
- 2019年
- 磷酸蔗糖磷酸酶(sucrose-phosphate phosphatase,SPP)是蔗糖生物合成途径中的关键酶,其主要作用是将蔗糖-6-磷酸水解成蔗糖。本研究利用生物信息学手段从玉米基因组中鉴定了2个SPP家族基因,命名为ZmSPP1和ZmSPP2,并从系统发育关系、蛋白结构域、基因结构和表达模式等方面分析了该基因家族的特征。结果发现,ZmSPP基因在基因结构上存在明显差异,但其编码蛋白的理化性质高度相似,并且均含有S6PP结构域和S6PP_C结构域。表达谱分析显示,ZmSPP在玉米各组织中均有表达,但ZmSPP1的表达水平显著高于ZmSPP2,这暗示ZmSPP1可能在玉米蔗糖-6-磷酸水解过程中扮演重要作用。进一步分析授粉阻断后的叶片RNA测序数据,结果表明阻断授粉可以抑制玉米叶片中ZmSPP1基因表达,但不影响ZmSPP2基因表达。本研究将为进一步解析玉米ZmSPP基因的功能提供重要依据。
- 何冰时丕彪吕远大陈国祥
- 关键词：家族基因生物信息学表达谱
- InDel分子标记WC656的开发及其在鉴别小麦-簇毛麦5VS纯合易位中的应用被引量：1
- 2023年
- 簇毛麦是小麦品种改良重要的遗传资源,其5VS上含有硬度基因Dina/Dinb、抗白粉病基因Pm55和抗条锈病基因Yr5V,创制普通小麦-簇毛麦5VS易位系新种质,对于高效利用5VS上的有益基因进行小麦品种遗传改良具有重要意义。为了便于鉴别普通小麦-簇毛麦5VS纯合易位,本研究以mInDel软件分析普通小麦中国春基因组序列,开发了小麦第5同源群短臂的InDel特异分子标记WC656,对小麦品种以及普通小麦-簇毛麦5VS.5AL和5VS.5DL易位系及其衍生后代进行PCR扩增,根据扩增片段大小来区分5AS、5BS、5DS染色体臂以及5VS易位系。结果表明,在21个普通小麦品种、小麦-簇毛麦5VS回交F 2代中杂合易位单株,均扩增出379 bp(5AS)、471 bp(5BS)、422 bp(5DS)3条带。在T5VS.5AL高代品系、回交F 2代中纯合易位单株扩增出471 bp(5BS)、422 bp(5DS)2条带,379 bp(5AS)条带缺失。T5VS.5DL高代品系、回交F 2代中纯合易位单株扩增出379 bp(5AS)、471 bp(5BS)2条带,422 bp(5DS)条带缺失。WC656鉴别的5VS纯合易位结果与顺序FISH-GISH分析结果一致。T5VS.5AL、T5VS.5DL具有抗白粉病、籽粒硬度指数低等优良特性。因此,利用InDel分子标记WC656可以鉴别普通小麦-簇毛麦T5VS.5AL、T5VS.5DL衍生后代中的纯合易位,PCR扩增实验操作相对简便,可以为分子标记辅助选育携有5VS纯合易位的软质弱筋小麦提供帮助。
- 郭江涛吕远大赵姝楠周淼平姚金保杨学明
- 关键词：小麦
- 玉米VOZ基因家族的鉴定与生物信息学分析被引量：4
- 2021年
- 维管植物锌指蛋白(vascular plant one-zinc finger protein,VOZ)基因家族是植物特异性的转录因子家族,参与调控植物多种生物学过程。为探究玉米VOZ基因家族的生物学特性,本研究以玉米高质量基因组为参考,利用生物信息学方法对玉米VOZ基因家族进行全基因组鉴定,并分析其理化性质、基因结构、保守结构域、系统进化关系和组织表达。结果表明,玉米中有6个ZmVOZ基因,且不均匀地分布在5条染色体上;编码蛋白的长度在309~652 aa之间,分子量为35.20~72.80 kD,多为酸性蛋白;基因结构差异较大,每个成员含2~8个外显子和1~7个内含子。ZmVOZ转录因子都具有一个高度保守的VOZ结构域,二级结构元件多为无规卷曲。系统进化树分析表明,玉米、高粱和水稻的VOZ转录因子亲缘关系最近,与拟南芥和棉花的同源性较低。ZmVOZ基因在玉米不同组织中的表达量存在显著差异,除GRMZM2G062651和GRMZM2G094081在各组织中均不表达外,其他基因可能与玉米果皮发育密切相关。本研究为进一步研究ZmVOZ基因的功能提供了理论依据。
- 时丕彪胡凤琴蒋润枝吕远大
- 关键词：玉米转录因子生物信息学分析
- 基于三重测交群体解析玉米株高与穗位高杂种优势QTL被引量：5
- 2017年
