- 1,1’-二萘基骨架的探针分子对氨基酸/氨基酸衍生物识别的研究被引量：2
- 2012年
- 对1,1’-二萘基骨架的3个探针分子,采用Hyperchem和Gaussian 03先后进行分子力学优化、分子动力学模拟、半经验和HF/STO-3G水平几何构型优化。用AutoDock Vina将优化后的探针分子、配体分子α-氨基酸/α-氨基酸衍生物进行对接实验,获得相应的复合物的最佳作用模式并计算它们之间的亲和能。结果表明,理论计算所获得的探针分子与配体分子α-氨基酸/α-氨基酸衍生物之间的结合模式,与根据实验数据所推断的作用模式几乎完全相同;所计算的复合物之间的亲和能,也与实验测定的结合常数间有相同的变化趋势。
- 范文杰雷凯向明礼杨明理
- 关键词：分子识别分子力学分子模拟
- WZ系列T790MEGFR抑制剂强效抗肿瘤功效的内在机制探讨
- 2013年
- 为深究WZ系列抑制剂强效抑制突变型表皮生长因子受体(T790M EGFR)的内在机制,用密度泛函理论(DFT)在B3LYP/6-31G(d)计算水平上对进入临床试验阶段的T790M EGFR不可逆抑制剂HKI-272及WZ系列抑制剂进行了研究。结果表明,WZ系列抑制剂在参与Michael加成反应的能力、与T790M EGFR形成的氢键的强度等方面,都优于HKI-272。抑制剂中的参与形成氢键的氢键供体N原子所带的NBO电荷与抑制剂的抗肿瘤功效高度相关。
- 雷凯刘祥均陈俐娟杨明理向明礼
- 关键词：表皮生长因子受体密度泛函理论
- 联萘基咪唑鎓探针分子选择性识别色氨酸对映异构体的量子化学研究
- 2013年
- 为了用分子力学方法探明联萘基咪唑鎓探针选择性识别D-型色氨酸的作用机制,采用量子化学手段在HF/6-31G(d)//B3PW91/6-31G(d,p)水平对一联萘基咪唑鎓探针与D-型和L型色氨酸间的相互作用,从作用模式分析、电荷转移、态密度分析、轨道相互作用以及计算结合能等多个方面进行了研究。结果表明:在该水平计算的结合能值与实验测定复合物稳定常数之间能正确相关。根据计算结果,从静电相互作用的角度能够解释该联萘基咪唑鎓分子选择性识别D-型色氨酸的实验现象。
- 谷鑫雷凯肖蓉杨明理向明礼
- 关键词：色氨酸量子化学
- 多咪唑环芳受体识别氨基酸甲酯配体的密度泛函理论研究
- 2012年
- 咪唑环芳受体与氨基酸甲酯(XOM)配体相互识别的理论研究并不多见。结合MS-WHIM Scores描述符,用密度泛函理论(DFT)在6-31G(d)水平,对新近合成的多咪唑环芳与XOM间的相互作用进行了研究。NBO电荷分析表明,在形成复合物时,有负电荷从配体分子向受体转移;扰动理论能量分析结果提示,从配体到受体的轨道相互作用所导致的最强离域稳定化能大于从受体到配体的该能量。以相互作用能为核心参量建立了表达复合物结合常数的二参数模型。据此计算的复合物结合常数与实验值间有良好的关联性。为设计和合成能高度识别XOM的咪唑环芳奠定了基础。
- 向明礼肖蓉杨明理
- 关键词：密度泛函理论氨基酸甲酯分子识别量子化学
- 二联咪唑环芳识别氨基酸甲酯的理论研究
- 2013年
- 对二联咪唑环芳(DBICP)受体和氨基酸甲酯(AME)配体间的相互作用,重点从受配体间的电荷转移和配体溶剂可及表面积2个方面进行研究。受配体各单体经G03在B3LYP/6-31G(d)水平上优化后,用CDOCKER将配体与受体对接,为每对复合物获得了一组最低能量的初始构象。将构成复合物的单体及每个复合物初始构象用Turbomole在BLYP/def-TZVP水平进行几何构型优化。之后对收敛后的复合物最低能量构象及各单体作NBO分析。以受配体间的电荷转移量及配体带负电荷原子的溶剂可及表面积构建了表达复合物稳定性的2参数定量关系模型。该模型能准确地计算DBICP-AME复合物的结合常数,计算值与实验值间的相关系数高达0.997。最后对DBICP与AME间的相互作用进行讨论,揭示了一些共同作用特征。
- 刘祥均娄永峰肖蓉杨明理向明礼
- 关键词：分子间相互作用密度泛函理论
- 手性咪唑环芳识别氨基酸甲酯的作用模式研究
- 2010年
- 采用Gaussian 03在B3LYP/6-31G(d)水平上分别优化手性咪唑环芳受体和氨基酸甲酯配体,并在同样条件下计算NBO电荷。用AutoDock Vina将优化后的受体、配体进行对接,获得相应复合物的最稳定构象。以复合物亲和能和配体侧链电子电荷指数,建立了表达复合物稳定常数的定量关系模型。从单体的NBO电荷分布、复合物最稳定构象等方面分析探讨,发现静电吸引、受体配体间的空间匹配和氢键作用等,是影响手性咪唑环芳选择性识别氨基酸甲酯的主要影响因素。
- 娄永峰向明礼杨明理
- 关键词：分子力学密度泛函理论分子识别氨基酸甲酯
- 新型多苯并咪唑环芳识别氨基酸甲酯的分子动力学和密度泛函研究被引量：1
- 2012年
- 采用Gaussian 03在B3LYP/6-31G(d)水平上分别优化新型多苯并咪唑环芳(MBICP)受体和氨基酸甲酯(AAME)配体,再用基于模拟退火的分子动力学方法 CDOCKER将配体与受体对接,对每一个复合物获得了一组最低能量的初始构象。最后用Turbomole在BLYP/def-TZVP水平对初始构象进一步优化,并对收敛后的复合物最低能量构象作NBO分析。以密度泛函理论计算获得的相互作用能作为核心参数,采用组合策略建立了表达MBICP-AAME复合物结合常数的定量关系模型,计算了该类复合物的结合常数。对MBICP受体和AAME配体间的作用模式以及影响MBICP受体识别AAME配体的主要因素,作了深入讨论。
- 娄永锋肖蓉向明礼杨明理
- 关键词：分子动力学密度泛函理论分子识别