- 为检测玉米株高、穗位高杂种优势QTL,以121株intermated B73×Mo17(IBM)个体为基础群体,按照三重测交交配设计构建了三重测交群体,通过完备区间作图法对株高、穗位高杂种优势的主效QTL及互作位点进行了分析。在第9染色体上的2个紧密连锁的区段分别定位到了一个株高、穗位高杂种优势加性QTL位点,单个QTL的表型贡献率为14.3%和18.6%。该QTL可能同时对株高、穗位高杂种优势起作用。在第1、第3染色体上检测到2个株高杂种优势超显性QTL,可解释表型变异的9.0%~11.4%;在第1、第6、第8染色体上检测到5个穗位高杂种优势超显性QTL,可解释表型变异的6.6%~16.8%。进一步分析发现,2对加加上位性互作区段及2对显显上位性互作区段对穗位高杂种优势存在上位性贡献,加加互作效应及显显互作效应可共同解释表型变异的40.7%和26.8%。由此可知,加性、显性及两位点互作上位性共同对株高、穗位高杂种优势存在贡献。本研究检测到的主效QTL位点有助于株高、穗位高在杂种优势育种中的进一步应用。
- 张体付梁帅强吕远大蒋璐赵涵
- 关键词：株高穗位高杂种优势QTL
- 玉米籽粒蛋白含量Meta-QTL及候选基因分析被引量：6
- 2016年
- 玉米的蛋白含量与品质直接相关,可通过各种遗传群体对籽粒蛋白进行QTL分析。但是由于使用不同的遗传图谱和分子标记,结果之间无法直接比较分析,数据也无法整合和利用。为了综合、系统分析玉米籽粒蛋白的QTL位点,收集和整理了289个已报道的玉米籽粒蛋白含量QTL相关信息,采用Bio Mercator4.2软件整合不同遗传图谱,通过元分析发掘到44个meta-QTL(MQTL),研究确定了13个在不同遗传群体间具有一致性的QTL位点。利用生物信息学注释一致性QTL位点区段相关候选基因的功能,获得了847个候选基因,功能富集化分析发现13个候选基因显著富集在9个生物学过程中。这些meta-QTL位点及相关候选基因分析可以为玉米籽粒蛋白的分子标记辅助育种、精细定位和基因克隆提供有用的信息。
- 宝华宾梁帅强吕远大赵涵
- 关键词：玉米籽粒蛋白候选基因
- 藜麦GRF转录因子家族的鉴定及表达分析被引量：12
- 2019年
- 生长调控因子(growth-regulating factor,GRF)是植物特有的一类转录因子,对植物的生长发育起重要的调控作用。藜麦是一种单体植物即可满足人体基本营养需求的食物,也是未来最具潜力的农作物之一。但是关于藜麦GRF基因家族的研究至今尚缺乏报道。因此,本研究利用生物信息学方法,对藜麦GRF基因进行全基因组鉴定,并对其理化性质、基因结构、保守结构域、系统发育关系及组织表达进行分析。结果表明,藜麦中共有18个GRF转录因子,蛋白长度77~621 aa,分子量8.81~67.38 kD,等电点5.23~9.37;每个成员含有1~4个内含子及2~5个外显子,这些GRF蛋白都具有由31~35个氨基酸组成的QLQ保守结构域或由25~43个氨基酸组成的WRC保守结构域。系统进化分析表明,藜麦与拟南芥的GRF转录因子亲缘关系比水稻更近。表达图谱显示,藜麦GRF基因具有明显的组织表达特异性,总体在种子中的表达量较高,其次是在花序和根中,在其他组织中的表达量相对较低。
- 时丕彪何冰费月跃王军王伟义魏福友吕远大顾闽峰
- 关键词：进化分析
- 一种便于早代选择软质弱筋小麦的育种方法
- 本发明提供一种便于早代籽粒硬度选择的软质弱筋小麦育种方法，该方法通过普通小麦‑簇毛麦5VS易位系与高产多抗弱筋小麦品种杂交(包括：单交、回交、复交等)，在F<Sub>2</Sub>代通过小麦第5同源群短臂InDel分子标...
- 杨学明周淼平吕远大姚金保郭江涛
- 文献传递
- 玉米ZmRab6A基因的克隆与生物信息学分析
- 2020年
- 为研究小分子量三磷酸鸟苷(guanosine triphosphate,GTP)结合蛋白的分子功能,利用RT-PCR技术克隆玉米Rab6A基因的cDNA全长序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,该基因cDNA全长1044 bp,包含1个660 bp的开放阅读框,编码219个氨基酸。ZmRab6A基因含有6个外显子和5个内含子,全长2650 bp。ZmRab6A蛋白的分子量为24.39 ku,理论等电点为5.58,属于亲水性不稳定蛋白,不存在跨膜区域和信号肽,二级结构多为无规卷曲和α-螺旋。系统进化分析表明,玉米ZmRab6A与高粱的亲缘关系最近。
- 时丕彪胡凤琴顾小兵吕远大
- 关键词：玉米基因克隆生物信息学
